PHÂN TÍCH SỰ KHÁC BIỆT DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ MẪU GIẢO CỔ LAM (Gynostemma pentaphyllum) DỰA TRÊN CHỈ THỊ PHÂN TỬ DNA BARCODE

6 5 0
PHÂN TÍCH SỰ KHÁC BIỆT DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ MẪU GIẢO CỔ LAM (Gynostemma pentaphyllum) DỰA TRÊN CHỈ THỊ PHÂN TỬ DNA BARCODE

Đang tải... (xem toàn văn)

Thông tin tài liệu

PHÂN TÍCH SỰ KHÁC BIỆT DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ MẪU GIẢO CỔ LAM (Gynostemma pentaphyllum) DỰA TRÊN CHỈ THỊ PHÂN TỬ DNA BARCODE Nguyễn Trường Giang, Nguyễn Hoàng Cẩm Tú, Huỳnh Hữu Đức* Trung tâm Công nghệ Sinh học Tp Hồ Chí Minh TĨM TẮT Giảo cổ lam (Gynostemma pentaphyllum) lồi dược liệu có giá trị mang nhiều dược chất quý saponin flavonoid Trong chi giảo cổ lam, có lồi giảo cổ lam chứa nhiều dược chất có giá trị làm dược liệu, đặc biệt việc ức chế tế bào ung thư Trong nghiên cứu này, 02 vùng gen matK ITS2 sử dụng để đánh giá mối quan hệ di truyền xây dựng sở liệu phân tử 08 mẫu giảo cổ lam có hình dạng khác thu thập.Kết phân tích trình tự DNA vùng gen matK ITS mẫu giảo cổ lam thu thập cho thấy kích thước 761 bp 466 bp Mức độ tương đồng di truyền mẫu thu thập với mẫu tham chiếu chi Gynostemma NCBI đạt 99,26 - 99,6% matK, 98,4 - 100% ITS2 Kết phân tích di truyền mẫu giảo cổ lam dựa kết hợp 02 vùng matK + ITS2 cho thấy mẫu giảo cổ lam Gp1, Gp2, Gp3, Gp4, Gp5, Gp6, Gp7 phân thành nhóm, nhóm cịn lại gồm mẫu giảo cổ lam Gp8 mang Trong nhóm 1, mẫu Gp3 Gp4, Gp1 Gp7, Gp5 Gp6 có mối quan hệ di truyền tương đối gần xếp thành cặp với nhau, mẫu Gp2, mang lá, tương đối phân tách so với mẫu cịn lại nhóm Như vậy, việc sử dụng vùng matK + ITS2 việc phân tích đa dạng di truyền loài giảo cổ lam có đặc điểm hình thái khác cho thấy có đa dạng nguồn gen lồi mức độ loài loài Kết đồng thời mở khả ứng dụng thị DNA barcode bảo tồn, khai thác loài dược liệu nói chung tương lai Từ khóa: Gynostemma pentaphyllum, Mã vạch DNA, PCR, ITS2, matK MỞ ĐẦU Cây dược liệu nguồn tài nguyên thực vật có giá trị thiết thực việc phòng chữa bệnh từ xưa đến nay, ngồi cịn có giá trị bảo tồn nguồn gen Trong văn hóa cổ, người thu thập thông tin dược liệu dựa phương thuốc truyền dân gian phát triển lên thành sách dược liệu Theo tổ chức y tế Thế giới ước tính khoảng 80% dân số toàn giới sử dụng dược liệu, sản phẩm thương mại có nguồn gốc từ dược liệu để phòng trị bệnh Có khoảng 21.000 lồi thực vật sử dụng làm thuốc Đến thời điểm 30% loài thực vật sử dụng y học [1] Giảo cổ lam loại dược liệu sử dụng dạng nguyên liệu thô hay dạng sản phẩm chế biến, thương mại Giảo cổ lam chứa hai thành phần mang dược chất saponin flavonoid, số loại hoạt chất hữu ích khác acid amin, vitamin, khống chất P, Mn, Fe, Zn, Se,… Theo dược điển thuốc y học cổ truyền, giảo cổ lam loại dây leo sử dụng phịng trị bệnh chống lại lão hóa, cholesterol