Hướng dẫn tham khảo về chế độ nghiên cứu của thiết bị NextSeq 550Dx (tài liệu số 1000000041922 vie) Hướng dẫn tham khảo về chế độ nghiên cứu của thiết bị NextSeq 550Dx Tài liệu số 1000000041922 v03 VI[.]
Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Tháng 10 năm 2021 Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn QUYỀN SỞ HỮU CỦA ILLUMINA Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Tài liệu nội dung thuộc quyền sở hữu Illumina, Inc công ty liên kết Illumina, Inc ("Illumina") dành cho việc sử dụng theo hợp đồng với khách hàng Illumina liên quan đến việc sử dụng (các) sản phẩm mô tả tài liệu khơng dành cho mục đích khác Tài liệu nội dung khơng sử dụng hay phân phối mục đích khác và/hoặc khơng truyền tải, tiết lộ hay chép hình thức khác mà khơng có cho phép trước văn Illumina Illumina không chuyển nhượng giấy phép theo sáng chế, nhãn hiệu, quyền quyền theo thông luật quyền tương tự bên thứ ba thông qua tài liệu Các hướng dẫn nêu tài liệu phải tuân thủ nghiêm ngặt rõ ràng cá nhân đào tạo phù hợp có đủ trình độ nhằm đảm bảo sử dụng an toàn cách (các) sản phẩm mô tả tài liệu Phải đọc hiểu hoàn toàn tất nội dung tài liệu trước sử dụng (các) sản phẩm VIỆC KHƠNG ĐỌC TOÀN BỘ VÀ TUÂN THỦ RÕ RÀNG TẤT CẢ CÁC HƯỚNG DẪN NÊU TRONG TÀI LIỆU NÀY CÓ THỂ DẪN ĐẾN GÂY HƯ HỎNG (CÁC) SẢN PHẨM, GÂY TỔN THƯƠNG CHO CON NGƯỜI, BAO GỒM NGƯỜI DÙNG HOẶC NHỮNG NGƯỜI KHÁC VÀ GÂY THIỆT HẠI TÀI SẢN KHÁC, VÀ SẼ LÀM MẤT HIỆU LỰC BẢO HÀNH ÁP DỤNG CHO (CÁC) SẢN PHẨM ĐĨ ILLUMINA KHƠNG CHỊU BẤT KỲ TRÁCH NHIỆM NÀO PHÁT SINH TỪ VIỆC SỬ DỤNG KHÔNG ĐÚNG CÁCH (CÁC) SẢN PHẨM ĐƯỢC MÔ TẢ TRONG TÀI LIỆU NÀY (BAO GỒM CẢ CÁC BỘ PHẬN CỦA SẢN PHẨM HOẶC PHẦN MỀM) © 2021 Illumina, Inc Bảo lưu quyền Tất nhãn hiệu tài sản Illumina, Inc chủ sở hữu tương ứng Để biết thông tin cụ thể nhãn hiệu, xem trang web www.illumina.com/company/legal.html Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn ii Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Lịch sử sửa đổi Tài liệu Ngày Mô tả thay đổi Tài liệu số 1000000041922 v03 Tháng 10 năm 2021 Bổ sung thông báo thời gian đếm ngược ngày mục Kiểm tra chạy giải trình tự Cập nhật quy trình cơng việc Giải trình tự: Bổ sung mục tạo lần chạy Phần mềm Local Run Manager Thay đổi giới hạn ổn định Bổ sung loại Infinium Methylation EPIC vào loại BeachChip Cập nhật hình ảnh biểu tượng để phản ánh thay đổi giao diện người dùng Tài liệu số 1000000041922 v02 Tháng 11 năm 2020 Cập nhật hình mục Thực quy trình rửa thủ cơng để phản ánh hộp Rửa thuốc thử Rửa dung dịch đệm Cập nhật thêm màu cho thông tin trạng thái Tài liệu số 1000000041922 v01 Tháng năm 2018 Bổ sung thông tin dịch vụ giám sát Illumina Proactive mục Định cấu hình chế độ cài đặt hệ thống Tài liệu số 1000000041922 v00 Tháng 11 năm 2017 Phát hành lần đầu Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn iii Mục lục Chương Tổng quan Giới thiệu hướng dẫn Giới thiệu Tài nguyên khác Các thành phần thiết bị Tổng quan kit thuốc thử Tổng quan vật tư tiêu hao dùng giải trình tự 1 6 Chương Bắt đầu 11 Khởi động thiết bị Tùy chỉnh chế độ cài đặt hệ thống Các vật tư tiêu hao thiết bị người dùng tự chuẩn bị 11 12 13 Chương Giải trình tự 15 Giới thiệu Quy trình cơng việc giải trình tự Chuẩn bị hộp thuốc thử Chuẩn bị tế bào dịng chảy Chuẩn bị thư viện để giải trình tự Thiết lập lần chạy giải trình tự Giám sát tiến trình chạy Tự động rửa sau lần chạy 15 16 16 17 17 18 25 26 Chương Quét 27 Giới thiệu Quy trình cơng việc qt Tải xuống thư mục