Thứ nhất, thông tin, số liệu làm căn cứ tính toán còn chưa đầy đủ. Ngân hàng
thẩm định các nội dung về khách hàng vay vốn, về dự án chủ yếu thông qua những số liệu trên báo cáo tài chính, trên báo cáo khả thi của dự án đầu tư mà khách hàng cung cấp. Những số liệu này có thể sẽ không phản ánh đúng tình hình hoạt động sản xuất kinh doanh, hiệu quả của dự án nếu như doanh nghiệp cố tình che giấu.
Ngân hàng chưa khai thác được một cách hiệu quả, đa dạng nguồn thông tin từ các Bộ, ngành liên quan, và cũng chưa có bộ phận chuyên trách, khai thác, thu thập lưu trữ thông tin kinh tế, thị trường…
Thứ hai, về nội dung thẩm định : Một số nội dung thẩm định còn bị bỏ sót hoặc
chưa đạt yêu cầu. Trong quá trình thẩm định cán bộ thẩm định đã không chú ý đến một số chỉ tiêu nhỏ hoặc chỉ chú ý đến chỉ tiêu hiệu quả tài chính trong khi các nội dung khác lại phân tích chưa đảm bảo.
Thẩm định về phương diện thị trường còn chủ quan, chưa có phương pháp phân tích khoa học, tòan diện. Những thông tin biến động giá cả, thị trường, vật tư hàng hóa… cán bộ thẩm định còn nắm bắt hạn chế. Việc phân tích thị trường còn chưa đầy đủ, nhiều dự án mới dừng lại phân tích cung cầu thị trường trong nước mà chưa quan tâm đến thị trường nước ngoài, những cạnh tranh từ thị trường nước ngoài. Những dự án nhỏ thì thường không đề cập đến khả năng cạnh tranh của sản phẩm. Điều này có thể ảnh hưởng lớn đến hiệu quả của dự án, khả năng trả nợ của nhà đầu tư.
Thẩm định về phương diện kỹ thuật của dự án: Phần này không được ngân hàng tiến hành chặt chẽ, thường thì ngân hàng chỉ dựa trên báo cáo khả thi của dự án mà doanh nghiệp gửi. Việc thẩm định công nghệ và thiết bị của dự án khá sơ sài, không có báo giá cụ thể, không có sự đánh giá đúng mức độ tiên tiến của kỹ thuật công nghệ cũng như là sự phù hợp của nó với dự án. Đồng thời, ngân hàng cũng không đánh giá được khả năng của đội ngũ kỹ sư, công nhân kỹ thuật khi sử dụng công nghệ mới.
Về phương diện kinh tế xã hội: Nội dung này thường không được ngân hàng quan tâm đến mặc dù nội dung này quan trọng khi đánh giá hiệu quả của dự án. Một dự án hiệu quả không chỉ đạt hiệu quả về mặt tài chính mà còn phải đảm bảo hiệu quả về kinh tế và xã hội.
Về phân tích rủi ro của dự án: Khi phân tích rủi ro của dự án ngân hàng thường không phân tích độ nhạy của dự án theo sự biến động của nhiều yếu tố đầu vào cùng một lúc. Và cũng có rất nhiều dự án ngân hàng không sử dụng phương pháp phân tích tình huống đánh giá toàn diện rủi ro của dự án gặp phải.
Thứ ba, về kết quả thẩm định: Kết quả thẩm định của dự án mới chỉ dừng lại ở
việc nhận xét hiệu quả của dự án, của công cuộc đầu tư mà chưa đưa ra những giải pháp điều chỉnh làm cho dự án có hiệu quả hơn, hỗ trợ cho việc đầu tư thiết thực hơn. Ngoài ra công tác thẩm định dự án cũng cần đưa ra những dự báo về những khó khăn, biến động trong tương lai để chủ dự án có thể tính trước, có giải pháp ngăn chặn, khắc phục, tránh những tổn thất khi đi vào thực hiện.