cao, giảm stress, tăng cường trí nhớ,… Trong số nghiên cứu cho thấy loại thảo dược hỗ trợ điều trị bệnh tiểu đường, làm giảm hàm lượng đường máu bệnh nhân tiểu đường loại Hiện nay, việc nghiên cứu đối tượng cịn ít, số nghiên cứu chun sâu thành phần dược liệu giai đoạn phịng thí nghiêm thử nghiệm lâm sàng [2], sản phẩm sử dụng trực tiếp chế biến thành sản phẩm thương mại trà, bột, viên nang.Theo hống kê cho thấy suất trồng giảo cổ lam đạt 2.300 – 3.000 kg khô/ha/năm với giá bán từ 150.000 – 200.000 đồng/kg thu 600.000.000 đồng Điều cho thấy chúng khơng có giá trị dược liệu đem lại giá trị kinh tế cao.Sự khác biệt mặt hình thái có liên quan đến hàm lượng thành phần dược chất Giảo cổ lam có nhiều loại khác loại lá, lá, 5, lá, có loại có giá trị dược liệu Đối với giảo cổ lam mọc tự nhiên, phân biệt cách tương đối thơng qua đặc điểm hình thái, nhiên sản phẩm thương mại chế biến có nguồn gốc từ lồi dễ bị trộn lẫn khó phân biệt khơng dựa phân tích di truyền Bên cạnh đó, việc nâng cao chất lượng giống hạn chế việc đánh giá chọn lọc dựa đặc điểm di truyền có biến đổi di truyền tự nhiên khác biệt giống trồng q trình chọn lọc nhân tạo Do việc phân tích đa dạng di truyền xác định lồi quan trọng q trình bảo tồn phát triển giống giảo cổ lam Việc ứng dụng thị phân tử để đánh giá xây dựng sở liệu di truyền ban đầu cần thiết từ ứng dụng cho việc phân tích di truyền xác định sản phầm thương mại có nguồn gốc từ giảo cổ lam số loài khác Hiện giảo cổ lam quan tâm lợi ích mà chúng đem lại Tuy nhiên, nghiên cứu chủ yếu tập trung vào việc phân tích đặc tính hợp chất có cây, tác dụng hợp chất thứ cấp xây dựng quy trình sản xuất sản phẩm thương mại từ chúng Nhưng chưa tập trung vào việc phân loại hay đánh giá di truyền chúng từ phục vụ cơng tác bảo tồn, sản xuất quản lý chất lượng sản phẩn dựa kỹ thuật sinh học phân tử [1, 3-5] Thị trường dược liệu sản phẩm thương mại có nguồn gôc từ thuốc chưa quản lý tốt nên việc trộn lẫn thành phần sản phẩm thương mại nhằm thu lợi nhuận làm ảnh hưởng đến chất lượng hiệu sử dụng Do việc xác định, truy xuất nguồn vật liệu thương phẩm cần thiết Hiện nay, nhiều phương pháp khác sắc ký lỏng cao áp, sắc ký khí, quang phổ, sử dụng để xác định nguồn gốc sản phẩm dược liệu Tuy nhiên, việc xác định gặp số hạn chế chuyển hóa hợp chất thứ cấp dược liệu, sản phẩm thương mại có nguồn gốc dược liệu bị ảnh hưởng yếu tố khác điều kiện sinh trưởng, trình sản xuất, đồng thời chi phí phân tích cao Các kỹ thuật dựa thị phân tử phát triển sử dụng việc đánh giá mối quan hệ di truyền định danh loài dược liệu đồng thời ứng dụng việc kiểm soát dược liệu xuất nhập Với phát triển kỹ thuật giúp cho việc phân biệt loài khó phân biệt với lồi khác giống mặt hình thái thành phần hóa học hiệu Hiện nay, có nhiều thị phân tử phát triển để định danh dược liệu Xây dựng sở liệu mã vạch DNA