DMAP Nạp BeadChip vào adapter Thiết lập lần quét Giám sát tiến trình quét 27 28 28 29 30 32 Chương Bảo trì 35 Giới thiệu Thực quy trình rửa thủ cơng Thay lọc khơng khí Cập nhật phần mềm Các tùy chọn khởi động lại tắt 35 35 38 39 41 Phụ lục A Khắc phục cố 43 Giới thiệu Tệp khắc phục cố Giải lỗi kiểm tra tự động Hộp đựng thuốc thử sử dụng bị đầy 43 43 44 46 Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn iv Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Quy trình cơng việc tạo lại thể lai BeadChip lỗi quét Thư mục công thức công thức tùy chỉnh Thơng báo lỗi RAID Định cấu hình chế độ cài đặt hệ thống 46 48 50 50 50 Phụ lục B Real-Time Analysis 55 Tổng quan Real-Time Analysis Quy trình cơng việc Real-Time Analysis 55 56 Phụ lục C Tệp thư mục đầu 59 Tệp đầu giải trình tự Cấu trúc thư mục đầu Tệp đầu quét Cấu trúc thư mục đầu quét 59 62 63 63 Chỉ mục 65 Hỗ trợ kỹ thuật 69 Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn v Chương Tổng quan Giới thiệu hướng dẫn Giới thiệu Tài nguyên khác Các thành phần thiết bị Tổng quan kit thuốc thử Tổng quan vật tư tiêu hao dùng giải trình tự 1 6 Giới thiệu hướng dẫn Bản hướng dẫn tham khảo thiết bị hướng dẫn cách sử dụng thiết bị NextSeq 550Dx chế độ nghiên cứu (RUO, Research Use Only) Giới thiệu Các tính giải trình tự u Giải trình tự hiệu suất cao: Thiết bị NextSeq ™ 550Dx cho phép giải trình tự thư viện ADN u Real-Time Analysis (RTA): Thực xử lý hình ảnh phát base Để biết thêm thông tin, xem mục Real-Time Analysis trang 55 u Chức phân tích liệu thiết bị: Các mơ-đun phân tích phần mềm Analysis Software định cho lần chạy phân tích liệu lần chạy u Khởi động kép: Thiết bị NextSeq 550Dx có ổ cứng riêng hỗ trợ chế độ chẩn đoán (Dx) chế độ nghiên cứu (RUO) Các tính quét mảng u Quét mảng tích hợp phần mềm điều khiển: Thiết bị NextSeq 550Dx cho phép bạn chuyển đổi quét mảng giải trình tự hiệu suất cao thiết bị thông qua phần mềm điều khiển u Chức chụp ảnh mở rộng: Hệ thống chụp ảnh thiết bị NextSeq 550Dx bao gồm thành phần sửa đổi phần mềm bệ, cho phép chụp ảnh khu vực bề mặt lớn nhằm hỗ trợ quét BeadChip u Các loại BeadChip: Các loại BeadChip tương thích bao gồm CytoSNP-12, CytoSNP-850K, Infinium MethylationEPIC Karyomap-12 u Adapter BeadChip: Adapter BeadChip tái sử dụng giúp dễ dàng nạp BeadChip vào thiết bị u Phân tích liệu: Sử dụng phần mềm BlueFuse ® Multi để phân tích liệu mảng Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Tài nguyên khác Bạn tải xuống tài liệu hướng dẫn sau từ trang web Illumina Tài nguyên Mô tả NextSeq 550Dx Instrument Site Prep Guide (Hướng dẫn chuẩn bị khu vực làm việc Thiết bị NextSeq 550Dx) (tài liệu số 1000000009869) Cung cấp thông số kỹ thuật khơng gian phịng thí nghiệm, u cầu điện lưu ý môi trường Hướng dẫn an toàn tuân thủ quy định thiết bị NextSeq 550Dx (tài liệu số 1000000009868_vie) Cung cấp thông tin liên quan đến lưu ý an toàn vận hành, tuyên bố tuân thủ ý nghĩa nhãn thiết bị RFID Reader Compliance Guide (Hướng dẫn tuân thủ quy định đọc RFID) (tài liệu số 1000000030332) Cung cấp thông tin đọc RFID thiết bị này, chứng nhận tuân thủ quy định lưu ý an toàn Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx (tài liệu số 1000000041922_ vie) Cung cấp hướng dẫn cách vận hành thiết bị quy trình khắc phục cố Sử dụng vận hành thiết bị NextSeq 550Dx chế độ nghiên cứu NextSeq Control Software (NCS) v3.0 NextSeq 550 System Guide (Hướng dẫn hệ thống NextSeq 550) (tài liệu số 15069765) Cung cấp hướng dẫn cách vận