Một trong những yếu tố có vai trò quan trọng trung tâm quyết định thành công của việc trển khai hải quan điện tử đó là công tác đào tạo nhân lực, cán bộ. Vì vậy, để có thể áp ứng được công việc trong môi trường hải quan đã được tự động hóa thì ngành hải quan cần phải có chiến lược, kế hoạch trang bị những kiến thức cần thiết cho cán bộ (những người từ trước tới nay vốn chỉ quen với xử lí công việc theo phương pháp thủ công ) trong ngành. Trong đó trình độ và khả năng về công nghệ thông tin của mỗi cán bộ sẽ có ảnh hưởng lớn. Sự thiếu hiểu biết, những nhầm lẫn nhỏ cũng có thể là những rào cản tiến
trình này và thậm chí có thể gây những hậu quả to lớn. Trên thực tế có rất nhiều phương pháp để thực hiện việc trang bị kiến thức, kĩ năng phục vụ cho triển khai hải quan điện tử cho cán bộ hải quan, nhưng đào tạo là phương pháp hữu hiệu và quan trọng nhất. Như vậy, công tác đào tạo trong ngành cho cán bộ hải quan phải được tiến hành thường xuyên và liên tục từ lúc tuyển dụng, dưới nhiều hình thức huấn luyện, động viên cũng như bắt buộc. Từ những vấn đề cơ bản nhất như tin học văn phòng, sử dụng chương trình cho tới các vấn đề mang tính kĩ thuật cao cấp cho đối tượng trong ngành. Từ cán bộ lãnh đạo cho tới nhân viên thừa hành đội ngũ chuyên gia công nhệ thông tin…Bên cạnh đó chắc chắn phải có sự hợp tác chặt chẽ tốt đẹp với cộng đồng doanh nghiệp, nên cũng cần phải tăng cường mối quan hệ hải quan _doanh nghiệp và có những chương trình tập huấn, đào tạo cho cộng đồng doanh nghiệp để họ nhận thức được rằng một cơ quan hải quan hiện đại sẽ đem lại nhiều lợi ích chính bản thân họ, từ đó tích cực tham gia vào việc xây dựng hải quan thành một hải quan hiện đại .