cho loài sinh vật sử dụng chúng để truy xuất nguồn gốc so sánh giống cá thể ngày sử dụng phổ biến Techen cộng (2014), chọn lựa đánh giá số vùng gen phương pháp để xác định mã vạch dựa sở liệu có sẵn tiền tương lai mã vạch DNA cho dược liệu Ứng dụng sở liệu mã vạch DNA ứng dụng để xác định số sản phẩm thương mại có nguồn gốc dược liệu hiệu xác định sản phẩm có trộn lẫn thành phần khác khơng phải dược liệu [6] Một số báo cáo cho thấy việc sử dụng thị phân tử cho hiệu tốt việc xác định Crocus sativus trình xuất nhập sản phẩm dược liệu giới Bởi chúng có giá trị cao nên dược liệu thường bị pha trộn với số loài khác Một số nghiên cứu khác cho thấy việc sử dụng vùng ITS2 có hiệu việc mơ tả mức độ lồi quần thể Một số vùng khác sử dụng trnH-psbA, rpoC1, rbcL, matK vùng mã hóa hai vùng khơng mã hóa ITS1, ITS2 sử dụng để so sánh 319 loài dược liệu [7, 8] Trong nghiên cứu này, sử dụng vùng gen matK ITS2 để xây dựng sở liệu DNA để đánh giá mối quan hệ di truyền số mẫu giảo cổ lam từ tiến tới ứng dụng để phục vụ tác bảo tồn giống dược liệu, phân biệt sản phẩm thương mại có nguồn gốc từ giảo cổ lam NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP Nguyên liệu 08 mẫu giảo cổ lam thu thập địa điểm khác (Bảng 1) Bảng Danh sách mẫu giảo cổ lam thu thập TT Ký hiệu Địa điểm thu thập Tên khoa học Đặc điểm 01 Gp01 Gynostemma pentaphyllum 02 Gp02 Gynostemma pentaphyllum 03 Gp03 Gynostemma pentaphyllum Viện NC PT Lâm Nghiệp 04 Gp04 Gynostemma pentaphyllum Phú Thọ 05 Gp05 Gynostemma pentaphyllum Vĩnh Phúc 06 Gp06 Gynostemma pentaphyllum Công ty TNHH DVTM Hải Đăng – Hà Nội 07 Gp07 Gynostemma pentaphyllum Phú Thọ 08 Gp08 Gynostemma pentaphyllum Công ty TNHH DVTM Hải Đăng – Hà Nội Phú Thọ Hịa Bình lá Hình Các mẫu giảo cổ lam thu thập số hình dạng đặc trưng Phương pháp Tách chiết DNA tổng số Tách chiết DNA tổng số dựa phương pháp CTAB Doyle & Doyle (1987) [9] cải tiến theo nhóm nghiên cứu điều kiện nghiền mẫu (Nghiền 0,5 g tươi 800 µl CTAB 2% + 0,2% β-mecaptoethanol, bổ sung µl RNAse, ủ nhiệt độ 65°C, thời gian 60 phút) tủa DNA (bổ sung 250 µl NaCl 5M + 500 µl ethanol 99% vào dung dịch chứa DNA thu để đá 60 phút) DNA tổng số bảo quản -20 °C Độ tinh nồng độ dịch dịch chiết DNA kiểm tra phương pháp điện di gel Agarose 0,8 % rên máy nanodrop PCR Thực phản ứng PCR khuếch đại vùng gen matK ITS2 với cặp primer tương ứng mồi matK472-F: 5’-CCC RTY CAT CTG GAA ATC TTG GTT C-3’, matK1248-R: 5’-GCT RTR ATA ATG AGA AAG ATT TCT GC-3’ ITS2F: 5’ CGA TAC TTG GTG TGA ATT GCA G 3’, ITS2-S3-R: 5’ GAC GCT TCT CCA GAC TAC AAT-3’ [7, 10] Thành phần cho phản ứng PCR 20 µl chứa 10 µl Dream Taq Green PCR Master Mix; 0,4 µl primer xi (0,4 µM); 0,4 µl primer ngược (0,4 µM); 8,2 µl nước cất lần khử trùng; µl mẫu DNA tổng số (200 ng/µl) Chu kỳ PCR tiền biến tính 95°C phút; 30 chu kỳ (biến tính 95°C 30 giây; bắt