Thông tin tài liệu
NextSeq 550Dx Hướng dẫn tham khảo thiết bị Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE Tháng 10 năm 2021 DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM QUYỀN SỞ HỮU CỦA ILLUMINA Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Tài liệu nội dung thuộc quyền sở hữu Illumina, Inc công ty liên kết Illumina, Inc ("Illumina") dành cho việc sử dụng theo hợp đồng với khách hàng Illumina liên quan đến việc sử dụng (các) sản phẩm mô tả tài liệu không dành cho mục đích khác Tài liệu nội dung khơng sử dụng hay phân phối mục đích khác và/hoặc khơng truyền tải, tiết lộ hay chép hình thức khác mà khơng có cho phép trước văn Illumina Illumina không chuyển nhượng giấy phép theo sáng chế, nhãn hiệu, quyền quyền theo thông luật quyền tương tự bên thứ ba thông qua tài liệu Các hướng dẫn nêu tài liệu phải tuân thủ nghiêm ngặt rõ ràng cá nhân đào tạo phù hợp có đủ trình độ nhằm đảm bảo sử dụng an toàn cách (các) sản phẩm mô tả tài liệu Phải đọc hiểu hoàn toàn tất nội dung tài liệu trước sử dụng (các) sản phẩm VIỆC KHƠNG ĐỌC TỒN BỘ VÀ TN THỦ RÕ RÀNG TẤT CẢ CÁC HƯỚNG DẪN NÊU TRONG TÀI LIỆU NÀY CÓ THỂ DẪN ĐẾN GÂY HƯ HỎNG (CÁC) SẢN PHẨM, GÂY TỔN THƯƠNG CHO CON NGƯỜI, BAO GỒM NGƯỜI DÙNG HOẶC NHỮNG NGƯỜI KHÁC VÀ GÂY THIỆT HẠI TÀI SẢN KHÁC, VÀ SẼ LÀM MẤT HIỆU LỰC BẢO HÀNH ÁP DỤNG CHO (CÁC) SẢN PHẨM ĐĨ ILLUMINA KHƠNG CHỊU BẤT KỲ TRÁCH NHIỆM NÀO PHÁT SINH TỪ VIỆC SỬ DỤNG KHÔNG ĐÚNG CÁCH (CÁC) SẢN PHẨM ĐƯỢC MÔ TẢ TRONG TÀI LIỆU NÀY (BAO GỒM CẢ CÁC BỘ PHẬN CỦA SẢN PHẨM HOẶC PHẦN MỀM) © 2021 Illumina, Inc Bảo lưu quyền Tất nhãn hiệu tài sản Illumina, Inc chủ sở hữu tương ứng Để biết thông tin cụ thể nhãn hiệu, truy cập www.illumina.com/company/legal.html Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM ii Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Lịch sử sửa đổi Tài liệu Ng ày Mô t ả t h ay đ ổ i Tài liệu số 1000000009513 v07 Tháng 10 năm 2021 Bổ sung thông tin việc thiết bị kèm lọc dự phòng cho Khoang chứa lọc khơng khí Thay đổi giới hạn ổn định hộp thuốc thử Bổ sung hộp rửa dung dịch đệm vào mục quy trình rửa thủ công Cập nhật mục Kiểm tra hệ thống: Thêm hướng dẫn thông tin đăng nhập người dùng LRM (Local Run Manager) Cập nhật mục Kiểm tra chạy giải trình tự Tài liệu số 1000000009513 v06 Tháng năm 2021 Cập nhật địa Đại diện ủy quyền Liên minh châu Âu (EU) Tài liệu số 1000000009513 v05 Tháng 11 năm 2020 Cập nhật yêu cầu tên mật người dùng tài khoản dịch vụ Cập nhật thêm thông tin màu sắc trạng thái Tạo mục có tên "Thiết lập thư mục đầu mặc định" Bổ sung ví dụ đường dẫn đến thư mục đầu Bổ sung cách khắc phục lỗi nhớ mạng Bổ sung thông tin thời hạn mật Tài liệu số 1000000009513 v04 Tháng năm 2020 Cập nhật địa Đại diện ủy quyền Liên minh châu Âu (EU) Cập nhật địa Nhà bảo trợ Úc Tài liệu số 1000000009513 v03 Tháng năm 2019 Bổ sung thông tin kit thuốc thử v2.5 (75 chu kỳ) Tài liệu số 1000000009513 v02 Tháng năm 2019 Bổ sung thông tin kit thuốc thử v2.5 (300 chu kỳ) Cập nhật danh sách tài nguyên bổ sung Đưa lưu ý hướng dẫn Local Run Manager tờ hướng dẫn áp dụng cho thiết bị chế độ chẩn đoán Bổ sung hướng dẫn cách khởi động lại từ chế độ nghiên cứu sang chế độ chẩn đoán tùy theo phiên NextSeq Control Software (NCS) ổ đĩa dành cho chế độ nghiên cứu Sửa nút mục Các tùy chọn tắt thành nút Reboot/Shutdown (Khởi động lại/Tắt) Sửa quy trình Windows: Thêm bước chọn Reboot/Shutdown (Khởi động lại/Tắt) Tài liệu số 1000000009513 v01 Tháng năm 2018 Bổ sung thông tin dịch vụ giám sát Illumina Proactive vào mục Tùy chỉnh chế độ cài đặt hệ thống Cập nhật hướng dẫn mục Thay lọc khơng khí Thay đổi thông tin đề cập đến tệp phát base từ *.bcl thành *.bcl.bgzf để làm rõ tệp nén Cập nhật hướng dẫn cách giải lỗi kiểm tra hệ thống Required Software (Phần mềm cần thiết) Bổ sung nhãn công bố hợp quy Úc Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM iii Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Tài