• Đối với khu vực bảo tồn để bảo tồn được hệ sinh thái và tái hiện lại hình ảnh vùng Đồng Tháp Mười xưa kia cần tổ chức điều tiết nước cho khu vực này theo mùa. Nguyên tắc điều tiết nước trong khu vực bảo tồn phải đảm bảo :
- Mực nước trữ nước trong mùa khô (tháng 12 đến tháng 6 năm sau): mực nước thấp nhất là + 0,75m.
- Mực nước trữ nước trong mùa mưa (tháng 7 đến tháng 11): mực nước cao nhất là + 3,0m.
• Khu vực bảo tồn được phân chia thành 4 khu bảo tồn với các hệ sinh thái đặc trưng gồm: - Khu bảo tồn tràm: gồm tràm hiện hữu giữ lại và tràm trồng mới bổ sung. Khu vực này cote cao độ líp rừng tràm giữ mức cao độ hiện hữu ( trung bình từ +1,20m đến + 1,25m).
- Khu bảo tồn cỏ năng: nằm trong khu vực cuối của hướng thủy lưu cấp nước nên cũng là nơi tích tụ độ phèn chua lớn nhất. Vì vậy, khu vực này thích hợp để trồng cỏ năng vừa để cải tạo môi trường, vừa tạo cảnh quan, vừa là nguồn thức ăn trong mùa khô đối với các loài sinh vật bản địa đặc biệt là sếu đầu đỏ. Do đó, cần đảm bảo cote cao độ nền đất trồng cỏ năng trung bình + 1,20m để tạo ra môi trường sống giống tự nhiên nhất cho cỏ năng (môi trường sống theo con nước của vùng Đồng Tháp Mười Xưa kia) khi tổ chức điều tiết nước cho toàn khu theo mùa.
- Khu bảo tồn sen súng: cote cao độ nền khu vực này giữ mức -2,45m đến -1,5m để đảm bảo khu vực luôn ngập nước, hình thành hệ sinh thái ngập nước quanh năm.
- Khu bảo tồn điên điển: nằm ở khu vực đầu của hướng thủy lưu cấp nước vì vậy không bị nhiễm phèn thích hợp trồng cây điên điển để tạo cảnh quan đồng thời lưu giữ hình ảnh nổi tiếng về cánh đồng điên điển khi xưa. Do đó, cần đảm bảo cote cao độ nền đất trồng điên điển trung bình -1m đến ±0,0m.
• Công trình: trong khu bảo tồn chỉ xây dựng công trình nhỏ - nhà chòi dạng vó câu với kết cấu tre gỗ, mái lợp lá (toàn khu chỉ có 18 căn được xây dựng rải rác; diện tích mỗi căn là 7,5m2 ; công trình chỉ để phục vụ tham quan ngắm cảnh trên cao cho du khách). Công trình xây dựng sát mép nước tái hiện cảnh sinh hoạt đánh bắt cá của người dân xưa kia.