Phương pháp này ựược tiến hành trực tiếp trên gia súc nhai lại và có ựộ chắnh xác cao. Thông thường, mỗi thắ nghiệm tiêu hóa in vivo trên gia súc thường kéo dài 30 ngày và chia làm hai giai ựoạn: giai ựoạn nuôi thắch nghi và giai ựoạn thu mẫu (Cochran và Galyean, 1994; Burns và Pond, 1994). Trong thắ nghiệm tiêu hoá in vivo, số lượng thức ăn cho ăn, còn thừa cũng như lượng phân thải ra hàng ngày phải ựược cân, ghi chép ựầy ựủ và chắnh xác. động vật dùng làm thắ nghiệm phải dễ huấn luyện, khỏe mạnh, ựồng ựều cùng một loài, tuổi, tắnh biệt.
- Thời kỳ chuẩn bị thắ nghiệm: Rất quan trọng là thời gian gia súc làm quen với thức ăn thắ nghiệm ựể thắch ứng với thức ăn mới và ựẩy hết thức ăn cũ ra ngoài.
- Thời kỳ thắ nghiệm: Thời gian này càng dài, số liệu thu ựược càng chắnh xác, ựặc biệt ựối với gia súc nhai lại mỗi ngày phải cho ăn thức ăn cùng giờ và lượng thức ăn cho ăn cũng phải cố ựịnh (Cochran và Galyean, 1994; Burns và Pond, 1994).
Thông thường yêu cầu số gia súc cho một yếu tố thắ nghiệm là 4 -5 con (Cochran và Galyean, 1994).
Cách lấy mẫu thức ăn cho ăn và mẫu thức ăn ăn thừa hàng ngày cũng rất quan trọng liên quan ựến ựộ chắnh xác khi phân tắch. để ựảm bảo chắnh xác khi phân tắch, thường lấy mẫu thức ăn cho ăn 200 g/mẫu và mẫu thức ăn
ăn thừa khoảng 5% tổng lượng thức ăn thừa, phân lấy mẫu khoảng 10% tổng lượng phân thải ra (Cochran và Galyean, 1994).
Tỷ lệ tiêu hóa ựược xác ựịnh theo công thức sau:
Lượng chất A thu nhận - Lượng chất A thải trong phân
TL tiêu hóa chất A (%) = x 100 Lượng chất A thu nhận
Theo Stern và cs., (1997) ựể có thể xác ựịnh chắnh xác nhất tiêu hóa protein và ảnh hưởng của protein ựến tiêu hóa các chất dinh dưỡng khác cần phải tiến hành thắ nghiệm in vivo trên gia súc.
Theo INRA (1989) ựể giảm chi phắ do tiến hành thắ nghiệm tiêu hóa in vivo trên gia súc lớn (bò thịt, bò sữa), có thể sử dụng cừu trong các thắ nghiệm xác ựịnh tỷ lệ tiêu hóa thức ăn in vivo cho loài nhai lại, mặc dù tiêu hóa thức ăn giữa cừu và bò có sự khác biệt nhưng rất nhỏ, không có ý nghĩa thống kê và chấp nhận ựược. OỖMara và cs., (1999) ựã tiến hành một thắ nghiệm so sánh tỷ lệ tiêu hóa của cùng một loại thức ăn trên bò và cừu và cho biết: tỷ lệ tiêu hóa OM, CP, NDF của cỏ khô, lúa mì, tấm gạo và ựỗ tương là tương tự nhau giữa cừu và bò, không có sự sai khác ựáng kể về thống kê (P>0,05). Họ kết luận: cừu là ựối tượng thắch hợp ựể dùng trong các thắ nghiệm tiêu hóa in vivo. Hiện nay cừu ựang ựược dùng phổ biến trong các thắ nghiệm in vivo thay vì dùng bò ựể giảm chi phắ nghiên cứu.