Sau khi mối quan hệ thương mại triều cống giữa Trung Quốc và Nhật Bản kết thúc, vùng duyên hải Đông Nam Trung Quốc gặp phải sự cướp phá nghiêm trọng của nạn cướp biển. Theo sử liệu Trung Quốc ghi lại, tai họa do nạn cướp biển gây ra trải rộng trong phạm vi mấy nghìn dặm, số tướng sĩ, dân thường bị giết lên đến mấy ngàn người, số thành trì bị bao vây lên đến mấy trăm [49, tr.10]. Đây chính là cái mà lịch sử gọi là “tai họa cướp biển thời Gia Tĩnh”. Để đối phó với nạn cướp biển triều Minh thi hành nghiêm ngặt chính sách “hải cấm” và điều động lực lượng quân sự tiến hành cuộc chiến tranh tiễu trừ cướp biển trên quy mô lớn ở vùng ven biển Đông Nam. Đến những năm cuối thời Gia Tĩnh (1522- 1566), sau khi cơ bản bình định được nạn cướp biển, triều Minh đã có những thay đổi trong chính sách “hải cấm” (cấm biển) khi phê chuẩn lời tấu của Tuần phủ Phúc Kiến là Từ Trạch Dân. Năm 1567, nhà Minh tiến hành nới lỏng một phần chính sách “hải cấm” ở Chương Châu (Phúc Kiến), cấp giấy phép cho tư nhân giong thuyền ra nước ngoài buôn bán. Tuy nhiên, trong thương mại với Nhật Bản, triều Minh vẫn thi hành chính sách cấm đoán nghiêm ngặt.
Thời kỳ này quan hệ thương mại giữa Trung Quốc và Nhật Bản thời gian này đã xuất hiện những thay đổi lớn. Khác với thời kỳ đầu có đông đảo thương nhân Nhật Bản đến vùng ven biển Trung Quốc buôn bán, thời kỳ này vai trò chủ đạo trong thương mại giữa hai nước là những thương nhân người Trung Quốc. Họ là những tập đoàn thương mại tư nhân lớn mạnh ở các tỉnh duyên hải như Chiết Giang, Phúc Kiến. Nguyên