liệu Tài liệu số 1000000009513 v00 Ng ày Tháng 11 năm 2017 Mô t ả t h ay đ ổ i Phát hành lần đầu Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM iv Mục lục Lịch sử sửa đổi iii Chương Tổng quan Các tính giải trình tự Tài nguyên khác Các thành phần thiết bị Tổng quan kit thuốc thử Tổng quan vật tư tiêu hao dùng giải trình tự Các vật tư tiêu hao thiết bị người dùng tự chuẩn bị 1 4 Chương Phần mềm NextSeq 550Dx Tổng quan phần mềm NextSeq 550Dx Tổng quan Local Run Manager Mật người dùng Chương Bắt đầu Khởi động thiết bị Tùy chỉnh chế độ cài đặt hệ thống Các tùy chọn khởi động lại tắt Chương Giải trình tự Giới thiệu Quy trình cơng việc giải trình tự Tạo lần chạy phần mềm Local Run Manager Chuẩn bị hộp thuốc thử Chuẩn bị tế bào dòng chảy Chuẩn bị thư viện để giải trình tự Nạp thư viện vào hộp thuốc thử Thiết lập lần chạy giải trình tự Giám sát tiến độ lần chạy Xem liệu lần chạy mẫu Những trạng thái mà lần chạy có Xếp lại hàng đợi phân tích dừng phân tích Quy trình rửa tự động sau lần chạy Chương Bảo trì Giới thiệu Thực quy trình rửa thủ cơng Thay lọc khơng khí Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 11 17 19 19 20 22 24 24 25 25 26 26 26 27 27 33 34 36 36 37 39 39 39 42 v Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Phụ lục A Các chế độ cài đặt quản trị tác vụ Local Run Manager Giới thiệu Quản lý người dùng Các chế độ cài đặt hệ thống Các chế độ cài đặt mô-đun Nhật ký hoạt động Phụ lục B Khắc phục cố Giới thiệu Kiểm tra hệ thống Các tệp khắc phục cố Giải lỗi kiểm tra tự động Hộp đựng thuốc thử sử dụng bị đầy Thông báo lỗi RAID Lỗi nhớ mạng Định cấu hình chế độ cài đặt hệ thống Phụ lục C Real-Time Analysis Tổng quan Real-Time Analysis Quy trình cơng việc Real-Time Analysis Phụ lục D Tệp thư mục đầu Tệp đầu giải trình tự Cấu trúc thư mục đầu 44 44 44 47 48 49 51 51 51 53 54 55 55 56 56 58 58 59 63 63 66 Chỉ mục 67 Hỗ trợ kỹ thuật 71 Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM vi Chương Tổng quan Các tính gi ải trình tự Tài nguyên khác Các thành phần thi ết bị Tổng quan ki t thuốc thử Tổng quan vật tư ti hao dùng gi ải trình tự Các vật tư ti hao thi ết bị ngư i dùng tự chuẩn bị 1 4 Các tính giải trình tự u Gi ải trình tự hi ệu suất cao: Thiết bị NextSeq™ 550Dx có khả giải trình tự thư viện ADN u Real -Ti me A nal ysi s (RTA ): Tiến hành xử lý hình ảnh phát base Để biết thêm thơng tin, xem mục Real-Time Analysis trang 58 u K phân tích l i ệu thi ết bị : Các mơ-đun phân tích (của phần mềm Local Run Manager) định cho lần chạy phân tích liệu lần chạy u K hở i động kép: Thiết bị NextSeq 550Dx có ổ cứng riêng biệt hỗ trợ chế độ chẩn đoán (Dx) nghiên cứu (RUO) Tài nguyên khác Bạn tải xuống tài liệu hướng dẫn sau từ trang web Illumina Tài n g u yên Mô t ả NextSeq 550Dx Instrument Site Prep Guide (Hướng dẫn chuẩn bị khu vực làm việc thiết bị NextSeq 550Dx) (tài liệu số 1000000009869) Cung cấp thông số kỹ thuật khơng gian phịng thí nghiệm, u cầu điện lưu ý môi trường Hướng dẫn an toàn tuân thủ quy định thiết bị NextSeq 550Dx (tài liệu số 1000000009868) Cung cấp thông tin liên quan đến lưu ý an toàn vận hành, tuyên bố tuân thủ ý nghĩa nhãn thiết bị RFID Reader Compliance Guide (Hướng dẫn tuân thủ quy định phận đọc RFID) (tài liệu số 1000000030332) Cung cấp thông tin phận đọc RFID thiết bị này, chứng nhận tuân thủ quy định lưu ý an toàn NextSeq 550Dx Research Mode Instrument Reference Guide (Hướng dẫn tham khảo chế độ nghiên cứu thiết bị NextSeq 550Dx) (tài liệu số 1000000041922) Cung cấp hướng dẫn cách vận hành thiết bị quy trình khắc phục cố Sử dụng vận hành thiết bị NextSeq 550Dx chế độ nghiên cứu NextSeq Control Software (NCS) v3.0 NextSeq 550 System Guide (Hướng dẫn hệ thống NextSeq 550) (tài liệu số 15069765) Cung cấp hướng dẫn cách vận hành thiết bị quy trình khắc phục cố Sử dụng vận hành thiết bị NextSeq 550Dx chế độ nghiên cứu NextSeq Control Software (NCS) v4.0 trở lên Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Cung cấp thông tin tổng quan thành phần thiết bị, hướng dẫn vận hành thiết bị quy trình bảo trì khắc phục cố Trợ giúp BaseSpace Cung cấp thông tin cách sử dụng BaseSpace TM Sequence Hub tùy chọn phân tích có Truy cập trang hỗ trợ thiết bị NextSeq 550Dx trang web Illumina để xem tài liệu hướng dẫn, nội dung đào tạo trực tuyến, câu hỏi thường gặp tải phần mềm xuống Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Truy cập trang hỗ trợ NextSeq 550Dx trang web Illumina để xem tài liệu hướng dẫn, nội dung đào tạo trực tuyến, câu hỏi thường gặp tải phần mềm xuống Các thành phần thiết bị Thiết bị NextSeq 550Dx gồm hình cảm ứng, trạng thái khoang chứa Hình Các thành phần thiết bị A Khoang chụp ảnh: Chứa tế bào dòng chảy lần chạy giải trình tự B Màn hình cảm ứ ng: Cho phép định cấu hình thiết lập thiết bị thơng qua giao diện phần mềm vận hành C Thanh trạng thái: Cho biết trạng thái thiết bị xử lý (xanh lam), cần ý (cam), sẵn sàng giải trình tự (xanh lục), khởi chạy (xanh lam trắng xen kẽ), chưa khởi chạy (trắng) cần rửa 24 tới (vàng) D Khoang a dung dịch đệm: Chứa hộp dung dịch đệm hộp đựng thuốc thử sử dụng E Khoang a thuốc thử : Chứa hộp thuốc thử F Khoang a lọc khơng khí: Chứa lọc khơng khí Hướng tiếp cận lọc từ phía sau thiết bị G Nút nguồn: Bật tắt thiết bị máy tính thiết bị Khoang chụp ảnh Khoang chụp ảnh chứa bệ, phận bao gồm ghim chỉnh để cố định vị trí tế bào dịng chảy Sau nạp tế bào dòng chảy, cửa khoang chụp ảnh tự động đóng lại di chuyển thành phần vào vị trí Khoang chứa thuốc thử khoang chứa dung dịch đệm Khi thiết lập lần chạy giải trình tự thiết bị NextSeq 550Dx, bạn cần thao tác với khoang chứa thuốc thử khoang chứa dung dịch đệm để nạp vật tư tiêu hao dùng cho lần chạy dốc hết hộp đựng thuốc thử sử dụng Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Hình Khoang chứa thuốc thử khoang chứa dung dịch đệm A Cử a khoang a thuốc thử : Đóng kín khoang chứa thuốc thử chốt vùng phía bên phải cửa Khoang chứa thuốc thử chứa hộp thuốc thử B Hộp thuốc thử : Hộp thuốc thử vật tư tiêu hao dùng lần nạp sẵn C Hộp dung dịch đệm: Hộp dung dịch đệm vật tư tiêu hao dùng lần nạp sẵn D Hộp đự ng thuốc thử sử dụng: Thuốc thử sử dụng thu gom để thải bỏ sau lần chạy E Cử a khoang a dung dịch đệm: Đóng kín khoang chứa dung dịch đệm chốt phía góc bên trái cửa Khoang chứa lọc khơng khí Khoang chứa lọc khơng khí phận chứa lọc khơng khí, nằm phía sau thiết bị Hãy thay lọc khơng khí 90 ngày lần Để biết thơng tin việc thay lọc, xem mục Thay lọc khơng khí trang 42 Nút nguồn Nút nguồn mặt trước NextSeq 550Dx có tác dụng bật nguồn thiết bị máy tính thiết bị Bạn thực hành động sau nút nguồn, tùy thuộc vào trạng thái nguồn thiết bị Theo mặc định, NextSeq 550Dx khởi động vào chế độ chẩn đốn Để biết thơng tin cách bật nguồn ban đầu thiết bị, xem mục Khởi động thiết bị trang 19 Để biết thông tin cách tắt thiết bị, xem mục Tắt thiết bị trang 22 Trạn g t h n g u n Hàn h đ ộ n g Nguồn thiết bị tắt Nhấn nút để bật nguồn Nguồn thiết bị bật Nhấn nút để tắt nguồn Một hộp thoại xuất hình để xác nhận việc tắt thiết bị Nguồn thiết bị bật Nhấn giữ nút nguồn 10 giây để buộc thiết bị máy tính thiết bị tắt Chỉ áp dụng phương pháp để tắt thiết bị thiết bị không phản hồi LƯU Ý Việc tắt thiết bị chạy giải trình tự kết thúc lần chạy Kết thúc lần chạy bước cuối Bạn tái sử dụng vật tư tiêu hao dùng lần chạy Dữ liệu giải trình tự từ lần chạy không lưu Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Tổng quan kit thuốc thử Tổng quan vật tư tiêu hao dùng giải trình tự Các vật tư tiêu hao dùng giải trình tự cần có để chạy NextSeq 550Dx cung cấp riêng kit dùng lần Mỗi kit bao gồm tế bào dòng chảy, hộp thuốc thử, hộp dung dịch đệm dung dịch đệm pha loãng thư viện Để biết thêm thông tin, xem tờ hướng dẫn sử dụng NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles), NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles) NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (75 cycles) Tế bào dòng chảy, hộp thuốc thử hộp dung dịch đệm sử dụng chức nhận dạng tần số vô tuyến (RFID, Radio-Frequency Identification) để theo dõi vật tư tiêu hao biết tính tương thích xác THẬN TRỌNG Các kit NextSeq 550Dx High Output Reagent v2.5 yêu cầu NOS 1.3 trở lên để thiết bị chấp nhận Flow Cell Cartridge v2.5 Hoàn tất việc cập nhật phần mềm trước chuẩn bị mẫu vật tư tiêu hao để tránh lãng phí thuốc thử và/hoặc mẫu LƯU Ý Bảo quản vật tư tiêu hao dùng cho giải trình tự hộp đựng sẵn sàng sử dụng Điều kiện bảo quản bắt buộc cho vật tư tiêu hao dùng giải trình tự Vật p h ẩm (1 ch o mỗ i lần ch ạy) Yêu cầu đ iều kiện b ảo q u ản Dung dịch đệm pha loãng thư viện -25°C đến -15°C Hộp thuốc thử -25°C đến -15°C Hộp dung dịch đệm 15°C đến 30°C Hộp tế bào dòng chảy 2°C đến 8°C* * NextSeq 550Dx High Output Flow Cell Cartridge v2.5 vận chuyển nhiệt độ môi trường Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Phụ lục C Real-Time Analysis Tổng quan Real -Ti me A nal ysi s Quy trình cơng vi ệc Real -Ti me A nal ysi s 58 59 Tổng quan Real-Time Analysis Thiết bị NextSeq 550Dx sử dụng ứng dụng triển khai phần mềm Real-Time Analysis (RTA) tên RTA2 RTA2 chạy máy tính thiết bị trích xuất mức cường độ từ hình ảnh, tiến hành phát base, ấn định điểm chất lượng cho phát base RTA2 phần mềm vận hành giao tiếp thông qua giao diện web HTTP tệp nhớ dùng chung Nếu RTA2 kết thúc, q trình xử lý khơng tiếp tục liệu lần chạy không lưu Thông tin đầu vào RTA2 RTA2 yêu cầu thông tin đầu vào sau để tiến hành xử lý: u Hình ảnh ô nằm nhớ hệ thống thiết bị u Tệp RunInfo.xml, tạo tự động đầu lần chạy cung cấp tên lần chạy, số chu kỳ, việc đoạn đọc có lập thị hay khơng số tế bào dịng chảy u Tệp RTA.exe.config, tệp cấu hình phần mềm định dạng XML RTA2 nhận lệnh từ phần mềm vận hành vị trí tệp RunInfo.xml việc thư mục đầu tùy chọn có định hay khơng Tệp đầu RTA2 Hình ảnh cho kênh chuyển vào nhớ dạng Ơ vùng chụp ảnh nhỏ tế bào dòng chảy xác định trường ngắm máy ảnh Từ hình ảnh này, phần mềm tạo sản phẩm đầu tập hợp tệp lọc tệp phát base có điểm chất lượng Tất tệp khác tệp đầu hỗ trợ L o ại t ệp Mô t ả Tệp phát base Mỗi phân tích nằm tệp phát base tổng hợp (*.bcl.bgzf) cho chu kỳ Tệp phát base tổng hợp chứa phát base điểm chất lượng kèm cho cụm Tệp lọc Mỗi ô lại tạo thông tin lọc tổng hợp vào tệp lọc (*.filter) cho Tệp lọc định xem cụm có qua lọc hay khơng Tệp vị trí cụm Các tệp vị trí cụm (*.locs) chứa tọa độ X, Y cho cụm ô Một tệp vị trí cụm tạo cho trình tạo mẫu Tệp thị phát base Một tệp thị phát base (*.bci) tạo cho để lưu giữ thông tin ô gốc Tệp thị chứa cặp giá trị ô, tức gồm số ô số lượng cụm RTA2 cung cấp số liệu thời gian thực chất lượng lần chạy, lưu trữ dạng tệp InterOp Tệp InterOp đầu nhị phân chứa số liệu cấp độ đoạn đọc, chu kỳ ô Xử lý lỗi RTA2 tạo tệp nhật ký ghi tệp vào thư mục RTALogs Lỗi ghi lại tệp lỗi định dạng *.tsv Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 58 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Các tệp nhật ký lỗi sau chuyển tới thư mục đích đầu cuối cuối q trình xử lý: u *GlobalLog*.tsv tóm tắt kiện quan trọng lần chạy u *LaneNLog*.tsv liệt kê kiện xử lý u *Error*.tsv liệt kê lỗi xảy lần chạy u *WarningLog*.tsv liệt kê cảnh báo xảy lần chạy Universal Copy Service NextSeq 550Dx kèm Universal Copy Service RTA2 yêu cầu dịch vụ chép tệp từ vị trí gốc đến vị trí đích dịch vụ xử lý yêu cầu chép theo thứ tự nhận yêu cầu Nếu xảy ngoại lệ, tệp xếp lại vào hàng đợi chép dựa số lượng tệp hàng đợi chép Quy trình cơng việc Real-Time Analysis Tạo mẫu Gh i n h ận t xu ất cư n g đ ộ Hiệu ch ỉn h đ ịn h p h a Ph át h iện b ase Ch ấm đ iểm ch ất lư ợ n g Ánh xạ vị trí cụm Ghi lại vị trí cụm tế bào dòng chảy xác định giá trị cường độ cụm Hiệu chỉnh ảnh hưởng trình định pha