Sử dụng phần mềm phân tích hình ảnh bản gel điện di hai chiều Phoretix, bƣớc đầu chúng tôi đã xác định đƣợc tổng số spot protein đƣợc phân tách trên mỗi bản gel điện di hai chiều (bảng 4).
Bảng 4. Số lƣợng spot protein phân tách trên bản gel điện di hai chiều
41
Mô bình thƣờng Mô ung thƣ
1 11781 188 spot 239 spot
2 10608 139 spot 86 spot
3 10483 106 spot 162 spot
4 10597 130 spot 130 spot
5 11812 120 spot 166 spot
Với phần mềm Phoretix, ngoài việc xác định tự động các spot trên bản điện di hai chiều, còn cho phép xác định các spot tƣơng ứng trên bản gel, đƣa ra giá trị cƣờng độ khối trung bình của từng spot protein. Bên cạnh đó, phần mềm còn đƣa ra hình ảnh ba chiều (3-D) của các spot protein, trong đó độ lớn của spot đƣợc thể hiện bằng bề rộng đáy spot trên hình ảnh 3-D, độ đậm của spot đƣợc thể hiện bằng chiều cao của spot tính từ đáy lên đỉnh và độ sắc nét của spot nhuộm màu coomassie đƣợc thể hiện bằng độ nhọn của spot trên hình ảnh 3-D (hình 7). Đây là cơ sở để so sánh sự biểu hiện khác biệt của các spot protein tƣơng ứng giữa các cặp bản gel điện di mẫu protein mô đại trực tràng.
A - Mô bình thƣờng B - Mô ung thƣ
Hình 7. Minh họa các spot biểu hiện khác biệt trên bản gel mô ung thƣ so với mô bình thƣờng
42
Căn cứ vào các thông số trong quá trình phân tích, chúng tôi đã xác định đƣợc các spot protein biểu hiện khác biệt ở bản gel điện di hai chiều của mẫu protein mô đại trực tràng bình thƣờng và mô ung thƣ. Các khác biệt này bao gồm: các spot biểu hiện tăng (↑) hoặc giảm (↓) ở bản gel mẫu mô ung thƣ so với bản gel đối chứng; các spot chỉ xuất hiện , quan sát thấy rõ trên bản gel mô ung thƣ (+) hoặc các spot chỉ xuất hiện, quan sát thấy rõ trên bản gel mô đại trực tràng bình thƣờng (-). Hình 7 minh họa về một số spot biểu hiện khác biệt giữa bản gel mô ung thƣ và bản gel đối chứng.
Tiến hành phân tích độc lập từng cặp bản gel điện di hai chiều, chúng tôi đã xác định đƣợc các spot protein biểu hiện khác biệt giữa mô ung thƣ so với mô đại trực tràng bình thƣờng trên từng cặp bản gel. Hình 8 minh họa kết quả so sánh biểu hiện protein khác biệt trên cặp bản gel điện di hai chiều mẫu mô đại trực tràng của bệnh nhân mã số 11781.
A - Mô đại trực tràng bình thƣờng B - Mô ung thƣ đại trực tràng
Hình 8. Các spot protein biểu hiện khác biệt giữa bản gel điện di hai chiều mẫu mô đại trực tràng bình thƣờng so với mẫu mô ung thƣ của
bệnh nhân ung thƣ đại trực tràng mã 11781
↑
O : Biểu hiện tăng ở mô ung thƣ
+
43 ↓
O : Biểu hiện giảm ở mô ung thƣ
-
O : Chỉ có ở mô bình thƣờng
Chúng tôi đã tiến hành thống kê các spot protein biểu hiện khác biệt trên bản gel điện di hai chiều của cả 5 bệnh nhân. Kết quả đƣợc đƣa ra trong bảng 5.
Bảng 5. Thống kê các spot protein biểu hiện khác biệt trên bản gel điện di hai chiều của 5 bệnh nhân
Biểu hiện Mã bệnh nhân
11781 10608 10483 10597 11812
Tăng ở mô ung thƣ (↑) 17 6 10 12 15
Giảm ở mô ung thƣ (↓) 5 22 1 9 19
Chỉ xuất hiện ở mô ung thƣ (+) 11 0 0 1 5
Chỉ xuất hiện ở mô thƣờng (-) 0 8 0 14 1
Tổng số khác biệt 33 36 11 36 40
Thống kê các spot protein biểu hiện khác biệt giữa bản gel mô ung thƣ đại trực tràng so với bản gel mô đại trực tràng bình thƣờng của các bệnh nhân, chúng tôi nhận thấy có 43 spot biểu hiện khác chung bao gồm 16 spot biểu hiện tăng, 17 spot biểu hiện giảm và 10 spot không xuất hiện ở bản gel mô ung thƣ đại trực tràng.