hành thiết bị quy trình khắc phục cố Sử dụng vận hành thiết bị NextSeq 550Dx chế độ nghiên cứu NextSeq Control Software (NCS) v4.0 trở lên NextSeq 550 System Guide (Hướng dẫn hệ thống NextSeq 550) Cung cấp thông tin tổng quan thành phần thiết bị, hướng dẫn vận hành thiết bị quy trình bảo trì khắc phục cố Trợ giúp BaseSpace Cung cấp thông tin cách sử dụng BaseSpaceTM Sequence Hub tùy chọn phân tích có Truy cập trang hỗ trợ thiết bị NextSeq 550Dx trang web Illumina để truy cập tài liệu hướng dẫn, tải xuống phần mềm, xem nội dung đào tạo trực tuyến câu hỏi thường gặp Truy cập trang hỗ trợ NextSeq 550Dx trang web Illumina để truy cập tài liệu hướng dẫn, tải xuống phần mềm, xem nội dung đào tạo trực tuyến câu hỏi thường gặp Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Các thành phần thiết bị Thiết bị NextSeq 550Dx bao gồm hình cảm ứng, trạng thái khoang chứa Hình Các thành phần thiết bị A Khoang chụp ảnh: Chứa tế bào dịng chảy lần chạy giải trình tự B Màn hình cảm ứng: Cho phép định cấu hình thiết lập thiết bị thông qua giao diện phần mềm vận hành C Thanh trạng thái: Cho biết trạng thái thiết bị xử lý (xanh lam), cần ý (cam), sẵn sàng giải trình tự (xanh lục), khởi chạy (xanh lam trắng xen kẽ), chưa khởi chạy (trắng) yêu cầu rửa vòng 24 tới (vàng) D Khoang chứa dung dịch đệm: Chứa hộp dung dịch đệm hộp đựng thuốc thử sử dụng E Khoang chứa thuốc thử: Chứa hộp thuốc thử F Khoang chứa lọc khơng khí: Chứa lọc khơng khí Tiếp cận lọc từ mặt sau thiết bị G Nút nguồn: Bật tắt thiết bị máy tính thiết bị Khoang chụp ảnh Khoang chụp ảnh chứa bệ, phận bao gồm ghim chỉnh để cố định vị trí tế bào dòng chảy Sau nạp tế bào dòng chảy, cửa khoang chụp ảnh tự động đóng lại di chuyển thành phần vào vị trí Khoang chứa thuốc thử khoang chứa dung dịch đệm Khi thiết lập lần chạy giải trình tự thiết bị NextSeq 550Dx, bạn cần thao tác với khoang chứa thuốc thử khoang chứa dung dịch đệm để nạp vật tư tiêu hao dùng cho lần chạy dốc hết hộp đựng thuốc thử sử dụng Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Hình Khoang chứa thuốc thử khoang chứa dung dịch đệm A Cửa khoang chứa thuốc thử: Đóng kín khoang chứa thuốc thử chốt vùng phía bên phải cửa Khoang chứa thuốc thử có chứa hộp thuốc thử B Hộp thuốc thử: Hộp thuốc thử vật tư tiêu hao dùng lần nạp sẵn C Hộp dung dịch đệm: Hộp dung dịch đệm vật tư tiêu hao dùng lần nạp sẵn D Hộp đựng thuốc thử sử dụng: Thuốc thử sử dụng thu gom để thải bỏ sau lần chạy E Cửa khoang chứa dung dịch đệm: Đóng kín khoang chứa dung dịch đệm chốt phía góc bên trái cửa Khoang chứa lọc khơng khí Khoang chứa lọc khơng khí có chứa lọc khơng khí nằm phía sau thiết bị Thay lọc khơng khí 90 ngày lần Để biết thơng tin việc thay lọc, xem mục Thay lọc khơng khí trang 38 Phần mềm NextSeq 550Dx Phần mềm thiết bị bao gồm ứng dụng tích hợp để thực lần chạy giải trình tự u NextSeq Control Software (NCS): Phần mềm điều khiển hướng dẫn bạn toàn bước thiết lập lần chạy giải trình tự u Phần mềm Real-Time Analysis (RTA): RTA thực phân tích hình ảnh phát base lần chạy Thiết bị NextSeq 550Dx sử dụng RTA v2, phiên phần mềm có điểm khác biệt quan trọng cấu trúc tính so với phiên trước Để biết thêm thông tin, xem mục Real-Time Analysis trang 55 Biểu tượng trạng thái Biểu tượng trạng thái góc bên phải NCS báo hiệu thay đổi trạng thái trình thiết lập lần chạy chạy Biểu tượng trạng thái Tên trạng thái Mô tả Status OK (Trạng thái OK) Hệ thống hoạt động bình thường Processing (Đang xử lý) Hệ thống xử