Giống khởi động “thủ công” (hay tự nhiên), bắt nguồn từ việc sử dụng một phần sản phẩm của mẻ lên men trước để cấy sang mẻ mới. Một số loại pho mát Ý và Thụy Sĩ, nước sữa (whey) tách ra từ sữa đông của lô sản xuất trước được ủ trong điều kiện chọn lọc như nhiệt độ cao và độ pH thấp để thu nhận whey “khởi động”. Thành phần hệ vi sinh vật của giống khởi động tự nhiên này là rất phức tạp, tương đối biến đổi và thường không xác định. Mặc dù hiệu suất không ổn định, trái ngược với xu hướng hiện nay trong công nghệ tạo chủng khởi động (hiệu suất phải ổn định), việc thay thế bằng những chủng khởi động xác định đôi khi tạo ra sản phẩm ít hương thơm hơn [17].
Trong nhóm này, bên cạnh các chủng khởi động cố hữu còn có các chủng
thuộc chi Enterococcus thường có mặt với số lượng lớn. Chúng có một số ưu điểm:
sản xuất ra axit nhanh, chịu được nhiệt độ đun sôi, có khả năng thích ứng nhanh với muối. Nhược điểm chính là loài này có nguồn gốc từ phân và một số chủng được coi là tác nhân gây bệnh. Theo Lopez-Diaz et al.(2000), enterococci đại diện cho các hệ vi sinh vật chiếm ưu thế ở pho mát truyền thống làm từ sữa chưa qua thanh
trùng và nên được sử dụng như chủng khởi động [49]. Enterococcus feacalis đã được sử dụng để thúc đẩy quá trình chín của pho mát [17]. Ngoài ra, Enterococcus
còn ảnh hưởng có lợi đến sự sinh trưởng của loài LAB khác vì các hoạt động phân giải protein mạnh của chúng [49].
Pediococci không được sử dụng như là chủng khởi động trong bất kỳ sản phẩm sữa nào mặc dù chúng có thể được tìm thấy trong các mẫu pho mát đã ủ chín.
Chỉ có hai loài Pediococcus pentosaceus và Pediococcus acidilactici được tìm thấy
trong các sản phẩm từ sữa. Gần đây, chủng pediococci có khả năng sử dụng lactose
đã được sử dụng thay thế Streptococcus thermophilus vì các chủng thuộc loài này
23