tiền định pha Xác định phát base cho cụm Ấn định điểm chất lượng cho phát base Tạo mẫu Bước quy trình cơng việc của RTA tạo mẫu, tức xác định vị trí cụm ô cách sử dụng tọa độ X Y Việc tạo mẫu yêu cầu liệu hình ảnh từ chu kỳ lần chạy Sau chụp ảnh xong chu kỳ mẫu cuối ô, mẫu tạo LƯU Ý Để phát cụm tạo mẫu, phải có base khơng phải G chu kỳ Với trình tự thị, RTA2 u cầu base khơng phải G chu kỳ Mẫu dùng làm tham chiếu cho bước ghi nhận trích xuất cường độ Các vị trí cụm tồn tế bào dòng chảy ghi vào tệp vị trí cụm (*.locs), tệp Ghi nhận trích xuất cường độ Quy trình ghi nhận trích xuất cường độ bắt đầu sau tạo mẫu u Bước ghi nhận chỉnh hình ảnh chụp chu kỳ chụp ảnh dựa mẫu u Bước trích xuất cường độ xác định giá trị cường độ cho cụm mẫu hình ảnh cụ thể Nếu hình ảnh chu kỳ không ghi nhận thành cơng chu kỳ khơng tạo phát base Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 59 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Hiệu chỉnh định pha Trong phản ứng giải trình tự, sợi ADN cụm kéo dài thêm base chu kỳ Định pha tiền định pha xảy sợi trở nên không hợp pha với chu kỳ kết hợp u Định pha xảy base rơi lại phía sau u Tiền định pha xảy base nhảy lên phía trước Hình 24 Định pha tiền định pha A Đoạn đọc có base định pha B Đoạn đọc có base tiền định pha RTA2 hiệu chỉnh ảnh hưởng định pha tiền định pha, nhờ tối đa hóa chất lượng liệu chu kỳ suốt lần chạy Phát base Quá trình phát base xác định base (A, C, G T) cho cụm ô cho trước chu kỳ cụ thể Thiết bị NextSeq 550Dx sử dụng phương pháp giải trình tự kênh Phương pháp cần hình ảnh để mã hóa liệu cho base ADN, từ kênh đỏ từ kênh xanh lục Các cường độ trích xuất từ hình ảnh so sánh với hình ảnh khác dẫn đến quần thể riêng biệt, quần thể tương ứng với nucleotide Quá trình phát base xác định cụm thuộc quần thể Hình 25 Trực quan hóa cường độ cụm Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 60 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Bảng Phát base giải trình tự hai kênh Base K ên h đỏ K ên h xan h lụ c A (bật) (bật) Các cụm thể cường độ kênh đỏ xanh lục C (bật) (tắt) Các cụm thể cường độ kênh đỏ G (tắt) (tắt) Các cụm cường độ vị trí cụm xác định T (tắt) (bật) Các cụm thể cường độ kênh xanh lục K ết q u ả Các cụm qua lọc Trong lần chạy, RTA2 lọc liệu thơ để xóa đoạn đọc khơng đáp ứng ngưỡng chất lượng liệu Các cụm chồng chéo chất lượng thấp loại bỏ Đối với q trình phân tích kênh, RTA2 sử dụng hệ thống dựa quần thể để xác định độ tinh khiết phát base Các cụm qua lọc (PF, Pass Filter) có khơng q phát base 25 chu kỳ đầu có độ tinh khiết < 0,63 Các cụm không qua lọc không phát base Các lưu ý việc lập thị Quy trình dành cho đoạn đọc thị phát base khác với quy trình phát base đoạn đọc khác Đoạn đọc thị phải bắt đầu với base loại G chu kỳ đầu Nếu Đoạn đọc thị bắt đầu với phát base loại G khơng có cường độ tín hiệu tạo Tín hiệu phải xuất chu kỳ đầu để đảm bảo hiệu suất tách đoạn Để tăng hiệu lực tách đoạn, chọn trình tự thị cung cấp tín hiệu kênh, tốt kênh, chu kỳ Làm theo hướng dẫn để tránh tổ hợp thị cho base G chu kỳ u Kênh đỏ: A C u Kênh xanh lục: A T Quy trình phát base đảm bảo độ xác phân tích mẫu kênh Chấm điểm chất lượng Điểm chất lượng dự đoán xác suất xảy phát base không xác Điểm Q cao đồng nghĩa với kết đọc base có chất lượng cao độ xác cao Điểm Q cách đơn giản để truyền đạt xác suất lỗi nhỏ Điểm chất lượng biểu thị dạng Q(X), X là số điểm Bảng cho thấy mối quan hệ điểm chất lượng xác suất lỗi Điểm ch ất lư ợ n g Q(X) Xác su ất lỗ i Q40 0,0001 (1 10.000) Q30 0,001 (1 1.000) Q20 0,01 (1 100) Q10 0,1 (1 10) LƯU Ý Chấm điểm chất lượng dựa phiên sửa đổi thuật toán Phred Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 61 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Chấm điểm chất lượng tính tốn dự báo cho kết đọc base, sử dụng giá trị dự báo để tìm kiếm điểm Q bảng chất lượng Bảng chất lượng tạo để cung cấp dự đoán chất