cặp 54°C 30 giây; kéo dài 72°C 40 giây); chu kỳ hoàn thành 72°C 10 phút Kết PCR phân tích đánh giá gel agarose 1,2%; hiệu điện 100 V; thời gian 30–40 phút; nhuộm với ethidium bromide chụp hình máy chụp gel (GelDoc-It®2315 imager UVP-Mỹ) Đánh giá, định danh, phân tích mối quan hệ di truyền số giống giảo cổ lam Sản phẩm PCR vùng gen matK, ITS2 giải trình tự cơng ty Macrogen (10F, 254 Beotkkot-ro geumcheon-gu, Soul 08511, Rep of Korea) Các trình tự hiệu chỉnh phần mềm ATGC kiểm tra sai lệch Đánh giá mức độ tương đồng độ bao phủ trình tự DNA với trình tự có sẵn sở liệu NCBI công cụ BLAST Cây phát sinh loài xây dựng phần mềm MEGA 6.0 (The Molecular Evolution Genetics Analysis) với hệ số bootstrap 1000 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN PCR DNA tổng số sau tách chiết định lượng kiểm tra độ tinh kết thu tỉ lệ OD260/OD280 08 mẫu nằm khoảng 1,72 - 1,98 cho thấy DNA tổng số thu tinh Nồng độ DNA tổng số mẫu nằm khoảng 274,2 – 347,1 ng/µl đảm bảo cho phép sử dụng cho bước Kết khuếch đại vùng gen matK, ITS2 với mồi tương ứng matK472-F matK1248-R; ITS-2F ITS2-S3-R 08 mẫu nghiên cứu sau: Ladder Gp1 Gp2 Vùng gen matK Gp3 Gp4 Gp5 Gp6 Gp7 Gp8 Ladder Gp1 Gp2 Vùng gen ITS2 Gp3 Gp4 Gp5 Gp6 Gp7 Gp8 Hình Kết điện di sản phẩm PCR vùng gen matK ITS2 gel agarose 1,2% mẫu giảo cổ lam Ladder: Thang DNA 100bp (Thermoscientific) Kết PCR khuếch đại vùng gen matK, ITS 08 mẫu giảo cổ lam thu thập cho thấy băng xuất rõ Tỷ lệ khuếch đại vùng gen matK, ITS với cặp mồi tương ứng cho tỷ lệ khuếch đại 100% Sản phẩm khuếch đại vùng gen có kích thức matK (khoảng 800 bp) ITS2 (khoảng 500 bp) phân tích gel agarose 1,2% Vùng gen matK vùng gen khơng mã hóa lục lạp với kích thước từ 600 - 1500 bp sử dụng cho mã vạch DNA có mặt hầu hết thực vật, có tính phổ qt nên sử dụng thị nghiên cứu mối quan hệ loài [6, 7] Vùng DNA ribosomal nhân (ITS1, 5.8S, ITS2) coi mã vạch DNA dễ dàng khuếch đại, có tính chun biệt đủ để phân biệt loài Trong số vùng gen lục lạp, matK phát triển nhanh chóng biến đổi cao, nhóm nghiên cứu thực vật Hiệp hội mã vạch sống (Consortium for the Barcode of Life – CBOL) đề xuất locus cho DNA barcode Trình tự DNA vùng gen matK có thay đổi nucleotide lồi khác nên việc khuếch đại thiết kế mồi gặp khó khăn số trường hợp [7,8,10] Phân tích mối quan hệ di truyền mẫu giống giảo cổ lam Sản phẩm PCR vùng gen matK ITS2 sau giải trình tự hiệu chỉnh phần mềm ATGC sử dụng để phân tích mối di truyền mẫu giảo cổ lam Trình tự DNA vùng gen matK ITS2 mẫu giảo cổ lam BLAST NCBI cho thấy trình tự tương đồng mức độ bao phủ DNA barcode nghiên cứu trình tự NCBI 08 mẫu nghiên cứu vùng gen matK (99,26 - 99,6%, 99 - 100%), ITS2 (98,4 - 100%, 70 - 100%) Kết cho thấy trình tự DNA vùng gen matK, ITS2 mẫu giảo cổ lam nghiên cứu có mức độ tương đồng so với trình tự công bố NCBI Tất mẫu có tương đồng với