Qua khảo sát về chức năng, nhiệm vụ của Sở Giáo dục và Đào tạo cho thấy có 68% ý kiến cho rằng chức năng, nhiệm vụ chưa đi đôi quyền hạn; 48% ý kiến cho thấy chức năng, nhiệm vụ chưa được quy định rõ ràng, cụ thể; 34% ý kiến cho thấy chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn còn chồng chéo với các cơ quan chức năng khác. Cơ cấu tổ chức của các Sở khác nhau: Thông tư 21/2004/TTLB/BGD&ĐT –BNV quy định “UBND cấp tỉnh quyết định cụ thể tên gọi số phòng chuyên môn, nghiệp vụ nhưng không vượt quá 08 phòng đối với các tỉnh có 2 triệu dân trở lên (07/64 tỉnh thành) và không quá 07 phòng đối với các tỉnh còn lại. Thông tư chỉ quy định cứng 02 đơn vị trong Bộ máy Sở Giáo dục và đào tạo: Văn phòng và Thanh tra, với số lượng còn lại các Sở tự xác định các phòng chức năng cho phù hợp, do vậy dẫn đến tình trạng các Sở có cơ cấu tổ chức khác nhau, không thống nhất trong toàn ngành.
Về quản lý các trường, cơ sở giáo dục: trước đây, Sở Giáo dục và Đào tạo được giao nhiệm vụ quản lý trực tiếp một số đơn vị sự nghiệp như trường THPT, Trường CĐSP, Trung tâm GDTX, Trung tâm Kỹ thuật Tổng hợp – Hướng nghiệp. Tuy nhiên, tại điều 6 Nghị định 166/2004/NĐ - CP ngày 16/9/2004 quy định một cách không rõ ràng: “ Sở Giáo dục và Đào tạo chịu trách nhiệm quản lý các trường trực thuộc: TTGDTX, trường PTDTNT, trường bồi dưỡng cán bộ quản lý giáo dục cấp tỉnh, trung tâm kỹ thuật tổng
hợp – hướng nghiệp..” không rõ chức cấp tỉnh trong quy định trên có thuộc
về các đơn vị trước đó ( TTGDTX, trường PTDTNT) hay không. Trong khi đó, Nghị định 172/2004/NĐ-CP ra đời sau Nghị định 166 gần 1 tháng( ngày 29/9/2004) lại quy định; “Phòng Giáo dục tham mưu, giúp UBND cấp huyện thực hiện chức năng quản lý nhà nước về giáo dục mầm non, tiểu học, trung học cơ sở, phổ thông dân tộc nội trú; trung tâm GDTX, trung tâm KTTHHN
Giáo dục và Đào tạo hạn chế khó có thể đảm đương được nhiệm vụ được giao.