Công ty hợp danh có tư cách pháp nhân kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (Khoản 2 Điều 130 Luật Doanh nghiệp 2005). Đây là quy định mới của luật doanh nghiệp 2005 so với Luật Doanh nghiệp 1999. Như vậy hiện nay, chỉ có doanh nghiệp tư nhân là loại hình doanh nghiệp duy nhất không có tư cách pháp nhân.
Quy định trên nhằm mục đích tạo sự bình đẳng về địa vị pháp lý của công ty hợp danh so với các công ty khác khi tham gia vào môi trường cạnh tranh trong kinh doanh (ví dụ, công ty hợp danh có thể tham gia hoạt động trong lĩnh vực cho thuê tài chính). Theo tờ trình của Chính phủ về dự án Luật Doanh nghiệp năm 2005) thì thừa nhận tư cách pháp nhân của công ty hợp danh. Điều này, tạo điều kiện thuận lợi hơn cho hoạt động kinh doanh của loại hình doanh nghiệp được coi là khá mới và chưa phổ biến này ở Việt Nam.
Như vậy, sự chồng chéo giữa Luật Doanh nghiệp và Bộ luật Dân sự không phải là nhà làm luật không biết mà xuất phát từ nhu cầu thực tế nhận thấy rằng cần công nhận tư cách pháp nhân cho công ty hợp danh.
Giống như pháp luật các nước trên thế giới, Bộ luật Dân sự Việt Nam quy định một tổ chức có tư cách pháp nhân phải có đầy đủ các dấu hiệu sau: Được thành lập hợp pháp, có cơ cấu tổ chức chặt chẽ; có tài sản độc lập với cá nhân, tổ chức khác và tự chịu trách nhiệm bằng tài sản đó; nhân danh mình tham gia các quan hệ pháp luật một cách độc lập.
Có thể nhận thấy ngay việc công ty hợp danh không thỏa mãn điều kiện có tài sản độc lập và tự chịu trách nhiệm với tài sản đó. Thực chất, các tổ chức có tư cách pháp nhân khác tổ chức không có tư cách pháp nhân chủ yếu ở việc tự chịu trách nhiệm độc lập bằng tài sản riêng, hay nói cách khác là chế độ trách nhiệm hữu hạn. Về mặt lý thuyết không thể chứng minh được công ty hợp danh là một thực thể pháp lý độc lập. Bởi lẽ, trong công ty hợp danh luôn phải có ít nhất hai thành viên là cá nhân hợp danh. Các cá nhân này cùng chịu trách nhiệm vô hạn và liên đới về các khoản nợ của công ty, nghĩa là công ty nợ thì các thành viên này phải cùng nhau trả nợ đến cùng về khoản nợ đó. Nói cách khác, công ty nợ thì thành viên hợp danh phải trả nợ thay nên không có sự tách bạch tài sản của công ty với thành viên hợp danh của công ty ấy. Công ty chỉ độc lập về tài sản với thành viên góp vốn do những thành viên này chịu trách nhiệm hữu hạn về các khoản nợ của công ty trong phạm vi số vốn đã góp vào công ty. Như vậy, do không có sự độc lập về tài sản nên ngay cả công ty hợp danh có cả thành viên góp vốn cũng không có tư cách pháp nhân nên càng không thể chứng minh được tư cách pháp nhân của công ty hợp danh chỉ có thành viên hợp danh.
Có một số quan điểm cho rằng công ty sau khi tiếp nhận vốn góp của các thành viên, hoặc sau khi các thành viên làm thủ tục chuyển quyền sở hữu tài sản là vốn góp cho công ty thì đó là tài sản của công ty, do đó công ty có
tài sản riêng, độc lập với các cá nhân tổ chức khác. Quan điểm này chỉ đúng khi mọi giao dịch của công ty vẫn còn trong tầm kiểm soát của vốn góp, và sẽ không đúng nếu các nghĩa vụ vượt quá tài sản hiện có của công ty và các thành viên phải đem tài sản riêng của mình ra để thực hiện nghĩa vụ. Như vậy có thể nói, công ty hợp danh không thể có sự tách biệt tài sản công ty với tài sản của các thành viên, sự tách biệt này chỉ tương đối.
Xem xét pháp luật các nước trên thế giới, ta thấy có hầu hết các nước không quy định tư cách pháp nhân cho công ty hợp danh mà xem chúng như một dạng hợp đồng đặc biệt. Nó không có tư cách pháp nhân, không phải là chủ thể có thể đi kiện và bị kiện. ở Mỹ, sau nhiều năm tranh cãi, cho đến cuối những năm 1990, một số tiểu bang đã ban hành luật ghi nhận hợp danh cũng là pháp nhân (separate legal entity). Luật Doanh nghiệp năm 2005 đã công nhận nó có tư cách pháp nhân theo như mô hình của một số bang ở Mỹ. Trong luật của một số nước theo hệ thống thông luật, có pháp nhân mà các thành viên là chủ sở hữu của nó vẫn phải chịu trách nhiệm vô hạn. Chẳng hạn, "công ty trách nhiệm vô hạn theo luật công ty Úc là pháp nhân, nhưng trách nhiệm của thành viên là vô hạn" [12].
Như vậy, Luật Doanh nghiệp Việt Nam dù mâu thuẫn với Bộ luật Dân sự, nhưng nhằm mục đích khuyến khích loại hình doanh nghiệp đã không còn mới mẻ nhưng lại ít phát triển về số lượng này mà các nhà làm luật đã quy định tư cách pháp nhân cho nó. Thực sự điều đó có đem lại hiệu quả cho công ty hợp danh không? Chúng ta sẽ đề cập đến vấn đề này trong chương sau.