Xu hướng hội nhập kinh tế quốc tế là tất yếu khách quan trong bối cảnh toàn cầu hóa như hiện nay. Xu hướng đó đã mở ra cho đất nước ta rất nhiều cơ hội để phát triển kinh tế. Bên cạnh những cơ hội thì cũng xuất hiện khá nhiều thách thức, đặc biệt là làm tăng sức cạnh tranh của hàng hóa dịch vụ nước ngoài trong thị trường trong nước. Do đó, trong giai đoạn hiện nay, một mặt Việt Nam phải tích cực cố gắng hội nhập kinh tế quốc
tế, mặt khác phải có những biện pháp để góp phần phát huy ngày càng cao hơn những mặt tích cực và hạn chế những mặt tiêu cực do tác động của tiến trình hội nhập này. Toàn cầu hóa sẽ tạo ra cuộc cạnh tranh quyết liệt về thuế giữa các quốc gia, làm cho chính sách thuế mang đậm tính thông lệ quốc tế, phụ thuộc vào nhau một cách mạnh mẽ[26].
Các cam kết trong hội nhập đều đi theo hướng là cắt giảm thuế quan từng bước và đến thời điểm cuối cùng là áp dụng mức thuế 0% trong khu vực cam kết. Điều này đồng nghĩa với việc chúng ta sẽ phải dần xóa bỏ hàng rào phi thuế quan, giảm mức bảo hộ về thuế (từng bước cắt giảm thuế theo đúng lộ trình) để tự do hóa thương mại dẫn đến tạo sự bình đẳng giữa Doanh nghiệp trong nước và Doanh nghiệp nước ngoài.
Trong khi đó, hiện nay các Doanh nghiệp Việt Nam vẫn còn quá non trẻ so với các Doanh nghiệp nước ngoài. Bên cạnh đó, trong cơ cấu thu Ngân sách của nước ta tỷ trọng thuế nhập khẩu còn khá lớn, việc cắt giảm thuế quan và tiến tới thời điểm áp dụng mức thuế suất 0% sẽ tác động rất lớn đến nguồn thu cho ngân sách.
Hội nhập kinh tế cũng đồng nghĩa với việc mở cửa thị trường để hàng hóa dịch vụ và đầu tư nước ngoài dễ dàng tham nhập vào thị trường nội địa. Sự gia tăng mạnh mẽ của các chủ thể kinh doanh xuất nhập khẩu, sự gian lận thuế ngày càng tinh vi, những dự báo về sự sụt giảm số thu thuế…đã làm tăng hoạt động quản lý của Hải quan và tính phức tạp của nó. Khó khăn lớn làm sao đáp ứng được yêu cầu của hệ thống thuế phù hợp với các quy định của WTO và các tổ chức thương mại khác mà Việt Nam đã tham gia ký kết nhưng vẫn đảm bảo được sự ổn định về kinh tế đất nước, góp phần thúc đẩy sự chuyển dịch cơ cấu kinh tế, nâng cao hiệu quả và sức cạnh tranh của nền kinh tế[31].
Với những lý do trên, việc tăng cường công tác quản lý thuế nhập khẩu có ý nghĩa hết sức quan trọng với mục tiêu vừa đảm bảo thuế nhập khẩu là công cụ chủ yếu để điều tiết và quản lý vĩ mô của đất nước, nâng cao khả năng cạnh tranh của nền kinh tế, huy động đầy đủ cho NSNN vừa đáp ứng được những đòi hỏi bắt buộc của quá trình hội nhập quốc tế.