Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác quản lý thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp ngoài quốc doanh tại Chi cục thuế huyện Hương Sơn, Hà Tĩnh cũng còn tồn tại nhiều hạn chế cần khắc phục, cụ thể:
- Chi cục thuế huyện Hương Sơn chưa nắm bắt một cách đầy đủ và cụ thể về tình hình hoạt động kinh doanh thực tế của các doanh nghiệp ngoài quốc doanh, sự phối hợp thống nhất quản lý giữa các cơ quan ban ngành còn thiếu chặt chẽ, nên nhiều doanh nghiệp ngoài quốc doanh có đăng ký kinh doanh nhưng đến đăng ký kê khai thuế chậm hoặc cố tình không đăng ký thuế, trốn thuế.
- Hệ thống các thủ tục hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế TNDN DN NQD còn khá phức tạp, kèm theo hạn chế trong nghiệp vụ của các nhân viên, gây nhiều phiền nhiễu cho các DN NQD khi thực hiện các thủ tục liên quan đến hoàn, miễn và giảm thuế TNDN tại cơ quan thuế.
- Đội ngũ nhân viên thực hiện công tác xóa nợ tiền thuế, tiền phạt còn hạn chế về kỹ năng nên thời gian giải quyết còn lâu, dẫn đến sự không thỏa mãn từ phía các DN NQD khi thực hiện các thủ tục liên quan đến xóa nợ tiền thuế, tiền phạt liên quan đến thuế TNDN.
- Hệ thống lưu trữ và hệ thống quản lý thông tin các DN còn nhiều hạn chế, sau này, khi số lượng DN NQD tăng lên, công tác quản lý thông tin sẽ gặp nhiều hạn chế. Quy trình quản lý thông tin người nộp thuế nói chung và quy trình quản lý thông tin các DN NQD nói riêng chưa được xây dựng và hoàn thiện. Đội ngũ nhân viên thực hiện công tác quản lý thông tin DN NQD còn hạn chế về kỹ năng quản lý nói chung và kỹ năng quản lý thông tin nói riêng.
- Đội ngũ thực hiện công tác kiểm tra thanh tra thuế TNDN đối với DN NQD còn hạn chế về kỹ năng, kinh nghiệm và nghiệp vụ nên dẫn đến một số hạn chế trong công tác kiểm tra, thanh tra thuế.
- Biện pháp cưỡng chế chỉ có hai biện pháp nên với nhiều trường hợp khó giải quyết, công tác cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế TNDN DN NQD gặp hạn chế, từ đó giảm hiệu quả quản lý thuế TNDN từ Chi cục.
- Số lượng DN NQD có quy mô nhỏ, hoạt động kinh doanh thất thường nằm rải rác ở khắp các ngõ xóm và hình thức kinh doanh đa dạng nên rất khó quản lý các trường hợp vi phạm pháp luật về thuế TNDN. Bên cạnh đó, ý thức doanh nghiệp chưa cao nên dẫn đến hạn chế trong công tác xử lý vi phạm pháp luật về thuế TNDN của các DN NQD.