lượng xác tối ưu cho lần chạy tạo cấu hình cụ thể tảng giải trình tự phiên quy trình hóa học Sau điểm chất lượng xác định, kết ghi lại tệp phát base (*.bcl.bgzf) Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 62 Phụ lục D Tệp thư mục đầu Tệp đầu gi ải trình tự Cấu trúc thư mục đầu 63 66 Tệp đầu giải trình tự L o ại t ệp Mơ t ả, vị t rí t ên t ệp Tệp phát base Mỗi phân tích nằm tệp phát base, tổng hợp thành tệp cho chu kỳ Tệp tổng hợp chứa phát base điểm chất lượng mã hóa cho cụm Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Các tệp lưu trữ thư mục cho [Chu kỳ].bcl.bgzf, [Chu kỳ] thể số chu kỳ có chữ số Các tệp phát base nén phương thức nén gzip theo khối Tệp thị phát base Với làn, tệp thị nhị phân liệt kê thông tin ô gốc thành cặp giá trị cho ô, tức gồm số ô số lượng cụm Tệp thị phát base tạo vào lần đầu tạo tệp phát base cho Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Các tệp lưu trữ thư mục cho s_[Làn].bci Tệp vị trí cụm Với ô, tọa độ XY tất cụm tổng hợp vào tệp vị trí cụm cho Tệp vị trí cụm kết việc tạo mẫu Data\Intensities\L00[X]: Các tệp lưu trữ thư mục cho s_[làn].locs Tệp lọc Tệp lọc định xem cụm có qua lọc hay không Thông tin lọc tổng hợp vào tệp lọc cho đoạn đọc Các tệp lọc tạo chu kỳ 26 25 chu kỳ liệu Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Các tệp lưu trữ thư mục cho s_[làn].filter Tệp InterOp Tệp báo cáo nhị phân Các tệp InterOp cập nhật suốt lần chạy Thư mục InterOp Tệp cấu hình RTA Được tạo bắt đầu lần chạy, tệp cấu hình RTA liệt kê chế độ cài đặt lần chạy [Thư mục gốc], RTAConfiguration.xml Tệp thông tin lần chạy Liệt kê tên lần chạy, số chu kỳ đoạn đọc, đoạn đọc có phải đoạn đọc lập thị hay không số lượng dải ô tế bào dịng chảy Tệp thơng tin lần chạy tạo đầu lần chạy [Thư mục gốc], RunInfo.xml Ô tế bào dịng chảy Ơ vùng chụp ảnh nhỏ tế bào dòng chảy xác định trường ngắm máy ảnh Tổng số ô phụ thuộc vào số lượng làn, dải bề mặt chụp ảnh tế bào dòng chảy, cách máy ảnh phối hợp để thu thập hình ảnh Các tế bào dịng chảy hiệu suất cao có tổng cộng 864 Bảng Ơ tế bào dịng chảy Th àn h p h ần củ a t ế b d ò n g ch ảy Hiệu su ất cao Mô t ả Số Làn kênh vật lý có cổng đầu đầu vào riêng Số bề mặt Tế bào dòng chảy chụp ảnh bề mặt: Mặt mặt ô chụp ảnh, đến ô Số dải Dải cột ô Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 63 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Th àn h p h ần củ a t ế b d ò n g ch ảy Hiệu su ất cao Mô t ả Số đoạn máy ảnh Thiết bị sử dụng máy ảnh để chụp ảnh tế bào dòng chảy theo đoạn Số ô dải đoạn máy ảnh 12 Ô vùng tế bào dòng chảy máy ảnh coi hình ảnh Tổng số chụp ảnh 864 Tổng số số × số bề mặt × số dải × số đoạn máy ảnh × số dải đoạn Đánh số Làn 3, gọi cặp A, chụp ảnh lúc Làn 4, gọi cặp B, chụp ảnh sau chụp xong cặp A Hình 26 Đánh số A Cặp A: Làn B Cặp B: Làn Đánh số dải Mỗi chụp ảnh theo dải Các dải đánh số từ đến tế bào dòng chảy hiệu suất cao Hình 27 Đánh số dải Đánh số máy ảnh Thiết bị NextSeq 550Dx dùng máy ảnh để chụp ảnh tế bào dòng chảy Các máy ảnh đánh số từ đến Các máy ảnh từ đến chụp ảnh Các máy ảnh từ đến chụp ảnh Sau chụp ảnh 3, mô-đun chụp ảnh di chuyển theo chiều ngang để chụp ảnh Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 64 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Hình 28 Đánh số máy ảnh đoạn (Trong hình minh họa tế bào dịng chảy hiệu suất cao) Đánh số ô Mỗi dải đoạn máy ảnh có 12 Các đánh số từ 01 đến 12, số dải hay đoạn máy ảnh, thể chữ số Hình 29 Đánh số Số hồn thiện bao gồm chữ số thể vị trí, cụ thể sau: u B ề mặt: thể mặt trên; thể mặt u Dải : 1, u Máy ảnh: 1, 2, 3, 4, u Ô: 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 12 Ví dụ: Số 12508 mặt trên, dải 2, máy ảnh Số hồn thiện gồm chữ số dùng tên tệp hình ảnh thu nhỏ tệp định pha thực nghiệm Để biết thêm thông tin, xem mục Tệp đầu giải trình tự trang 63 Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 65 