Đầu năm 1999 với sự hỗ trợ của Ngân hàng thế giới, UNCTAD và công ty UNISYS( một trong những công ty hàng đầu của Mỹ) hải quan Philippin đã khởi động thực hiện dự án hiện đại hóa hải quan từ năm 1994 đến năm 1996. Nhiệm vụ của dự án là tiến hành cải cách thủ tục hành chính, tài chính, cơ cấu tổ chức, giúp cơ quan hả quan trở thành một hải quan tiên tiến hiện đại đáp ứng các mục đích cụ thể sau:
+ Tạo điều kiện cho cộng đồng doanh nghiệp + Chống lại các hành động gian lận thương mại
Đến cuối năm 1996, hải quan Philippin đã hoàn thành việc kết nối 3 hệ thống thành một hệ thống trung tâm, đặt tại văn phòng cao ủy hải quan.Kết quả đã làm tăng hiệu quả công tác xử lý và thông quan hàng hóa tại các vửa khẩu chính như của khẩu Manila, cang container quốc tê Manila và sân bay quốc tế Ninoy Aquino.Trong giai đoạn đầu, chương trình ASYCUDA++ được cài đặt tại bộ phận tiếp nhận chính thức và vận hành song song với các hệ thống hiện hành để kiểm tra tính chính xác của hệ thống, đến cuối năm 1996 thì hệ thống được đưa vào vận hành chính thức. Doanh nghiệp và các tổ chức khai thuê có thể nộp hồ sơ của họ tại trung tâm tiếp nhận thông qua các phương tiện điện tử, hệ thống này được tích hợp như là một phần của hệ thống của tổ chức cộng đồng thương mại (CTC) do phòng công nghiệp thương mại quản lý. Các nhân viên của trung tâm có trách nhiệm mã hóa và thực hiện khai khai báo trên hệ thống ASYCUDA++. Hệ thống ASYCUDA+ + tự động tiếp nhận và cấp số, phân luồng các khai báo hải quan thành bốn mức độ “Siêu xanh”, “ Xanh”, “Vàng”, và “Đỏ”.