Khu vực quy hoạch với mục đích là nuôi cá đồng ở dạng bảo tồn phát triển các loại giống cá đặc trưng của vùng, với việc phát triển tự nhiên là chính, tuy nhiên trong khu vực có khu nuôi cá đồng theo tiêu chuẩn Global - Gap do đó trong quá trình nuôi sẽ có tác động đến môi trường do thức ăn dư thừa, chất thải dạng phân, chất bài tiết tích tụ lại trong nước và nền đáy. Dưới tác động của vi sinh vật và các quá trình phân hủy tự nhiên, chất thải chuyển thành Amoni, Nitorat, Photphat,... các chất khoáng đã kích thích sự phát triển của tảo dẫn đến hiện tượng nở hoa của tảo trong ao. Thêm vào đó, các độc tố phát sinh từ quá trình phân hủy các chất thải trong ao nuôi và sự tàn rụi của tảo làm cho môi trường nuôi nhanh chóng bị suy thoái, từ đó làm cho các đối tượng nuôi dễ bị nhiễm bệnh, thiếu Oxy hay nhiễm độc tính của các chất chuyển hoá.
Giải pháp xử lý nước trong các ao nuôi được thực hiện bằng việc thay nước liên tục, sắp xếp các ao cá theo thứ tự nước từ ao của loại cá này chuyển qua ao của loại các khác (nước thải từ ao nuôi cá lóc chuyển sang ao nuôi cá rô phi) sau đó nước trong các ao đưa về 2 khu vực xử lý, tại đây nước thải được xử lý bằng các phương pháp thủy canh sử dụng cách lọc nước thải qua đất ngập nước chảy ngầm kiến tạo, hoặc hồ sinh học kết hợp cánh đồng tưới nông nghiệp.
Đối với các ao nuôi cần phải xây dựng đúng kỹ thuật của ao nuôi công nghiệp, có hệ thống tách chất thải, chất cặn bã trong ao nuôi cá công nghiệp một cách liên tục và đưa ra khỏi ao nuôi mỗi ngày, tạo môi trường nước trong ao nuôi luôn đạt chất lượng tốt.