Kinh phí mua thuốc đảm góp phần đảm bảo nhu cầu điều trị cho bệnh nhân. Khoa Dược đã xác định đúng đắn nhu cầu thuốc, điều này được thể hiện ở lượng thuốc tồn kho qua các quý trong năm.
Tại bệnh viện đa khoa huyện Yên Hưng, nhu cầu thuốc không nhiều, nguồn nhân lực hạn chế, kinh phí có hạn nên không thể tự tổ chức đấu thầu như các bệnh viện lớn ở Hà Nội và các tỉnh khác. Sở Y tế tỉnh Quảng Ninh sẽ tổng hợp nhu cầu thuốc của các cơ sở khám chữa bệnh trên địa bàn tỉnh và tổ chức đấu thầu 1 năm 1 lần. Căn cứ vào kết quả đấu thầu này, bệnh viện ký hợp đồng cung ứng thuốc với nhà cung ứng thuốc trúng thầu để thực hiện cung ứng thuốc cho cơ sở KCB. Hình thức này có ưu điểm giảm thiểu chi phí tổ chức đấu thầu cho bệnh viện, đồng thời do tập trung nhu cầu của cả tỉnh Quảng Ninh nên từng mặt hàng được đặt mua với số lượng lớn tạo thuận lợi để được cung cấp với giá thành chung, hợp lý. Đồng thời mua theo danh mục chung nên việc lựa chọn các mặt hàng đa dạng. Tuy vậy mua theo hình thức đấu thầu tập trung vẫn có những bất cập: có những thuốc nhập ngoại bệnh viện sử dụng ít, lại trúng qúa nhiều biệt dược trong một gói thầu do các bệnh viện tuyến tỉnh, bệnh viện hạng II tổng hợp lên. Ngược lại thuốc sản xuất trong nước rẻ tiền mà bệnh viện tuyến huyện sử dụng nhiều lại không trúng thầu, đó chính là một khó khăn trong việc mua sắm thuốc để phục vụ cho công tác khám chữa bệnh. Để khắc phục tình trạng này, sau khi nhận được kết quả thầu Hội đồng thuốc và điều trị phải họp và trình giám đốc phê duyệt mua theo hình thức chào hàng theo đúng quy định.
Thuốc sử dụng chủ yếu là thuốc sản xuất trong nước: kháng sinh đường uống , giảm đau hạ sốt, dịch truyền, thuốc y học cổ truyền , việc sử dụng thuốc nội đã góp phần giảm chi phí cho người bệnh, phù hợp với điều kiện kinh tế của nhân dân địa phương.
Bệnh viện đã chú trọng đẩy mạnh công tác khám chữa bệnh bằng phương pháp kết hợp giữa y học hiện đại và y học cổ truyền: thông qua danh mục thuốc y học cổ truyền và kinh phí sử dụng thuốc đứng thứ 2 so với tổng kinh phí mua thuốc trong năm .
Do việc thanh quyết toán với BHYT chưa kịp thời nên việc thanh toán cho các đơn vị cung ứng còn chưa theo đúng cam kết trong hợp đồng điều này đã gây khó khăn về vốn cho các nhà cung ứng.