- Đối với quản lý vĩ mô:
Các cơ quan ban hành luật chưa kịp thời bổ sung, điều chỉnh thay thế những nội dung chưa phù hợp, chưa đề cập trong chế độ kế toán CTCK theo Quyết định 99/2000/TT-BTC cho đến tháng 10/2008. Bắt đầu từ tháng 1/2009 đến thời điểm hiện nay, các CTCK đều thực hiện theo chế độ kế toán áp dụng đối với CTCK tại Thông tư 95/2008/TT-BTC trên cơ sở kết hợp, bổ sung theo quyết định số 15/2006/QĐ-BTC và các CTCK thực hiện đồng thời 2 qui định này của Bộ Tài chính. Hơn nữa, khi chuyển sang thực hiện theo chế độ kế toán mới các CTCK cũng gặp nhiều khó khăn do thay đổi chính sách kế toán mà không được hướng dẫn cụ thể và thống nhất giữa các CTCK nên mỗi công ty sẽ có một cách giải quyết khác nhau. Các đơn vị chức năng về kế toán, kiểm toán của Bộ Tài chính chưa tổ chức hướng dẫn cho các CTCK thực hiện các chuẩn mực kế toán với mức độ như thế nào cho loại hình CTCK mà chủ yếu do nhân viên kế toán công ty chứng khoán tự nghiên cứu, tìm hiểu và vận dụng phù hợp với điều kiện công ty sao cho hiệu quả. Các nội dung của công tác kế toán quy định chưa hoàn chỉnh, vừa thiếu lại vừa thừa do sự lồng ghép trong qui định hướng dẫn chế độ kế toán CTCK do đó Bộ Tài chính cần ban hành chế độ kế toán riêng cho loại hình công ty chứng khoán.
- Đối với CTCK:
Chế độ kế toán CTCK theo Quyết định 99/2000/TT-BTC được ban hành trước khi các công ty chứng khoán hoạt động nên chưa có các căn cứ thực tiễn làm cơ sở xây dựng , do đó quá trình thực hiện có nhiều bất cập nhất là trong thời gian vừa qua có nhiều cơ chế chính sách về chứng khoán và kế toán thay đổi như Luật kế toán, hệ thống chuẩn
mực kế toán ngày càng hoàn thiện…Tuy nhiện, chế độ kế toán CTCK được thay thế bởi thông tư 95/2008/TT-BTC trên cơ sở kết hợp sửa đổi, bổ sung quyết định số 15/2006/QĐ-BTC chưa bao quát hết các nghiệp vụ kinh tế tài chính mới phát sinh như công cụ tài chính, chứng khoán phái sinh…
Về hệ thống chứng từ kế toán
Chế độ chứng từ và hạch toán ban đầu nhằm thu thập thông tin về các nghiệp vụ kinh tế tài chính phái sinh của các CTCK chưa thực sự phản ánh hết các nghiệp vụ kinh tế mới phát sinh, chua thống nhất về phương pháp ghi chép một số chỉ tiêu trên chứng từ kế toán, một số biểu mẫu chứng từ còn thiếu yếu tố cơ bản, đặc thù của nghiệp vụ kinh doanh chứng khoán nên tính pháp lý chưa cao do đó chưa đáp ứng yêu cầu quản lý của công ty về kinh doanh chứng khoán như : các nghiệp vụ về chứng khoán chờ thanh toán, chứng khoán chưa niêm yết…
Về hệ thống tài khoản kế toán
Việc vận dụng hệ thống tài khoản kế toán theo quy định để xử lý và hệ thống hóa các thông tin kế toán còn mang tính cứng nhắc, phức tạp không thực tế gây khó khăn trong công tác triển khai của các CTCK. Một số tài khoản không còn thích hợp với loại hình công ty chứng khoán như hàng tồn kho, hàng đang đi đường; một số tài khoản theo quyết định 15/2006/QĐ-BTC cần quy định cụ thể hơn đối với loại hình CTCK nội dung, phương pháp hạch toán để đáp ứng các yêu cầu về chuẩn mực kế toán Việt Nam cũng như quốc tế
Thông tư 95/2008/TT-BTC đã sử dụng hệ thống tài khoản của quyết định 15/2006/QĐ-BTC thêm vào các tài khoản đặc trưng của ngành chứng khoán dẫn đến các tài khoản của quyết định 99/2000/QĐ-BTC với thông tư 95/2008/TT-BTC tuy giống nhau về ký hiệu nhưng lại khác nhau về nội dung hạch toán như tài khoản 353, 351..
Các CTCK chưa thống nhất áp dụng một hình thức kế toán, mẫu số kế toán qui định còn hình thức, cứng nhắc, trình tự ghi chép còn mang nặng về kế toán thủ công do vậy gây khó khăn khi vận dụng vào thực tế đặc biệt là khi triển khai kế toán trên máy vi tính. Ngoài ra, một số sổ kế toán cần bổ sung, sửa đổi phù hợp với đặc thù hoạt động kinh doanh chứng khoán như Sổ nhật ký mua/ bán chứng khoán, Sổ chi tiết chứng khoán chờ thanh toán…