lý Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Biểu tượng trạng thái Tên trạng thái Mô tả Warning (Cảnh báo) Đã xuất cảnh báo Cảnh báo không khiến lần chạy dừng lại hay yêu cầu hành động trước tiếp tục Error (Lỗi) Đã xảy lỗi Lỗi yêu cầu hành động trước tiếp tục thực lần chạy Service Needed (Cần bảo dưỡng) Đã xuất thông báo yêu cầu ý Xem thông báo để biết thêm thông tin Khi trạng thái thay đổi, biểu tượng nhấp nháy để cảnh báo bạn Chọn biểu tượng để xem nội dung mô tả trạng thái Chọn Acknowledge (Xác nhận) để chấp nhận thơng báo Close (Đóng) để đóng hộp thoại LƯU Ý Việc xác nhận thông báo đặt lại biểu tượng thông báo chuyển sang màu xám Thông báo hiển thị với người dùng họ chọn biểu tượng, biến sau NCS khởi động lại Nút nguồn Nút nguồn mặt trước NextSeq 550Dx có tác dụng bật nguồn thiết bị máy tính thiết bị Nút nguồn thực hành động sau đây, tùy thuộc vào trạng thái nguồn thiết bị Theo mặc định, sau khởi động, NextSeq 550Dx vào chế độ chẩn đoán Để biết thông tin cách bật nguồn ban đầu thiết bị, xem mục Khởi động thiết bị trang 11 Để biết thông tin cách tắt thiết bị, xem mục Tắt thiết bị trang 41 Trạng thái nguồn Hành động Nguồn thiết bị tắt Nhấn nút để bật nguồn Nguồn thiết bị bật Nhấn nút để tắt nguồn Một hộp thoại xuất hình để xác nhận việc tắt thiết bị Nguồn thiết bị bật Nhấn giữ nút nguồn 10 giây để buộc thiết bị máy tính thiết bị tắt Chỉ áp dụng phương pháp để tắt thiết bị thiết bị không phản hồi LƯU Ý Việc tắt thiết bị chạy giải trình tự kết thúc lần chạy Kết thúc lần chạy bước cuối Bạn tái sử dụng vật tư tiêu hao dùng lần chạy Dữ liệu giải trình tự từ lần chạy khơng lưu Tổng quan adapter BeadChip tái sử dụng Adapter BeadChip tái sử dụng chứa BeadChip trình quét BeadChip cố định hốc adapter kẹp giữ Sau đó, adapter BeadChip nạp vào bệ khoang chụp ảnh Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Hình 29 Định pha tiền định pha A Đoạn đọc có base định pha B Đoạn đọc có base tiền định pha RTA2 hiệu chỉnh ảnh hưởng định pha tiền định pha, nhờ tối đa hóa chất lượng liệu chu kỳ suốt lần chạy Phát base Quá trình phát base xác định base (A, C, G T) cho cụm ô cho trước chu kỳ cụ thể Thiết bị NextSeq 550Dx sử dụng phương pháp giải trình tự kênh Phương pháp cần hình ảnh để mã hóa liệu cho base ADN, từ kênh đỏ từ kênh xanh lục Các cường độ trích xuất từ hình ảnh so sánh với hình ảnh khác dẫn đến quần thể riêng biệt, quần thể tương ứng với nucleotide Quá trình phát base xác định cụm thuộc quần thể Hình 30 Trực quan hóa cường độ cụm Bảng Phát base giải trình tự hai kênh Base Kênh đỏ Kênh xanh lục Kết A (bật) (bật) Các cụm thể cường độ kênh đỏ xanh lục C (bật) (tắt) Các cụm thể cường độ kênh đỏ G (tắt) (tắt) Các cụm cường độ vị trí cụm xác định T (tắt) (bật) Các cụm thể cường độ kênh xanh lục Các cụm qua lọc Trong lần chạy, RTA2 lọc liệu thơ để xóa đoạn đọc không đáp ứng ngưỡng chất lượng liệu Các cụm chồng chéo chất lượng thấp loại bỏ Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 57 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Đối với q trình phân tích kênh, RTA2 sử dụng hệ thống dựa quần thể để xác định độ tinh khiết phát base Các cụm qua lọc (PF, Pass Filter) có khơng q phát base 25 chu kỳ đầu có độ tinh khiết < 0,63 Các cụm không qua lọc không phát base Các lưu ý việc lập thị Quy trình dành cho đoạn đọc thị phát base khác với quy trình phát base đoạn đọc khác Đoạn đọc thị phải bắt đầu với base khơng phải loại G hai chu kỳ đầu Nếu Đoạn đọc thị bắt đầu với phát base loại