lồi Gynostemma pentaphyllum với mức độ tương đồng cao từ 99,26 - 99,6% vùng gen matK, 98,4 - 100% vùng gen ITS Phân tích trình tự sau hiệu chỉnh Align, thực phân tích phần mềm MEGA 6.0 cho kết vùng bảo tồn, vị trí biến đổi vùng gen matK 3/761 758/761 vị trí ; vùng gen ITS2 22/466 444/466 vị trí Bảng Kết BLAST trình tự vùng matK, ITS2 mẫu giảo cổ lam nghiên cứu với sở Genbank Mẫu Vùng gen Gp-1 Gp-2 Gp-3 Gp-4 Gp-5 Gp-6 Gp-7 Gp-8 Gp-1 Gp-2 Gp-3 Gp-4 Gp-5 Gp-6 Gp-7 Gp-8 ITS2 matK Tham chiếu Genbank Accession Tên khoa học Gynostemma pentaphyllum KF269118.1 Gynostemma pentaphyllum KF269118.1 Gynostemma pentaphyllum KF269118.1 Gynostemma pentaphyllum KF269118.1 Gynostemma pentaphyllum KF269118.1 Gynostemma pentaphyllum KF269118.1 Gynostemma pentaphyllum KF269118.1 Gynostemma pentaphyllum MG730512.1 Gynostemma pentaphyllum KF269170.1 Gynostemma pentaphyllum KX852298.1 Gynostemma pentaphyllum KX852298.1 Gynostemma pentaphyllum KX852298.1 Gynostemma pentaphyllum KX852298.1 Gynostemma pentaphyllum KX852298.1 Gynostemma pentaphyllum KF269170.1 Gynostemma pentaphyllum KF269170.1 Độ bao phủ (%) Độ tương đồng (%) 70 70 71 70 70 70 70 95 99 100 99 99 99 100 99 99 99,47 100 100 100 99,73 98,94 98,63 98,4 99,35 99,48 99,35 99,35 99,23 99,34 99,6 99,6 Bảng Vị trí biến đổi nucleotide vùng matK ITS mẫu giảo cổ lam Vị trí sai khác ITS2 matK 32 78 107 114 246 264 267 272 275 287 291 294 304 314 318 428 429 430 450 452 457 458 80 305 Mẫu Gp-1 C G T T A T T A G G A C C G A G G G T A C G C G A Gp-2 G T T A T T A G G A C C G A G C G T A C G C C A Gp-3 G T T A T T A G G A C C G A G C G T T T C C C G Gp-4 G T T A T T A G G A C C G A G C G T A C G C C G Gp-5 G T T A T T A G G A C T G A G C G T A C G C C A Gp-6 G T T A T T A G G A C T G A A G G A A C G T C A Gp-7 A C A A T C A G C A C C G A G C G T A C G C G A Gp-8 A T T G C T G A G G T C A G A G A T A C G C G A Phân tích trình tự DNA vùng matK ITS2 mẫu nghiên cứu cho thấy vùng gen ITS2 có nhiều vị trí biến đổi (22/466 vị trí biến đổi) mẫu so với vùng gen matK (3/761 vị trí biến đổi) Đối với mẫu Gp08 Gp07 có nhiều vị trí nucleotide sai khác so với mẫu lại Khi xét đặc điểm hình thái cho thấy hai mẫu có đặc điểm khác với mẫu lại với mẫu Gp08 có lá, mẫu Gp07 có Xét đặc điểm hình thái cho mẫu Gp07 có trình mặt di truyền có sai khác nucleotide dựa vùng gen matK, ITS2 so với mẫu giảo cổ lam lại cịn lại Mẫu Gp08 có nhiều vị trí sai khác nucleotide với mẫu khác xét hình thái cho thấy mẫu đặc điểm có 72 Gp-4 Gp-3 Gp-7 Gp-1 40 86 45 Gp-5 Gp-6 Gp-2 KT695603.1-Gynostemma_pentaphyllum Gp-8 KX852298.1-Gynostemma_pentaphyllum 0.001 Hình Cây phát sinh lồi dựa trình tự DNA vùng matK+ITS2 mẫu giảo cổ lam Kết phân tích di truyền mẫu giảo cố lam dựa trình tự DNA vùng gen matK kết hợp vùng gen ITS2 (Hính 3) cho thấy có khác biệt định gữa mẫu thu thập Trong