Giai đoạn I (2005_2009): Theo QĐ149/2005/QĐ: HQĐT bắt đầu được
Tổng cục HQ thí điểm thực hiện tại 2 đơn vị HQ TP.HCM và Hải Phòng từ năm 2005, với 3/10 quy trình (loại hình hàng hóa) được thực hiện gồm: Hàng hóa xuất nhập khẩu (XNK) theo hợp đồng mua bán; Hàng hoá XNK theo loại hình nhập nguyên liệu để sản xuất hàng XK; Hàng chuyển cửa khẩu và quy trình kiểm tra sau thông quan. Đối tượng DN được chọn triển khai giới hạn ở những DN lớn, có số thuế cao, chấp hành tốt các chính sách pháp luật...
Giai đoạn II (2009 _ 2011): Ngày 12/8/2009, Thủ tướng Chính phủ đã
ban hành Quyết định số 103/2009/QĐ-TTg sửa đổi, bổ sung một số điều Quyết định số 149/2005/QĐ-TTg ngày 20/6/2005 về việc thực hiện thí điểm thủ tục HQĐT. Theo đó, thời gian thí điểm HQĐT đến năm 2011 (Quy định cũ là 2010). Số HQ địa phương thực hiện HQĐT trong năm 2009 là 10 (Quy định cũ 9) gồm: Cục HQ TP.HCM, Đồng Nai, Bình Dương, Bà Rịa-Vũng Tàu, Quảng Ngãi, Đà Nẵng, Hà Nội, Hải Phòng, Quảng Ninh, Lạng Sơn và thêm những đơn vị khác nếu đủ điều kiện. Đối tượng tham gia HQĐT được mở rộng đến tất cả DN. Loại hình thủ tục cũng được mở rộng các khâu như: Tiếp nhận và xử lý thông tin khai báo trước khi hàng đến,quản lý (QL) hàng hóa XNK của DN chế xuất, hàng hóa kinh doanh tái nhập-tái xuất.
Đầu năm 2011, ngành hải quan đã công bố "Tuyên ngôn phục vụ khách hàng" với những cam kết cải cách nhằm tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại. Theo những cam kết do TCHQ công bố, thời hạn tiếp nhận, đăng ký tờ khai hải quan sẽ được giải quyết chậm nhất trong vòng 30 phút (trừ những tờ khai phức tạp và có trên 10 mục mặt hàng). Trường hợp không chấp nhận tờ khai, công chức hải quan phải trả lời và yêu cầu khách hàng điều chỉnh, bổ sung hồ sơ. Thời hạn giải quyết hồ sơ miễn thuế là 10 ngày (kể từ ngày tiếp nhận bộ hồ sơ hợp lệ) và thời hạn trả lời giải quyết vướng mắc của khách hàng là 5 ngày… Nếu những cam kết của ngành hải quan được thực hiện, hoạt động xuất, nhập khẩu hàng hóa sẽ thuận lợi hơn trước đây do giảm được đáng kể thời gian thông quan. Những vướng mắc, khiếu nại của DN phát sinh trong quy trình làm thủ tục hải quan cũng sẽ được giải quyết kịp thời, giúp giảm bớt những thiệt hại không đáng có cho DN.
_ Định hướng của Tổng cục hải quan về hải quan điện tử cho những năm tiếp theo: Đưa Hải quan điện tử sánh ngang các nước tiên tiến
Tổng cục Hải quan cho biết, đến năm 2015, sẽ phấn đấu đưa HQĐT đạt trình độ ngang bằng các nước tiên tiến trong khu vực Đông Nam Á. Đồng thời, đảm bảo hệ thống thủ tục HQĐT tích hợp đầy đủ với các chức năng: xử lý tờ khai HQĐT, Manifest điện tử, thanh toán điện tử, các giấy phép điện tử. HQĐT sẽ trở thành một phương thức phổ biến tại các địa bàn trọng điểm có quy mô và lưu lượng hàng hóa XNK lớn.
Để đưa HQĐT sánh ngang các nước khu vực, Tổng cục Hải quan sẽ tiếp tục triển khai mở rộng HQĐT theo lộ trình đã phê duyệt. Thí điểm hệ thống thanh toán điện tử và Manifest điện tử để kết nối với hệ thống thông quan điện tử. Thực hiện theo đúng kế hoạch, tiến độ xây dựng cơ chế một cửa quốc gia và tham gia vào cơ chế một cửa ASEAN theo Hiệp định của Chính phủ
đảm bảo triển khai tự động hóa khâu cấp phép và ghép nối vào hệ thống tự động hóa hải quan. Đẩy nhanh tiến độ và bảo đảm chất lượng triển khai những cấu phần trọng tâm của dự án World Bank (trong đó có gói thầu tái thiết kế quy trình và mua sắm, lắp đặt, triển khai vận hành hệ thống CNTT hải quan), đảm bảo khớp nối và tích hợp với hệ thống thông quan điện tử tới năm 2013.