G khơng có cường độ tín hiệu tạo Tín hiệu phải xuất hai chu kỳ đầu để đảm bảo hiệu suất tách đoạn Để tăng hiệu lực tách đoạn, chọn trình tự thị cung cấp tín hiệu kênh tốt kênh, chu kỳ Làm theo hướng dẫn để tránh tổ hợp thị cho kết base G chu kỳ u Kênh đỏ: A C u Kênh xanh lục: A T Quy trình phát base đảm bảo độ xác phân tích mẫu kênh Chấm điểm chất lượng Điểm chất lượng, điểm Q, dự đoán xác suất xảy phát base khơng xác Điểm Q cao đồng nghĩa với kết phát base có chất lượng cao độ xác cao Điểm Q cách đơn giản để truyền đạt xác suất lỗi nhỏ Điểm chất lượng biểu thị dạng Q(X), X là số điểm Bảng cho thấy mối quan hệ điểm chất lượng xác suất lỗi Điểm chất lượng Q(X) Xác suất lỗi Q40 0,0001 (1 10.000) Q30 0,001 (1 1.000) Q20 0,01 (1 100) Q10 0,1 (1 10) LƯU Ý Chấm điểm chất lượng dựa phiên sửa đổi thuật toán Phred Chấm điểm chất lượng tính tốn dự báo cho kết phát base, sử dụng giá trị dự báo để tìm kiếm điểm Q bảng chất lượng Bảng chất lượng tạo để cung cấp dự đốn chất lượng xác tối ưu cho lần chạy tạo cấu hình cụ thể tảng giải trình tự phiên quy trình hóa học Sau xác định điểm chất lượng, kết ghi vào tệp phát base (*.bcl.bgzf) Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 58 Phụ lục C Tệp thư mục đầu Tệp đầu giải trình tự Cấu trúc thư mục đầu Tệp đầu quét Cấu trúc thư mục đầu quét 59 62 63 63 Tệp đầu giải trình tự Loại tệp Mơ tả, vị trí tên tệp Các tệp phát base Mỗi phân tích đưa vào tệp phát base, tổng hợp thành tệp cho chu kỳ Tệp tổng hợp chứa phát base điểm chất lượng mã hóa cho cụm Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Các tệp lưu trữ thư mục cho [Chu kỳ].bcl.bgzf, [Chu kỳ] thể số chu kỳ có chữ số Các tệp phát base nén phương thức nén gzip theo khối Tệp thị phát base Với làn, tệp thị nhị phân liệt kê thông tin ô gốc cặp giá trị ô, tức gồm số ô số lượng cụm Tệp thị phát base tạo vào lần đầu tạo tệp phát base cho Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Các tệp lưu trữ thư mục cho s_[Làn].bci Tệp vị trí cụm Với ô, tọa độ XY tất cụm tổng hợp vào tệp vị trí cụm cho Tệp vị trí cụm kết việc tạo mẫu Data\Intensities\L00[X]: Các tệp lưu trữ thư mục cho s_[làn].locs Tệp lọc Tệp lọc định xem cụm có qua lọc hay không Thông tin lọc tổng hợp vào tệp lọc cho đoạn đọc Các tệp lọc tạo chu kỳ 26 25 chu kỳ liệu Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Các tệp lưu trữ thư mục cho s_[làn].filter Tệp InterOp Tệp báo cáo nhị phân Các tệp InterOp cập nhật suốt lần chạy Thư mục InterOp Tệp cấu hình RTA Được tạo bắt đầu lần chạy, tệp cấu hình RTA liệt kê chế độ cài đặt lần chạy [Thư mục gốc], RTAConfiguration.xml Tệp thông tin lần chạy Liệt kê tên lần chạy, số lượng chu kỳ đoạn đọc, việc đoạn đọc có phải đoạn đọc lập thị hay không số lượng dải tế bào dịng chảy Tệp thơng tin lần chạy tạo đầu lần chạy [Thư mục gốc], RunInfo.xml Ơ tế bào dịng chảy Ơ khu vực chụp ảnh nhỏ tế bào dòng chảy xác định trường ngắm máy ảnh Tổng số lượng ô phụ thuộc vào số lượng làn, dải bề mặt chụp ảnh tế bào dòng chảy, cách máy ảnh phối hợp để thu thập hình ảnh Các tế bào dịng chảy hiệu suất cao có tổng cộng 864 Bảng Ô tế bào dòng chảy Thành phần tế bào dịng chảy Hiệu suất cao Mơ tả Số Làn kênh vật lý có cổng đầu đầu vào riêng Số bề mặt Tế bào dòng chảy chụp ảnh bề mặt: Mặt mặt ô chụp ảnh, đến ô Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 59 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Thành phần tế bào dòng chảy Hiệu suất cao Số dải Mô tả Dải cột ô Số đoạn máy ảnh Thiết bị sử dụng