đó, mẫu Gp1, Gp2, Gp3, Gp4, Gp5, Gp6, Gp7, có mối quan hệ di truyền tương đối gần phân thành nhóm 1, mẫu Gp3 Gp4, Gp1 Gp7, Gp5 Gp6 có mối quan hệ gần thành cặp với Mẫu Gp2 tương đối phân tách so với mẫu cịn lại nhóm Nhóm gồm mẫu Gp8 giảo cổ lam Mặc dù có khác định mặt hình thái di truyền, tất mẫu giảo cổ lam thuộc loài Gynostemma pentaphyllum dựa kết so sánh trình tự NCBI (Bảng 2) Kết cho thấy vùng gen matK kết hợp vùng gen ITS2 có hiệu việc xác định mẫu giảo cổ lam cho thấy tương đồng khác biệt mức độ định giống giảo cổ lam thu thập KẾT LUẬN Kết đánh giá phân tích mối quan hệ di truyền mẫu giảo cổ lam dựa vùng matK ITS2 cho thấy mẫu thu thập điều thuộc loài Gynostemma pentaphyllum Bên cạnh đó, việc phân tích trình tự DNA cho thấy đa dạng mẫu giảo cổ lam xác định mẫu giảo cổ lam có hình thái khác mặt di truyền, đồng thời cho thấy nhóm giảo cổ lam (mang lá) có tương đồng khác biệt định Kết chứng minh thị DNA barcode ứng dụng nhận diện dược liệu, sản phẩm dược liệu có nguồn gốc thuộc loài Gynostemma pentaphyllum Ngoài ra, kết cho thấy việc thu thập đánh giá di truyền giống dược liệu dựa thị DNA barcode giúp nhận diện mẫu mức độ lồi, mức độ loài số trường hợp góp phần nâng cao giá trị sản phẩm dược liệu Lời cảm ơn: Kinh phí thực nghiên cứu cung cấp Trung tâm Công nghệ Sinh học Thành phố Hồ Chí Minh TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] [2] M A Khan, "Introduction and importance of medicinal plants and herbs," National Health Portal India Journal, 2016 R Mishra and D Joshi, "Jiao gu lan (gynostemma pentaphyllum): The chinese rasayan-current research scenario," International Journal of Research in Pharmaceutical and Biomedical Sciences, vol 2, no 4, pp 1483-1502, 2011 [3] Y Li, W Lin, J Huang, Y Xie, and W Ma, "Anti-cancer effects of Gynostemma pentaphyllum (Thunb.) Makino (Jiaogulan)," Chinese medicine, vol 11, no 1, pp 1-16, 2016 [4] C Veeresham, "Natural products derived from plants as a source of drugs," Journal of advanced pharmaceutical technology & research, vol 3, no 4, p 200, 2012 [5] A A Koparde, R C Doijad, and C S Magdum, "Natural products in drug discovery," in Pharmacognosy-medicinal plants: IntechOpen, 2019 [6] N Techen, I Parveen, Z Pan, and I A Khan, "DNA barcoding of medicinal plant material for identification," Current Opinion in Biotechnology, vol 25, pp 103-110, 2014 [7] E A Sinclair, M Pérez-Losada, and K A Crandall, "Molecular phylogenetics for conservation biology," Phylogeny and conservation Cambridge University Press, Cambridge, UK, pp 19-56, 2005 [8] C P W Group et al., "A DNA barcode for land plants," Proceedings of the National Academy of Sciences, vol 106, no 31, pp 12794-12797, 2009 [9] J J Doyle, "A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue," Phytochemcal Bulletin., vol 19, pp 11-15, 1987 [10] H Asahina, J