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx Cấu trúc thư mục đầu Phần mềm vận hành tự động tạo tên thư mục đầu Data Intensi ti es B aseCal l s L001: Các tệp phát base 1, tổng hợp vào tệp chu kỳ L002: Các tệp phát base 2, tổng hợp vào tệp chu kỳ L003: Các tệp phát base 3, tổng hợp vào tệp chu kỳ L004: Các tệp phát base 4, tổng hợp vào tệp chu kỳ L001: Tệp *.locs tổng hợp L002: Tệp *.locs tổng hợp L003: Tệp *.locs tổng hợp L004: Tệp *.locs tổng hợp Images Focus L001: Hình ảnh lấy nét L002: Hình ảnh lấy nét L003: Hình ảnh lấy nét L004: Hình ảnh lấy nét InterOp: Tệp nhị phân Logs: Tệp nhật ký mô tả bước vận hành Reci pe: Tệp công thức dành riêng cho lần chạy đặt tên theo ID hộp thuốc thử RTA Logs: Tệp nhật ký mô tả bước phân tích RTAComplete.txt RTAConfiguration.xml RunInfo.xml RunParameters.xml Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 66 Chỉ mục  âm 20 B bàn phím 20 bảo trì phịng ngừa 39 bảo trì thiết bị vật tư tiêu hao bảo trì, phịng ngừa 39 biểu tượng Local Run Manager 13 lỗi cảnh báo nhật ký hoạt động 50 thu nhỏ NOS 10 trạng thái lọc độ tinh khiết 61 lọc không khí 3, 42 C cặp 64 cụm qua lọc 61 chế độ cài đặt bảo trì 47 chế độ cài đặt cấu hình 56 chế độ cài đặt hệ thống 20, 47 chế độ cài đặt quản trị tác vụ 44 chế độ cài đặt tài khoản dịch vụ 48 lưu ý việc lập thị 61 cảnh báo trạng thái công tắc nguồn 19 cường độ 60 chế độ RUO 20, 22 chụp ảnh, giải trình tự kênh 60 D dịch vụ giám sát Illumina Proactive 21 dung lượng ổ đĩa kiểm tra liệu thời hạn lưu 47 Đ đánh số dải 64 đánh số 64 Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM đánh số máy ảnh 64 đánh số ô 65 đào tạo trực tuyến qua lọc (PF) 61 điểm chất lượng 61 định pha thực nghiệm 60 định pha, tiền định pha 60 độ dài đoạn đọc 24, 26 F formamide, vị trí số 31 G giải trình tự giới thiệu 24 vật tư tiêu hao người dùng tự chuẩn bị giải trình tự q trình phân tích 12 H hỗ trợ kỹ thuật 71 hỗ trợ khách hàng 71 hộp dung dịch đệm 6, 30 hộp thuốc thử ngăn chứa số 28 40 ngăn chứa số 31 tổng quan hướng dẫn nước cấp độ dùng phịng thí nghiệm K kiểm tra hệ thống 51 kiểm tra trước lần chạy 32 khả tương thích tế bào dịng chảy, hộp thuốc thử theo dõi RFID 4-5 khắc phục cố tệp riêng biệt theo lần chạy 53 hộp đựng thuốc thử sử dụng 55 kiểm tra hệ thống 51 kiểm tra trước lần chạy 54 khoang chụp ảnh khoang chứa dung dịch đệm khoang chứa thuốc thử khoảng thời gian chờ không hoạt động 47 67 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx khởi động lại 22 chế độ nghiên cứu 22 thiết bị 22 khởi động lại vào chế độ nghiên cứu 20 L nút nguồn 3, 19 nhật ký hoạt động biểu tượng 50 lọc 49 xem 49 xuất 50 lần chạy ẩn 15 chỉnh sửa 15 hoạt động 14 đặt tùy chọn bắt đầu 21 ghim 16 lọc 15 Tab Run Overview (Tổng quan lần chạy) 34 tạo 25 tiến độ 33 tìm kiếm 15 Local Run Manager biểu tượng 13 chế độ cài đặt mô-đun 48 cách xem 11-12 mật người dùng 17 quy trình cơng việc 12 tạo lần chạy 25 lỗi nhớ mạng 56 lỗi kiểm tra trước lần chạy 54 lỗi cảnh báo 9, 58 P M q trình phân tích tệp đầu 63 q trình phân tích, độ tinh tín hiệu 61 quản lý người dùng 44 quản lý thiết bị tắt 22-23 quy trình cơng việc ghim chỉnh 27 lưu ý việc lập thị 61 chuẩn bị tế bào dịng chảy 26 giải trình tự 59 hộp dung dịch đệm 30 hộp thuốc thử 30 kiểm tra trước lần chạy 32 natri hypoclorit 40 số liệu lần chạy 33 tế bào dòng chảy 27 tổng quan 25 thời lượng lần chạy 24, 26 thuốc thử sử dụng 29 mật đặt lại 46 hết hạn 47 mở khóa 46 người dùng 17 quản lý 44 số lần cho phép 47 tạo 45 thay đổi 17 trạng thái 17 mẫu tab samples and results (mẫu kết quả) 35 tìm kiếm 15 N natri hypoclorit, quy trình rửa 40 Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM phát base 60 lưu ý việc lập thị 61 phần mềm chế độ cài đặt cấu hình 56 kiểm tra dung lượng ổ đĩa khởi chạy 19 phân tích hình ảnh, phát base tạo lần chạy 25 thời lượng lần chạy 24, 26 thiết bị phần mềm điều khiển phần mềm Real-Time Analysis định pha 60 