Xỏc định và phõn tớch trỡnh tự rADN 16 S2 chủng N4 và N7

Một phần của tài liệu NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC VÀ KHẢ NĂNG PHÂN GIẢI ĐỘC TỐ CẢU MỘT SỐ CHỦNG Microcystis PHÂN LẬP Ở HỒ HOÀN KIẾM, HÀ NỘI (Trang 64)

Để cú đƣợc nhiều hơn nữa thụng tin xỏc định về vị trớ phõn loại và phỏt sinh chủng loại của 2 chủng N4, N7. ADN genom của 2 chủng N4 và N7 đƣợc dựng làm khuụn để khuyếch đại đoạn ADN bằng phản ứng PCR, sử dụng cặp mồi 27f và 1252r. Chỳng tụi đó xỏc định trỡnh tự rADN 16S của nú và so sỏnh với trỡnh tự cú sẵn trong Ribosomal Data Project. Tỡm kiếm trỡnh tự tƣơng đồng trực tuyến chỉ ra rằng, trong số cỏc loài đó cụng bố, trỡnh tự rADN 16S (đoạn 700bp) của N4 giống trỡnh tự của Sphingomonas mali Y09638 (99%), Sphingomonas asaccharolytica

Y09639 (99%). Với chủng N7 (đoạn 564bp) giống Sphingomonas asaccharolytica

Y09639 (100%) và Sphingomonas mali Y09638 (99%).

Khoảng cỏch tiến húa đƣợc tớnh toỏn để thiết lập cơ sở dữ liệu bao gồm trỡnh tự của chủng N4, N7 và 27 trỡnh tự khỏc của nhúm Sphingomonas phõn lớp alpha của Proteobacteria với Rhodospirillum rubrum là outgroup (ngoài nhúm).

Cõy phỏt sinh chủng loại đó đƣợc xõy dựng lại trờn cơ sở cỏc số liệu ma trận về khoảng cỏch thu đƣợc nhƣ (hỡnh 3.28, 3.29). Chủng N4, N7 phõn nhỏnh sõu từ 1 nhúm chớnh, nhúm này bao gồm một số thành viờn của chi Sphingomonas. Cỏc loài đó cụng bố của chi Sphingomonas khỏc nhau về phỏt sinh chủng loại

Hai cõy phả hệ vẽ theo phƣơng phỏp neighbour joining thƣớc đo = 0,02 Knor trong trỡnh tự nucleotid. Cỏc giỏ trị hiển thị tại cỏc nhỏnh cõy là kết quả phõn tớch boostrap với độ lập lại 1000 (với những giỏ trị >50% mới đƣợc thể hiện trờn cõy phả hệ).

Hỡnh 3.28. Cõy phả hệ dựa trờn phõn tớch giải trỡnh tự rADN 16S của chủng N4 và

cỏc loài cú quan hệ họ hàng gần

Rhodospirillum rubrum D30778

Sphingomonas sibiricus Y10678

Sphingomonas parapaucimobilis D13724 Sphingomonas sanguinis D13726 Sphingomonas paucimobilis D13725 62 Sphingomonas trueperi X97776 98

Sphingomonas asaccharolytica Y09639

Sphingomonas mali Y09638 N4 100 Sphingomonas adhaesiva D13722 Sphingomonasterrae D13727 Sphingomonas macrogoltabida D13728 88

Sphingomonas natatoria AB024288

Erythr ursincola AB024289

Novosphingobium aromaticivorans U20756

Sphingomonas subterraneae U20773

Novosphingobium capsulatum D16147 99 Sphingomonas subarctica X94102 99 100 86 Porphyrobacter tepidarius D84429 Porphyrobacter neustonensis L0 Erythrobacter longus M59062

Erythrobacter litoralis AB013354

67 91

Erythromicrobium ramosum AB013

78

67 100

92 55

Sphingomonas agrestis Y12803

Sphingomonas flava X87164 Sphingomonas chlorophenolica X87162 68 Sphingomonas yanoikuyae SPP16SRR7 100 Sphingomonas suberifaciens D13737 50 71 56 86 58 0.02

Hỡnh 3.29. Cõy phả hệ dựa trờn phõn tớch giải trỡnh tự rADN 16S của chủng N7 với

cỏc loài cú quan hệ họ hàng gần

Một phần của tài liệu NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC VÀ KHẢ NĂNG PHÂN GIẢI ĐỘC TỐ CẢU MỘT SỐ CHỦNG Microcystis PHÂN LẬP Ở HỒ HOÀN KIẾM, HÀ NỘI (Trang 64)

Tải bản đầy đủ (PDF)

(103 trang)