máy ảnh để chụp ảnh tế bào dịng chảy đoạn Số dải đoạn máy ảnh 12 Ô khu vực tế bào dòng chảy máy ảnh coi hình ảnh Tổng số chụp ảnh 864 Tổng số số × số bề mặt × số dải × số đoạn máy ảnh × số dải đoạn Đánh số Làn 3, gọi cặp A, chụp ảnh lúc Làn 4, gọi cặp B, chụp ảnh sau chụp xong cặp A Hình 31 Đánh số A Cặp A: Làn B Cặp B: Làn Đánh số dải Mỗi chụp ảnh theo dải Các dải đánh số từ đến tế bào dịng chảy hiệu suất cao Hình 32 Đánh số dải Đánh số máy ảnh Thiết bị NextSeq 550Dx dùng máy ảnh để chụp ảnh tế bào dòng chảy Các máy ảnh đánh số từ đến Các máy ảnh từ đến chụp ảnh Các máy ảnh từ đến chụp ảnh Sau chụp ảnh 3, mô-đun chụp ảnh di chuyển theo chiều ngang để chụp ảnh Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 60 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Hình 33 Đánh số máy ảnh đoạn (Trong hình minh họa tế bào dịng chảy hiệu suất cao) Đánh số ô Mỗi dải đoạn máy ảnh có 12 Các đánh số từ 01 đến 12, số dải hay đoạn máy ảnh, thể chữ số Hình 34 Đánh số Số hồn thiện bao gồm chữ số thể vị trí, cụ thể sau: u Bề mặt: thể mặt trên; thể mặt u Dải: 1, u Máy ảnh: 1, 2, 3, 4, u Ô: 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 12 Ví dụ: Số 12508 mặt trên, dải 2, máy ảnh ô Số hồn thiện gồm chữ số dùng tên tệp hình ảnh thu nhỏ tệp định pha thực nghiệm Để biết thêm thông tin, xem mục Tệp đầu giải trình tự trang 59 Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 61 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Cấu trúc thư mục đầu Phần mềm vận hành tự động tạo tên thư mục đầu Data Intensities BaseCalls L001: Các tệp phát base 1, tổng hợp vào tệp chu kỳ L002: Các tệp phát base 2, tổng hợp vào tệp chu kỳ L003: Các tệp phát base 3, tổng hợp vào tệp chu kỳ L004: Các tệp phát base 4, tổng hợp vào tệp chu kỳ L001: Tệp *.locs tổng hợp L002: Tệp *.locs tổng hợp L003: Tệp *.locs tổng hợp L004: Tệp *.locs tổng hợp Images Focus L001: Hình ảnh lấy nét L002: Hình ảnh lấy nét L003: Hình ảnh lấy nét L004: Hình ảnh lấy nét InterOp: Tệp nhị phân Logs: Tệp nhật ký mô tả bước vận hành Recipe: Tệp công thức dành riêng cho lần chạy đặt tên theo ID hộp thuốc thử RTALogs: Tệp nhật ký mô tả bước phân tích RTAComplete.txt RTAConfiguration.xml RunInfo.xml RunParameters.xml Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 62 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Tệp đầu quét Loại tệp Mơ tả, vị trí tên tệp Tệp GTC Tệp phát kiểu gen Mỗi mẫu quét BeadChip tạo tệp GTC Tên tệp bao gồm mã vạch mẫu quét [mã vạch]_[mẫu].gtc Tệp hình ảnh Tệp hình ảnh đặt tên theo khu vực quét BeadChip Tên bao gồm mã vạch, mẫu đoạn BeadChip, dải kênh chụp ảnh (đỏ xanh lục) [mã vạch]_[mẫu]_[đoạn]_[dải]_[máy ảnh]_[ơ]_[kênh].jpg • Mã vạch: Tên tệp bắt đầu mã vạch BeadChip • Mẫu: Một khu vực BeadChip, đánh số dạng hàng (R0X) từ xuống cột (C0X) từ trái sang phải • Đoạn: Hàng đánh số mẫu • Dải: BeadChip chụp ảnh dạng tập hợp chồng lấn Vì vậy, có dải dùng để chụp ảnh đoạn • Máy ảnh: Máy ảnh dùng để thu thập hình ảnh • Ơ: Khu vực chụp ảnh xác định trường ngắm máy ảnh • Kênh: Kênh đỏ xanh lục Cấu trúc thư mục đầu quét [Ngày]_[Tên thiết bị]_[Số lần quét]_[Mã vạch] [Mã vạch] Config Effective.cfg: Ghi lại chế độ cài đặt cấu hình dùng quét Focus: Chứa tệp hình ảnh dùng để lấy nét lần quét Logs: Chứa tệp nhật ký liệt kê bước thực quét PreScanDiagnosticFiles [Ngày_Giờ] Barcode Scan ProcessedBarcode.jpg: Hình ảnh mã vạch BeadChip Scanning Diagnostics (tệp nhật ký) PreScanChecks.csv: Ghi lại kết kiểm tra tự động GTC