Shinozaki, K Masuda, Y Morimitsu, and M Satake, "Identification of medicinal Dendrobium species by phylogenetic analyses using matK and rbcL sequences," Journal of Natural Medicines, vol 64, no 2, pp 133-138, 2010 ANALYSIS OF GENETIC DIFFERENCES AMONG JIAOGULAN (Gynostemma pentaphyllum) SAMPLES BASED ON BARCODE DNA MARKERS Nguyen Truong Giang, Nguyen Hoang Cam Tu, Huynh Huu Duc* Biotechnology center of Ho Chi Minh city SUMMARY Jiaogulan (Gynostemma pentaphyllum) is a valuable medicinal plant containing useful saponins and flavonoids In the genus Gynostemma, only the 5-leaf Jiaogulan species contains many medicinal substances and has medicinal value, especially in inhibiting cancer cells In this study, two DNA regions matK and ITS2 were used to evaluate genetic diversity and establish DNA sequence database for 08 Jiaogulan collections with different leaf morphologies The results showed that the Jiaogulan matK and ITS sequences were 761 bp and 466 bp in length, respectively The genetic similarity between the collected samples and the reference samples in the genus Gynostemma on NCBI reached 99.26 99.6% for matK, and 98.4 - 100% for ITS2 The genetic analysis results of Jiaogulan samples based on the combination of matK + ITS2 sequences showed that Gp1, Gp2, Gp3, Gp4, Gp5, Gp6, Gp7 samples were classified into one group, the other group included Gp8 sample bearing leaves In group 1, the Gp3 and Gp4, Gp1 and Gp7, Gp5 and Gp6 samples were genetically closed relation to each other and arranged in pairs, while Gp2 sample, bearing leaves, was relatively segregated compared with the rest of the samples in this group These results indicated that matK + ITS2 regions can be used in analyzing the genetic diversity of Jiaogulan collections species with different leaf morphologies at interspecific and intraspecific levels These results also confirmed the efficient of DNA barcode markers on the conservation and exploitation of Jiaogulan and other medicinal plants in the future Keywords: Gynostemma pentaphyllum, PCR, DNA barcode, ITS, matK Author for correspondence: Tel: 0967137046; Email:huuduchuynh82@gmail.com ... định mẫu giảo cổ lam cho thấy tương đồng khác biệt mức độ định giống giảo cổ lam thu thập KẾT LUẬN Kết đánh giá phân tích mối quan hệ di truyền mẫu giảo cổ lam dựa vùng matK ITS2 cho thấy mẫu. .. đó, việc phân tích trình tự DNA cho thấy đa dạng mẫu giảo cổ lam xác định mẫu giảo cổ lam có hình thái khác mặt di truyền, đồng thời cho thấy nhóm giảo cổ lam (mang lá) có tương đồng khác biệt định... [7,8,10] Phân tích mối quan hệ di truyền mẫu giống giảo cổ lam Sản phẩm PCR vùng gen matK ITS2 sau giải trình tự hiệu chỉnh phần mềm ATGC sử dụng để phân tích mối di truyền mẫu giảo cổ lam Trình tự DNA

Ngày đăng: 17/03/2022, 08:38

Tài liệu cùng người dùng

Tài liệu liên quan