Chi nhánh Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Hai Bà Trưng được thành lập theo quyết định số 718/QĐ-HĐQT ngày 19/09/2008 của Chủ tịch Hội đồng Quản trị Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam trên cơ sở chia tách từ Chi nhánh Sở giao dịch I. Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam. Chi nhánh Hai Bà Trưng là chi nhánh cấp I trực thuộc Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam, có con dấu riêng và bảng cân đối kế toán, thực hiện tất cả các nghiệp vụ Ngân hàng thương mại.
Sự ra đời của chi nhánh Hai Bà Trưng là một bước cụ thể hóa của chiến lược phát triển đến 2010, kế hoạch kinh doanh 2008 - 2010 của BIDV nhằm thực hiện chuyển dịch cơ cấu khách hàng, cơ cấu sản phẩm dịch vụ Ngân hàng, góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh trong hội nhập kinh tế quốc tế. Chi nhánh Hai Bà Trưng hoạt động theo mô hình Ngân hàng bán lẻ, cung cấp các sản phẩm dịch vụ Ngân hàng đa năng trên nền công nghiệp hiện đại hóa để thỏa mãn nhu cầu về các sản phẩm dịch vụ Ngân hàng tiện ích cao cho khách hàng. Chi nhánh đi vào hoạt động trên nền 2 phòng giao dịch (PGD) là PGD 4 tại số 10 Trần Đại Nghĩa (nay là trụ sở của Chi nhánh) và PGD 2 tại 329 Bạch Mai với 2 quỹ tiết kiệm tại 250 Minh Khai và 80 Lạc Trung. Ngày 2/3/2009, quỹ tiết kiệm tại 80 Lạc Trung đã chuyển thành phòng giao dịch số 3. Thay vào đó, một quỹ tiết kiệm mới đã được thành lập tại số 73A Phương Mai vào ngày 16/7/2009. Ngày 21/5/2010, phòng giao dịch số 5 được khai trương tại địa điểm 178 Tây Sơn. Trong tương lai ngân hàng Đầu tư và Phát triển Hai Bà Trưng sẽ tiến tới trở thành một trong những Chi nhánh đầu tiên đưa ra các sản phẩm mới của BIDV đến với khách hàng.