Đời sống của nhân dân vùng rừng còn gặp khó khăn, nhất là đồng bào dân tộc thiểu số do dân số tăng nhanh, gây áp lực trong việc giải quyết đất đai dẫn đến phá rừng để lấy đất canh tác hoặc sang nhượng trái phép; Thực tế, cuộc sống của đồng bào dân tộc phụ thuộc nhiều vào nguồn tài nguyên rừng, do đó một số đối tượng lợi dụng tình hình khó khăn này đã tổ chức, lôi kéo một số người dân tộc thiểu số tham gia khai thác rừng, bẫy bắt động vật rừng ...trái phép;
Nhu cầu của con người không bao giờ là có điểm dừng. Những người làm ảnh hưởng tài nguyên đa dạng sinh học trong Khu Bảo tồn một cách mạnh mẽ lại
không phải là những người dân sống tại vùng đệm Khu Bảo tồn mà chính là những người dân sống ngoài vùng đệm Khu Bảo tồn. Những đối tượng trên là mối nguy hiểm lớn nhất cho khai thác và buôn bán gỗ, các Lâm sản ngoài gỗ trái phép tại khu vực của Khu bảo tồn thiên nhiên Văn Hóa - Đồng Nai.
Bên cạnh hành vi trên thì trong năm 2010 - 2011 xuất hiện hành vi đào cây rừng để làm cây cảnh, chủ yếu là cây Lộc vừng. Đối tượng vi phạm là người dân địa phương các xã giáp ranh, họ vào rừng đào các cây rừng mang về vườn nhà trồng, sau đó bán cho các thương lái vận chuyển đi nơi khác tiêu thụ, do lợi nhuận cao nên các đối tượng vi phạm đã bất chấp các qui định của pháp luật xâm nhập vào rừng bằng nhiều hình thức khác nhau, đã gây ra rất nhiều khó khăn cho công tác kiểm tra và ngăn chặn.
Khai thác gỗ lậu là nguyên nhân cơ bản nhất dẫn đến diện tích rừng bị suy giảm ở nhiều nơi trên thế giới chứ không riêng gì Khu bảo tồn thiên nhiên Văn Hóa - Đồng Nai. Người sống bên ngoài Khu Bảo tồn với những phương tiện kỹ thuật hiện đại đã vào khu rừng khai thác gỗ trộm. Từ khi thành lập Khu Bảo tồn có xây dựng cơ chế, chính sách quản lý rõ ràng, có đội ngũ cán bộ Kiểm lâm được tăng cường và có tổ tuần tra bảo vệ rừng là những người dân địa phương yêu rừng đã giữ cho rừng Khu bảo tồn không bị mất đi mà ngày càng xanh tươi, hồi phục.
Gỗ chặt phá chủ yếu được sử dụng vào việc cung cấp cho các xưởng đóng đồ gỗ, giường tủ bàn ghế. Trong các vụ khai thác và vận chuyển lâm sản trái phép, loại lâm sản thu được chủ yếu là các loại gỗ quý hiếm như: Gõ đỏ, Cẩm lai, Dáng hương, Vên vên….
4.3.1.5 Các nguyên nhân khác
- Lửa rừng có ảnh hưởng rất lớn đến tài nguyên thực vật rừng; trong đó phải kể đến sự ảnh hưởng của chúng tới quá trình phát triển của tầng cây cao, sự tồn tại và phát triển của lớp cây tái sinh và vai trò giữ ẩm cho đất, bảo vệ và hạn chế xói mòn rửa trôi đất. Nếu xảy ra lửa rừng thì phải rất lâu nữa mới có thể phục hồi lại nguyên trạng rừng trước khi xảy ra cháy rừng, chính vì vậy lửa rừng luôn là nguyên nhân lớn đe doạ tài nguyên sinh vật rừng của các Khu bảo tồn. Chi cục Kiểm lâm
tỉnh Đồng Nai, Hạt Kiểm lâm huyện Vĩnh Cửu, Hạt Kiểm lâm Khu bảo tồn và Ban quản lý Khu bảo tồn, chính quyền địa phương các cấp và người dân luôn xác định lửa rừng là một nhân tố tác động trực tiếp đến tài nguyên rừng và phải luôn luôn chú ý đến công tác phòng chống cháy rừng, quyết tâm không để cháy rừng xảy ra.
- Cháy rừng là một trong những nguy cơ lớn đe doạ đến tài nguyên sinh vật rừng của các Khu bảo tồn thiên nhiên và Vườn quốc gia. Trong 3 năm trở lại đây Khu BTTN - Văn hóa Đồng Nai không có vụ cháy rừng nào xảy ra, nhưng nguy cơ tiềm tàng là rất lớn. Diện tích rừng và đất lâm nghiệp Khu bảo tồn quản lý là rất lớn, trong đó phía Đông và phía Nam tiếp giáp với vùng bán ngập hồ Trị an có chiều dài trên 99,5 km. Đây là khu vực xung yếu nhất vì mùa khô cây Mai dương khô chết tạo nên lớp thảm mục dày, dễ bắt lửa gây cháy. Mặt khác, ở khu vực này vào mùa khô luôn có nhiều thuyền bè neo đậu, nhiều hộ canh tác cây nông nghiệp ngắn ngày, trong sinh hoạt và dọn rẫy, khi sử dụng lửa bất cẩn rất dễ gây ra cháy rừng.
- Chăn thả rông gia súc: Đây cũng là một hoạt động ít nhiều ảnh hưởng đến sự sinh trưởng của rừng, đặc biệt là lớp cây tái sinh, cây bụi thảm tươi hay nói cách khác là làm giảm sự ổn định và tính đa dạng của rừng. Ngoài ra chăn thả rông gia súc còn là nguyên nhân có thể dẫn đến cháy rừng vào mùa khô hanh.
Theo thống kê tại 20 ấp dân cư của 3 xã vùng đệm có 2734 con trâu, bò bình quân mỗi hộ gia đình có 1,36 con trâu bò. Người dân địa phương không có thói quen sản xuất ra thức ăn cho các loài gia súc mà chúng sống chủ yếu dựa vào các loại thức ăn có sẵn trong tự nhiên; bãi chăn thả cho gia súc cũng không có. Chính vì vậy đã gây nên sự tàn phá trên diện rộng của các loài cây tái sinh, phá hại môi trường sống của thực vật.