files: Tệp phát kiểu gen (1 tệp/mẫu) IDAT files: [Không bắt buộc] Tệp liệu cường độ (2 tệp/mẫu; tệp/kênh) Image files: Hình ảnh quét mẫu, đoạn, dải, máy ảnh, ô kênh [Mã vạch]_sample_metrics.csv [Mã vạch]_section_metrics.csv ScanParameters.xml Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 63 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 64 Chỉ mục A chụp ảnh, giải trình tự kênh 57 adapter hướng BeadChip 29 nạp BeadChip 30 tổng quan D Â Decode File Client 27 truy cập theo BeadChip 29 truy cập theo tài khoản 28 Dịch vụ giám sát Illumina Proactive 51 âm 12 Đ B đánh số dải 60 đánh số 60 đánh số máy ảnh 60 đánh số ô 61 đào tạo trực tuyến qua lọc (PF) 57 Điểm chất lượng 58 định pha thực nghiệm 56 định pha, tiền định pha 56 độ dài đoạn đọc 15-16 bàn phím 12 bảo trì phịng ngừa 35 bảo trì thiết bị vật tư tiêu hao 14 bảo trì, phịng ngừa 35 BaseSpace 51 đăng nhập 18 BeadChip adapter 5, 29 hướng mã vạch 29 không đăng ký 48 đọc mã vạch 48 loại nạp 30 phân tích biểu tượng lỗi cảnh báo trạng thái lọc độ tinh khiết 57 lọc khơng khí 4, 38 F formamide, vị trí số 22 G giải trình tự giới thiệu 15 vật tư tiêu hao người dùng cung cấp 13 H C cụm qua lọc 57 lưu ý việc lập thị 58 cảnh báo trạng thái cặp 60 cập nhật phần mềm 39 Cấu hình 51 Cấu hình BaseSpace 23 cấu hình độc lập 23 công tắc nguồn 11 cường độ 57 chế độ cài đặt cấu hình 50 chế độ cài đặt hệ thống 12 chế độ RUO 12 hỗ trợ kỹ thuật 69 hỗ trợ khách hàng 69 hộp dung dịch đệm 9, 21 hộp thuốc thử ngăn chứa số 28 36 ngăn chứa số 22 tổng quan hướng dẫn nước cấp độ dùng phịng thí nghiệm 14 K kiểm tra trước lần chạy 24, 31 Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đoán 65 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx khả tương thích tế bào dòng chảy, hộp thuốc thử theo dõi RFID 6, khắc phục cố hộp đựng thuốc thử sử dụng 46 kiểm tra trước chạy 44 đọc mã vạch BeadChip 48 lỗi đăng ký quét 48 số liệu chất lượng thấp 46 tệp dành riêng cho lần chạy 43 tệp dành riêng cho lần quét 44 thay tệp phiếu kê khai tệp cụm 49 khoang chụp ảnh khoang chứa dung dịch đệm khoang chứa thuốc thử khởi động lại 41 thiết bị 41 khởi động lại vào chế độ nghiên cứu 12 L lỗi kiểm tra trước chạy 44 lỗi cảnh báo 4, 55 N natri hypoclorit, rửa 36 nút nguồn 5, 11 P phát base 57 lưu ý việc lập thị 58 phần mềm cập nhật tự động 40 cập nhật thủ công 40 chế độ cài đặt cấu hình 50 khởi chạy 11 phân tích hình ảnh, phát base thời lượng lần chạy 15-16 thiết bị phần mềm BlueFuse Multi phần mềm điều khiển phần mềm Real-Time Analysis định pha 56 quy trình cơng việc 56 Phần mềm Real-Time Analysis kết 59 phân tích tệp đầu 59 Q trình phân tích, độ tinh tín hiệu 57 quản lý thiết bị tắt 41 quy trình cơng việc BeadChip 30 lưu ý việc lập thị 58 chế độ BaseSpace 23 chế độ độc lập 23 chuẩn bị tế bào dòng chảy 17 đăng nhập BaseSpace 18 giải trình tự 56 hộp dung dịch đệm 21 hộp thuốc thử 21 kiểm tra trước lần chạy 24, 31 natri hypoclorit 36 số liệu lần chạy 25 tế bào dòng chảy 18 tổng quan 16, 28 tùy chọn nạp nâng cao 13 thời lượng lần chạy 15-16 thuốc thử sử dụng 19 quy trình cơng việc giải trình tự 16, 56 quy trình rửa quy trình rửa thủ công 35 tự động 26 thành phần quy trình rửa 35 vật tư tiêu hao người dùng tự chuẩn bị 35 quy trình rửa sau lần chạy 26 quy trình rửa thiết bị 35 R RunInfo.xml 43, 59 S số chu kỳ đoạn đọc 15 số liệu chu kỳ cường độ 25 chu kỳ mật độ cụm 25 phát base 57 số liệu lần chạy 25 số lượng chu kỳ đoạn đọc 15 Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 