kết 63 quy trình cơng việc 59 phân tích xem kết 34 xếp lại hàng đợi 36 Q 68 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx quy trình cơng việc giải trình tự 25, 59 quy trình rửa thành phần quy trình rửa 39 rửa thủ cơng 39 tự động 37 vật tư tiêu hao người dùng tự chuẩn bị 39 quy trình rửa sau lần chạy 37 quyền người dùng thay đổi 46 xóa 46 R RunInfo.xml 53, 63 rửa thiết bị 39 S số chu kỳ đoạn đọc 24 số liệu chu kỳ cường độ 33 chu kỳ mật độ cụm 33 phát base 60 số liệu lần chạy 33 T tab sequencing information (thơng tin giải trình tự) 35 tài khoản 17 tài liệu hướng dẫn 1, 71 tạo cụm 24, 33 tạo lần chạy 25 tạo mẫu 59 tắt thiết bị 22 tế bào dòng chảy cặp chụp ảnh 64 đánh số 64 đánh số 65 đóng gói 26 làm 26 ô 63 số dải 64 tổng quan tên mật người dùng 19 tên mật người dùng hệ thống 19 tệp lọc 63 tệp đầu 63 Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM tệp đầu ra, giải trình tự 63 tệp InterOp 53, 63 tệp phát base 63 tệp vị trí 63 thành phần khoang chụp ảnh khoang chứa dung dịch đệm khoang chứa thuốc thử trạng thái trạng thái theo dõi RFID thiết bị ảnh đại diện 20 biệt danh 20 chế độ cài đặt cấu hình 56 báo chế độ 20 liệu hiệu suất 21 khởi động 19 khởi động lại 22 nút nguồn tắt 22 Thông báo lỗi RAID 55 thời gian chờ hệ thống 47 thời lượng lần chạy 24, 26 thuật toán Phred 61 thuốc thử thải bỏ cách 30 theo kit thuốc thử sử dụng hộp đựng bị đầy 55 thải bỏ 29, 41 thư mục lần chạy liên kết lại 16 thay đổi vị trí 37 thiết lập đầu 21 thiết lập vị trí 21 xóa 16 trợ giúp tài liệu hướng dẫn trợ giúp, kỹ thuật 71 truyền liệu universal copy service 59 U Universal Copy Service 59 V vật tư tiêu hao bảo trì thiết bị 69 Hướng dẫn tham khảo thiết bị NextSeq 550Dx chạy giải trình tự hộp dung dịch đệm hộp thuốc thử nước cấp độ dùng phịng thí nghiệm tế bào dịng chảy vật tư tiêu hao dùng quy trình rửa 3940 vật tư tiêu hao người dùng tự chuẩn bị vị trí cụm tạo mẫu 59 tệp 63 vị trí lưu 47 W Windows 23 truy cập 10 X xác xếp xóa xóa suất lỗi 61 lại hàng đợi phân tích 36 người dùng 46 thư mục không hoạt động 47 Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 70 Hỗ trợ kỹ thuật Để hỗ trợ kỹ thuật, liên hệ với phận Hỗ trợ kỹ thuật Illumina Tran g web : Email: www.illumina.com techsupport@illumina.com Các số điện thoại hỗ trợ khách hàng Illumina K h u vự c Số miễn cư c B ắc Mỹ +1.800.809.4566 K h u vự c Áo +43 800006249 +43 19286540 Bỉ +32 80077160 +32 34002973 Đài L o an , Tru n g Qu ố c 00806651752 Đan Mạch +45 80820183 +45 89871156 Đứ c +49 8001014940 +49 8938035677 Hà L an +31 8000222493 +31 207132960 Hàn Qu ố c +82 80 234 5300 Hồ n g K ô n g , Tru n g Qu ố c 800960230 Irelan d +353 1800936608 +353 016950506 Na Uy +47 800 16836 +47 21939693 New Zealan d 0800.451.650 Nh ật B ản 0800.111.5011 Ph áp +33 805102193 +33 170770446 Ph ần L an +358 800918363 +358 974790110 Sin g ap o re +1.800.579.2745 Tây B an Nh a +34 911899417 +34 800300143 Th ụ y Điển +46 850619671 +46 200883979 Th ụ y Sĩ +41 565800000 +41 800200442 Tru n g Qu ố c 400.066.5835 Úc +1.800.775.688 Vư n g q u ố c A n h +44 8000126019 +44 2073057197 Ý +39 800985513 +39 236003759 Các q u ố c g ia kh ác +44.1799.534000 Các bảng l i ệu an tồn (SDS) — Có trang web Illumina địa support.illumina.com/sds.html Tài l i ệu hư ng dẫn sản phẩm — Có thể tải xuống từ support.illumina.com Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 71 Tài liệu số 1000000009513 v07 VIE Illumina 5200 Illumina Way Nh b ảo tr ợ Úc San Diego, California 92122 U.S.A Illumina Australia Pty Ltd +1.800.809.ILMN (4566) Nursing Association Building +1.858.202.4566 (ngoài khu vực Bắc Mỹ) Level 3, 535 Elizabeth Street techsupport@illumina.com Melbourne, VIC 3000 www.illumina.com Australia Illumina Netherlands B.V Steenoven 19 5626 DK Eindhoven Hà Lan DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM © 2021 Illumina, Inc Bảo lưu quyền
Ngày đăng: 07/12/2022, 20:54
Xem thêm:
