Tổng hợp từ các hạn chế trên, tác giả xin đưa ra một số nguyên nhân chính. Thứ nhất, do trình độ của đội ngũ nhân viên không được đào tạo về TMĐT, nên chưa phát huy được hiệu quả các hoạt động tác nghiệp trong bán hàng trực tuyến. Do công ty nhỏ nên để tiết kiệm chi phí nhân công, tất cả các công việc cập nhật website, marketing trực tuyến đều do các nhân viên trong công ty chia nhau thực hiện. Thiếu kiến thức về TMĐT cộng thêm công việc bận rộn nên nhân viên không có sự tập trung tìm hiểu website và thường làm cho xong. Công ty chưa phân bổ đồng đều nguồn lực, do đó các chiến lược của công ty cũng như các hoạt động tác nghiệp chưa đạt hiệu quả cao. Các công cụ xúc tiến thương mại, dịch vụ chăm sóc khách hàng chưa được theo dõi sát sao và quan tâm đúng mức, dẫn đến hiệu quả không cao và ảnh hưởng đến uy tín của công ty.
Thứ hai, do ban giám đốc chưa đánh giá hết được vai trò quan trọng của TMĐT trong môi trường du lịch canh tranh gay gắt hiện nay và chưa có kinh nghiệm trong việc hoạch định, tổ chức và triển khai các hoạt động kinh doanh TMĐT và các hoạt động bán lẻ điện tử trên website của mình nên chưa có sự quan tâm phát triển đúng mức.
Thứ ba, công ty quy mô nhỏ, với 12 nhân viên và mới thành lập năm 2010 nên còn nhiều khó khăn. Nguồn tài chính của công ty hạn hẹp nên việc đầu tư cho TMĐT vẫn còn hạn chế. Tuy đã có sự đầu tư ban đầu nhưng do trong chiến lược ngắn hạn của công ty chưa định hướng phát triển TMĐT nên việc xây dựng mô hình bán lẻ điện tử diễn ra khá chậm.
Thứ tư, thanh toán điện tử tại Việt Nam hiện nay đã khá ổn định nhưng công ty vẫn chưa áp dụng một phần vì chưa có nguồn lực, chưa hiểu rõ, có tâm lý e dè, ngại tìm hiểu và sử dụng công nghệ mới, sợ rủi ro trong thanh toán điện tử, mặt khác cũng vì thói quen sử dụng tiền mặt của phần đông khách hàng cá nhân cũng là khó khăn trở ngại lớn.