Protein là thành phần chính của cơ thể động vật và là cơ sở của sự sống nên nội dung nghiên cứu về nó đã được bổ sung thêm khái niệm peptit, các dạng cấu trúc của protein, khái niệm về axit nucleic và enzim.
Khi tổ chức các hoạt động học tập của HS cần cho HS phân tích phân tử peptit để hiểu rõ khái niệm peptit (hợp chất được hình thành bằng cách ngưng tụ hai hay nhiều phân tử –amino axit), liên kết peptit (–CO–NH–), protein.
Cấu tạo của mạch peptit và protein là kiểu tập hợp có thứ tự nhất định của các gốc –amino axit khác nhau. Vì vậy, cùng một số lượng và một số loại –amino axit ta có thể có một tập hợp các đồng phân của peptit hay protein. Với n số –amino axit thì số đồng phân cấu tạo sẽ là giai thừa của n (n!).
Cấu trúc các bậc của protein rất phức tạp nên giáo viên chỉ sử dụng hình vẽ phân tử insulin để mô tả cấu trúc bậc I của protein.
Phản ứng hóa học thể hiện tính chất riêng biệt của peptit và protein là phản ứng thủy phân tạo hỗn hợp các –amino axit, phản ứng màu đặc trưng. Phản ứng với Cu(OH)2 đặc trưng cho phân tử peptit có từ hai nhóm peptit (–CO–NH–) trở lên cho sản phẩm có màu tím. Phản ứng này là phản ứng màu đặc trưng dùng để nhận ra peptit và protein.
Giáo viên tổ chức cho học sinh tiến hành các thí nghiệm màu đặc trưng của protein, quan sát hiện tượng thí nghiệm, mô tả hiện tượng nhưng không cần viết phương trình hóa học vì sản phẩm rất phức tạp cả về thành phần và cấu trúc.