Bảo hộ giống cây trồng là một hình thức bảo hộ riêng, độc lập được thiết lập với mục đích bảo hộ các giống cây trồng mới, có những đặc điểm nhất định chung với các quyền SHTT khác nhưng đồng thời cũng có sự khác biệt cơ bản.
Bảo hộ giống cây trồng còn được gọi là (quyền của nhà tạo giống cây) là độc quyền khai thác giống cây dành cho người tạo ra giống cây trồng mới. Đây là một dạng quyền SHTT tương tự với các quyền SHTT khác như bản quyền, nhãn hiệu hàng hóa và kiểu dáng công nghiệp. Bảo hộ giống cây trồng có một đặc điểm tương tự với sáng chế công nghiệp, đó là cả hai hình thức bảo hộ đều dành cho người nắm quyền một dạng quyền độc quyền nhằm động viên hoạt động sáng tạo. Bảo hộ giống cây trồng cũng giống như bảo hộ bản quyền vì bảo hộ giống cây trồng cho phép chủ sở hữu giống được bảo hộ kiểm soát nhân các giống cây trồng được bảo hộ.
Nhưng tại sao cần phải bảo hộ giống cây trồng mới?
Trước hết, dân số thế giới đang tăng lên, đất trồng và các nguồn tài nguyên khác trở nên khan hiếm. Do vậy, sản lượng nông nghiệp cần được tăng lên. Trong quá trình nâng cao sản lượng nông nghiệp, các giống cây trồng mới với sản lượng được nâng cao hoặc có khả năng chống được sâu hại cây trồng, dịch bệnh là một nhân tố quan trọng nhằm nâng cao năng suất chất lượng sản phẩm trong nông nghiệp, nghề làm vườn và lâm nghiệp.
Thêm vào đó, hoạt động giống cây trồng mới đòi hỏi phải đầu tư lớn về kỹ thuật, lao động, nguyên vật liệu, kinh phí phải mất nhiều năm (có nhiều giống phải mất từ 10 đến 15 năm). Trong nhiều trường hợp giống vừa mới được lưu hành đã bị người khác sử dụng để nhân giống làm cho người tạo giống mất đi cơ hội thu hồi vốn đầu tư tạo ra giống cây đó. Vì vậy việc việc trao độc quyền cho người tạo ra giống
mới không chỉ khuyến khích họ tiếp tục đầu tư cho công tác lai tạo giống mà còn góp phần vào việc khuyến khích phát triển nông nghiệp, lâm nghiệp.
Một số quốc gia trên thế giới đã thống nhất ký kết Công ước về bảo hộ giống cây trồng mới vào năm 1961, có hiệu lực vào năm 1968, sửa đổi vào các năm 1972, 1978 và 1991. Theo Công ước này, Hiệp hội quốc tế Bảo hộ giống cây trồng mới (International Union for the Protection of New Varieties and Plants - UPOV) đã được thành lập năm 1961.
Trong số các đối tượng SHCN, bảo hộ giống cây trồng mới là một khái niệm khá mới mẻ ở Việt Nam. Việt Nam đã có Nghị định số 13/2001/ND-CP ngày 20/4/2001 về bảo hộ giống cây trồng mới. Tuy Việt Nam là một quốc gia nông nghiệp, việc bảo hộ giống cây trồng vẫn chưa nhận được sự quan tâm cần thiết và đúng mức [39]. Hơn thế nữa, trong quá trình hội nhập vào đời sống kinh tế quốc tế, việc bảo hộ giống cây trồng mới một cách đầy đủ và hữu hiệu còn là một điều kiện cần để Việt Nam có thể tham gia WTO. Hiệp định TRIPS yêu cầu các nước thành viên của WTO phải dành sự bảo hộ cho các giống cây dưới hình thức patent hoặc dưới hình thức gọi là một hệ thống bảo hộ riêng hữu hiệu hoặc một hình thức kết hợp của các phương pháp đó. Theo hiệp định TRIPS, tất cả các nước đang phát triển, trừ các nước thuộc loại kém phát triển phải bảo hộ các quyền SHTT đối với giống cây từ 01/01/2000. Các nước kém phát triển đến 01/01/2005 mới phải thực thi nghĩa vụ này [54].
Tuy nhiên một vấn đề đang được các nuớc đang phát triển quan tâm là hiện tượng một cá nhân hay một công ty có thể lấy một cây trồng ở một quốc gia đang phát triển, cải biến nó hoặc phân lập một gen hữu ích sau đó xin bảo hộ giống cây trồng mới hay xin cấp bằng sáng chế về chủng vi sinh chứa đựng gen đó. Làm sao để xác định được cái gì là “mới” trong quy trình đó. Một ví dụ điển hình là vụ một công ty Mỹ đã được bảo hộ đối với giống lúa “Jasmati” là dòng lai giống lúa “Jasmine “ của Ấn Độ. Công ty Mosanto, chủ của giống lúa “Jasmati” đã buộc những người nông dân Ấn Độ phải trả phí bản quyền cho việc sử dụng và thu hoạch giống lúa Mosanti này [16, 22]. Đây là một vấn đề mà Việt Nam cũng cần quan tâm khi bảo hộ giống cây trồng mới.