Những khó khăn trong việc thực hiện và duy trì hệ thống HACCP tại công ty TNHH chế biến hoa quả Hồng Lam do một số nguyên nhân sau:
Thứ nhất: vai trò của lãnh đạo trong việc thực hiện các mục tiêu cũng như công tác quản lý chất lượng chưa thực sự sâu sắc. Mặc dù khi triển khai và duy trì hệ thống quản lý chất lượng theo HACCP tại công ty ban lãnh đạo công ty đã tạo điều kiện để hoàn thành những mục tiêu chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm đề ra. Tuy nhiên, khi thị trường cạnh tranh ngày càng gay gắt cũng như yêu cầu kinh doanh ngày càng cao thì lãnh đạo công ty cần có sự quan tâm nhiều hơn nữa đến công tác quản lý chất lượng của công ty cũng như công tác duy trì hiệu lực hệ thống QLCL theo HACCP.
Thứ hai: chương trình đào tạo, tập huấn nhằm bổ sung kiến thức nâng cao năng lực cho nhân viên về vấn đề QLCL và HACCP chưa được sâu rộng. Hàng năm công ty có tổ chức đào tạo để nâng cao trình độ của đội ngũ cán bộ đặc biệt là nhân viên phụ trách HACCP tuy nhiên công tác đào tạo chưa mang lại hiệu quả cao. Chương trình
đào tạo của công ty vẫn chủ yếu tập trung vào lý thuyết là chính mà chưa có những hướng dẫn về công việc cụ thể để có thể đi vào thực tế của công ty. Công tác đánh giá hoạt động đào tạo chưa mang lại hiệu quả tích cực. Hoạt động đào tạo chưa thực sự được tổ chức sâu rộng. Việc đào tạo chủ yếu tập trung cho cán bộ quản lý và những nhân viên liên quan trực tiếp đến hệ thống quản lý HACCP mà chưa thực hiện sâu rộng cho toàn bộ cán bộ công nhân viên của công ty.
Thứ ba: việc tích hợp các yếu tố của nhiều hệ thống QLCL cùng một lúc chưa thực sự nhuần nhuyễn. Hiện tại công ty TNHH chế biến hoa quả Hồng Lam đã và đang áp dụng đồng thời hai hệ thống quản lý chất luợng là ISO 9001:2008 và HACCP: 2003, tuy nhiên sự phối hợp giữa hai hệ thống này chưa thực sự tốt. Những yêu cầu của hai hệ thống này chưa hỗ trợ tích cực cho nhau, đôi khi còn bị chồng chéo. Đây là một trong các yếu tố gây khó khăn trong việc duy trì hiệu lực của cả hai hệ thống mà công ty đã áp dụng.