Công cuộc truyền bá đạo Công giáo gắn liền với qúa trình thực dân là một thực tế ở các nước lân cận, với các trường hợp Ấn độ, Malacca, Macao... Đặc biệt, qua mối quan hệ với Bá Đa Lộc, hơn ai hết, Gia Long hiểu được tính chất phức tạp của Công giáo, và cấm đạo là một việc làm cấn thiết. Song, trong suốt 30 năm, Gia Long và tiếp đến là Minh Mệnh kiên trì với chính sách hai mặt đối với Công giáo. Một mặt vẫn cho Công giáo hoạt động bình thường, mặt khác sử dụng các biện pháp hạn chế đạo này phát triển.
Thực ra, ngay từ lúc chưa lên ngôi Gia Long đã tuyên bố không thể chấp nhận Công giáo vì đạo này phản đối tục thờ tổ tiên. Tục này đem lại cho nhà vua sức mạnh và sự ủng hộ của dân chúng, trong khi đó Công giáo bài bác nó. Bá Đa Lộc giải thích Thiên Chúa giáo coi việc lãng quên tổ tiên là một trọng tội. Đạo này chỉ muốn sự tưởng nhớ của con cháu đối với tổ tiên phải dựa trên sự thật để tránh sự nhầm lẫn và mê tín. Song, Gia Long lại coi đó như là một nghi lễ quan trọng để chứng thực sự tưởng nhớ mà con cháu cần phải giữ gìn về tổ tiên mình. "Khi tôi đến các buổi cúng lễ này... tôi biết những điều tôi làm chẳng có ích cho ai; nhưng tôi muốn thể hiện cho mọi người thấy rằng tôi không thể quên tổ tiên và đem lại cho thần dân của tôi một mẫu mực về lòng hiếu thảo''... [102, 9-10]
Như vậy, có quá nhiều lý do khiến cho Gia Long thấy cần phải thi hành chính sách cấm đạo. Nhẽ ra, sau khi lên ngôi, nắm quyền bính trong tay Gia Long có thể làm được điều này, song điều đó vẫn không xảy ra. Lý do là món nợ với người Thiên Chúa, cụ thể là sự giúp đỡ trước đây của Bá Đa Lộc và hàng ngũ giáo sĩ đã không cho phép Gia Long mạnh tay với Công giáo. Chính vì thế, Gia Long tỏ ra lạnh nhạt với hàng ngũ giáo sĩ và có biện pháp hạn chế Công giáo từ rất sớm.
Gia Long năm thứ 3, Điều lệ hương đảng Bắc Hà ngày 4-3-1804 xác định rõ thái độ và biện pháp của triều đình đối với Công giáo như sau:
"Còn về đạo Bồ Đào Nha là một đạo ngoại lai đã được truyền một cách trùng lén lên khắp trong nước và hiện nay vẫn còn, mặc dù chính phủ đã cố gắng huỷ bỏ cái đạo dị đoan này. Hoả ngục là một chỗ ghê gớm đạo này dùng để làm cho kẻ ngu xuẩn khiếp sợ. Thiên đàng mà đạo hứa sẽ ban cho những kẻ ngu lành là một thuật ngữ rất kêu để quyến rũ những đứa khờ khạo. Đạo này đã được dạy trong đám dân ngu. Một số khá lớn trong nước bị thâm nhiễm tà đạo và đã quen giữ lề luật một cách mù quáng, không suy nghĩ và không sao mở mắt cho họ được.
Dó đó từ nay trong các tổng, các làng có nhà thờ của người Thiên Chúa giáo, cấm sửa chữa hoặc xây dựng lại những ngôi nhà thờ đã bị hư nát, còn cất nhà thờ mới ở những nơi chưa có tuyệt nhiên cấm hẳn"[35, 188].
Đối với hàng ngũ giáo sĩ Pháp, Gia Long cho phép tự do đi lại truyền đạo. Tuy nhiên, điều họ mong muốn ở Gia Long là sự nâng đỡ, tại điều kiện cho đạo này pháp triển. Song chỉ dụ năm 1804 của Gia Long đã làm cho họ thất vọng.
Sau khi lên ngôi, Gia Long sớm có biện pháp hạn chế Công giáo. Trong suốt gần 20 năm ở ngôi, Gia Long chỉ có một đạo dụ duy nhất (1804) nhằm
ngăn chặn sự phát triển lan rộng của Công giáo. Tuy nhiên, đối với một người chịu ơn Công giáo như Gia Long thì đây là một cố gắng lớn lao. Dưới thời Gia Long, Công giáo được hưởng một môi trường chính trị khá thuận lợi, có những bước tiến triển mạnh, để lại một gánh nặng cho các vị vua kế vị.
Về việc Minh Mệnh lên nối ngôi Gia Long. Theo lễ giáo phong kiến, sau khi Gia Long mất, người cháu đích tôn là con của hoàng tử Cảnh sẽ lên nối ngôi. Hoàng tử Cảnh dù không còn sống nhưng là người thân với Công giáo và có nhiều mối quan hệ sâu nặng với người Pháp. Gia Long muốn đoạn tuyệt mối quan hệ này nên không lập con của hoàng tử Cảnh lên nối ngôi. Mặc khác, Minh Mệnh tuy là con thứ nhưng là người thông minh, tính tình cương nghị, học vấn uyên thâm, đặc biệt là có tư tưởng sùng Nho và chống Thiên Chúa. Việc Gia Long chọn Minh Mệnh lên nối ngôi cho thấy phần nào ý định kiềm chế Công giáo mà thời Gia Long chưa thể thực hiện.