66 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx T tài liệu hướng dẫn 2, 69 tạo cụm 15, 25 tạo lại thể lai mồi 46 tạo lại thể lai, Đoạn đọc 46 tạo mẫu 56 tắt thiết bị 41 tế bào dòng chảy cặp chụp ảnh 60 đánh số 60 đánh số 61 đóng gói 17 ghim chỉnh 18 làm 17 ô 59 số dải 60 tạo lại thể lai 46 tổng quan tên người dùng mật 11 tên người dùng mật hệ thống 11 tệp lọc 59 tệp đầu 59 tệp đầu quét GTC, IDAT 63 tệp đầu ra, giải trình tự 59 tệp đầu ra, quét GTC, IDAT 63 tệp đầu vào, quét tệp cụm 27, 49 tệp phiếu kê khai 27, 49 thư mục DMAP 27 thư mục DMAP, tải xuống 28 tệp GTC 63 tệp InterOp 43, 59 tệp locs 59 tệp phát base 59 tùy chọn nạp nâng cao 13 thành phần khoang chụp ảnh khoang chứa dung dịch đệm khoang chứa thuốc thử trạng thái trạng thái tháo rửa vật tư tiêu hao 13 theo dõi RFID thiết bị ảnh đại diện 12 biệt danh 12 chế độ cài đặt cấu hình 50 báo chế độ 12 khởi động 11 khởi động lại 41 nút nguồn tắt 41 thiết lập lần chạy, tùy chọn nâng cao 13 Thông báo lỗi RAID 50 thông số lần chạy chế độ BaseSpace 23 chế độ độc lập 23 chỉnh sửa thông số 23 thời lượng lần chạy 15-16 thuật toán Phred 58 thuốc thử thải bỏ cách 21 theo kit thuốc thử sử dụng hộp đựng đầy 46 thải bỏ 19, 37 thư mục DMAP Decode File Client 27 tải xuống 28 trợ giúp tài liệu hướng dẫn trợ giúp, kỹ thuật 69 truyền liệu liệu quét 33 universal copy service 25 U Universal Copy Service 25 V vật tư tiêu hao bảo trì thiết bị 14 chạy giải trình tự 13 hộp dung dịch đệm hộp thuốc thử nước cấp độ dùng phịng thí nghiệm 14 tế bào dòng chảy vật tư tiêu hao cho việc rửa 36 vật tư tiêu hao quy trình rửa 35 vật tư tiêu hao người dùng cung cấp 13-14 vị trí cụm tạo mẫu 56 tệp 59 vị trí thư mục 23 Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 67 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx W Windows thoát 41 X xác suất lỗi 58 Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đoán 68 Hỗ trợ kỹ thuật Để hỗ trợ kỹ thuật, liên hệ với phận Hỗ trợ kỹ thuật Illumina Trang web: Email: www.illumina.com techsupport@illumina.com Các số điện thoại hỗ trợ khách hàng Illumina Khu vực Số miễn cước Bắc Mỹ +1.800.809.4566 Khu vực Áo +43 800006249 +43 19286540 Bỉ +32 80077160 +32 34002973 Đài Loan, Trung Quốc 00806651752 Đan Mạch +45 80820183 +45 89871156 Đức +49 8001014940 +49 8938035677 Hà Lan +31 8000222493 +31 207132960 Hàn Quốc +82 80 234 5300 Hồng Kông, Trung Quốc 800960230 Ireland +353 1800936608 +353 016950506 Na Uy +47 800 16836 +47 21939693 New Zealand 0800.451.650 Nhật Bản 0800.111.5011 Pháp +33 805102193 +33 170770446 Phần Lan +358 800918363 +358 974790110 Singapore +1.800.579.2745 Tây Ban Nha +34 911899417 +34 800300143 Thụy Điển +46 850619671 +46 200883979 Thụy Sĩ +41 565800000 +41 800200442 Trung Quốc 400.066.5835 Úc +1.800.775.688 Vương quốc Anh +44 8000126019 +44 2073057197 Ý +39 800985513 +39 236003759 Các quốc gia khác +44.1799.534000 Các bảng liệu an toàn (SDS) — Có trang web Illumina địa support.illumina.com/sds.html Tài liệu hướng dẫn sản phẩm — Có thể tải xuống từ support.illumina.com Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn 69 Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đoán 70 Tài liệu số 1000000041922 v03 VIE Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 U.S.A +1.800.809,ILMN (4566) +1.858.202.4566 (ngoài khu vực Bắc Mỹ) techsupport@illumina.com www.illumina.com Chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu Khơng dùng quy trình chẩn đốn © 2021 Illumina, Inc Bảo lưu quyền