Bên cạnh những mặt mạnh là cơ bản đã nêu ở trên, thì trước yêu cầu của thời kỳ hội nhập kinh tế quốc tế, thời kỳ đẩy mạnh CNH- HĐH đất nước, yêu cầu của việc xây dựng một nền hành chính chuyên ngh iệp, chính quy hiện đại đội ngũ công chức quản lý nhà nước còn bộc lộ nhiều bất cập biểu hiện những điểm sau:
Một là, còn tỷ lệ khá lớn công chức hành chính nhà nước năng lực, trìnhđộ chuyên môn chưa đáp ứng được yêu cầu của công việc. Công chức hành chín h nhà
nước phần lớn chưa được đào tạo cơ bản về kiến thức quản lý hành chính nhà nước và pháp luật, kỹ năng lãnh đạo và quản lý. Đại bộ phận công chức quản lý nhà nước thiếu kiến thức về kinh tế thị trường và hiểu biết luật pháp quốc tế.
Hai là, kỹ năng nghề nghiệp là một trong những thiếu hụt lớn của công chức hành chính nhà nước của tỉnh hiện nay. Điều này làm cho công chức thiếu tính chuyên nghiệp trong công tác, hiệu quả công việc không cao.
Ba là, nhiều công chức còn chưa hiểu rõ về chức năng nhiệm vụ công việc mình đang đảm nhận, cũng như còn chưa nắm chắc về chức năng nhiệm vụ của tổ chức và cơ quan mà họ công tác. Một trong những nguyên nhân quan trọng của hạn chế này là do chưa thực hiện tốt công tác quản trị nguồn nhân lực trong các cơ quan hành chính nhà nước.
Bốn là, công chức chưa nhận thức được đầy đủ về sự thay đổi công việc trong tương lai, chưa thực sự sẵn sàng chuẩn bị cho những thay đổi đó. Công chức quản lý nhà nước chưa cảm nhận được những đòi hỏi và áp lực của hội nhập kinh tế quốc tế, của quá trình CNH-HĐH đối với các cơ quan hành chính và các công chức quản lý hành chính.
Năm là, công chức quản lý nhà nước giữ vị trí lãnhđạo nhìn chung tuổi khá cao, sự kế cận giữa các thế hệ, các nhóm tuổi chưa thể hiện rõ nét.Điều này có thể dẫn tới sự thiếu hụt về nhân lực công chức trong một giai đoạn nhất định.
Sáu là, sự hợp tác phối hợp, hiệp đồng trong công việc, sự chia sẻ thông tin, tinh thần và phương pháp làm việc nhóm của công chức quản lý nhà nước còn thấp. Điều này làm cho năng lực hay sức mạnh tổng hợp của đội ngũ công chức không cao, mặc dù chất lượng của cá nhân công chức quản lý đãđược nâng cao đáng kể trong thời gian qua.
Bảy là, một bộ phận công chức quản lý nhà nước chưa thật sự năng động sáng tạo, thiếu tu dưỡng, rèn luyện học tập thường xuyên; thậm chí có người phai nhạt lý tưởng, sa sút phẩm chất đạo đức cách mạng, cá nhân chủ nghĩa, quan liêu, tham nhũng, nhũng nhiễu dân, làm sói mòn lòng tin của nhân dân, giảm hiệu lực quản lý, điều hành của cơ quan Nhà nước các cấp.