Đúng như Gia Long mong đợi, Minh Mệnh là người sùng Nho và rất ác cảm với Công giáo. Khi chưa lên ngôi hoàng đế Minh Mệnh đã tuyên bố sau này sẽ học theo các hoàng đế Nhật Bản “Ta ghét đạo của người Âu Châu. Ta sẽ cấm và trừ cho triệt đạo ấy” [106, 27].
Lúc này, nguyện vọng của quan lại triều thần là thi hành chính sách cấm đạo, song Minh Mệnh vẫn giữ thái độ thận trọng, vì tại thời điểm ấy, chưa cho phép Minh Mệnh mạnh tay đối với Công giáo.
Vấn đề cấm đạo sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến mối quan hệ giữa triều đình với người Pháp, đặc biệt là phản ứng của lực lượng thân Công giáo. Mấy chục năm sát cánh cùng Nguyễn Ánh, Bá Đa Lộc đã kịp thời cải giáo cho hầu hết các tướng lĩnh và binh sĩ. Đến thời Minh Mệnh lực lượng thân Công giáo trong hàng ngũ quan lại và binh lính vẫn còn là một áp lực đối với triều đình. Nếu triều đình cấm đạo thì đây lẽ là một cản trở lớn. Có lẽ đã lường trước
được điều này nên trước lúc băng hà Gia Long không quên căn rặn Minh Mệnh không được cấm đạo vì sẽ gây ra bạo động.
Đúng như Gia Long dự đoán, dù chưa cấm đạo nhưng một số chỉ dụ nhằm khống chế Công giáo của Minh Mệnh năm 1825 đã vấp phải sự phản ứng gay gắt của lực lượng thân Công giáo. Trong đó phải kể đến võ tướng Lê Văn Duyệt, vốn là một công thần lập quốc từ thời Nguyễn Ánh. Tháng 7 năm 1827, Lê Văn Duyệt đích thân về Huế gặp vua để phản đối các chỉ dụ ngăn chặn Công giáo của Minh Mệnh: "Chừng nào thần còn sống, Hoàng thượng sẽ không được làm điều ấy. Khi thần chết rồi Hoàng thượng muốn làm gì thì làm". Vai trò ảnh hưởng của Lê Văn Duyệt trong giới triều thần và dân chúng khiến cho Minh Mệnh phải dè chừng, chưa dám ra tay cấm đạo Công giáo.
Đó chính là những lý do khiến Minh Mệnh tiếp tục chính sách mềm mỏng thời Gia Long. Song, Minh Mệnh tỏ ra khá khôn ngoan trong việc khống chế Công giáo, với hai biện pháp chủ yếu sau đây:
- Triệt để cấm các Tây dương đạo trưởng vào nước ta - Tập trung các đạo trưởng trong nước về một nơi
Biện pháp thứ nhất: Năm 1825, Minh Mệnh ra chỉ dụ khá gay gắt, nhằm ngăn cản sự nhập cảnh lén lút bằng đường biển của một số đạo trưởng:
Tà đạo của Tây Dương làm hại lòng người. Đã lâu nay, những chiếc tầu của Tây Dương qua đây buôn bán, thường để lại những đạo trưởng. Bọn này thường mê hoặc lòng người dân, phá hoại phong tục. Như thế chẳng phải cái hại lớn cho nước ta sao ? Vì thế ta nên ngăn cấm những sự lạm dụng này để đưa dân chúng trở lại con đường chính đạo.
Biện pháp thứ hai: cũng trong năm 1825, Minh Mệnh ra dụ triệu tập giáo sĩ trong cả nước về kinh đô, trên danh nghĩa là giúp triều đình trong công việc dịch thuật nhưng thực chất đây là một hình thức quản thúc hàng ngũ giáo
sĩ. Họ được hưởng chế độ lương bổng và tuỳ tùng... tương đương với chức quan Chính - Nhị phẩm, nhưng muốn đi đâu đều phải tâu trình với nhà vua và có lính gác đi theo.
Tuy nhiên, các biện pháp này cũng gặp một số trở ngại. Thứ nhất, đường biển là con đường duy nhất để các giáo sĩ vào được nước ta, nhưng với bờ biển dài hơn 2000km triều đình kiểm soát rất khó khăn, nhiều giáo sĩ vẫn lén lút vào được. Thứ hai, đối với Đàng Ngoài, do xa kinh đô Huế có nhiều giáo sĩ hoặc thoái thác, hoặc chốn tránh sự kiểm soát của triều đình. Cho đến tháng 6 năm 1827, mới có hai vị thừa sai là cha Tabert Từ và cha Gagelin Kính cùng một vị cha dòng Capulino là Odorico có mặt ở Huế [26].
Như vậy, cả Gia Long và Minh Mệnh đều nhận thức rõ việc cấm đạo là cần thiết, nhưng do hoàn cảnh thực tế không cho phép. Trong 30 năm đầu, triều Nguyễn luôn cố gắng duy trì chính sách mềm mỏng đối với Công giáo để tránh những bạo động về chính trị, tuy nhiên hiệu quả đạt được không cao. Số lượng giáo dân tiếp tục gia tăng, xung đột lương - giáo ngày càng trở nên gay gắt. Năm 1830, xung đột xảy ra giữa hai làng Cổ Lão và Sơn Dương ven kinh đô Huế có liên quan đến cố Jaccard Phan. Các quan lại không ít lần dâng sớ xin nhà vua ra tay cấm tà đạo, Minh Mệnh vẫn giữ thái độ thận trọng. Cho đến năm 1832 - 1833, nổ ra vụ nổi loạn của Lê Văn Khôi, trước những chứng cứ tìm được có liên quan đến Công giáo, Minh Mệnh mới chính thức xuống chiếu cấm đạo trong toàn quốc.