Theo Quyết định số 1706/2001/ QĐ - BVHTTngày 24/7/2001của Bộ trưởng Bộ Văn hóa – Thông tin phê duyệt quy hoạch Tổng thể Bảo tồn và phát huy giá trị di tích lịch sử - văn hóa và danh lam thắng cảnh đến năm 2020, khu di tích lịch sử và danh thắng Côn Sơn, Kiếp Bạc, đền thờ Chu Văn An, Văn Miếu Mao Điền sẽ được quy hoạch định hướng từng bước phát triển để trở thành khu du lịch cấp Quốc gia. Đề ra mục tiêu bảo tồn, nghiên cứu làm phong phú thêm các giá trị văn hóa của quần thể di tích,
giáo dục truyền thống yêu nước, lòng tự hào dân tộc, đạo lý uống nước nhớ nguồn cho các thế hệ người Việt Nam. Trong đó cần thực hiện các nhiệm vụ sau:
+ Tiếp tục triển khai nghiên cứu, sưu tầm tài liệu, khai quật khảo cổ để xác định, bổ sung các căn cứ khoa học phục vụ cho quy hoạch chi tiết và các dự án thành phần; đồng thời làm sáng tỏ hơn việc xếp hạng, khoanh vùng bảo vệ các di tích, đánh giá đúng giá trị của di tích và các công trình khác có liên quan.
+ Trên cơ sở quy hoạch tổng thể được phê duyệt, triển khai lập và phê duyệt các quy hoạch chi tiết, các dự án thành phần theo từng giai đoạn thực hiện. Trước mắt đầu tư, xây dựng dự án cơ sở hạ tầng và một số công trình tôn tạo di tích trọng tâm trình Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định.
+ Phối hợp với các Bộ, ngành xác định nguồn vốn hợp lý, trong đó ngân sách nhà nước chủ yếu tập trung đầu tư cho các dự án bảo tồn di tích, dự án xây dựng hạ tầng kĩ thuật thiết yếu tại vùng bảo tồn đặc biệt, vùng đệm và các di tích có liên quan trực tiếp đến khu Côn Sơn - Kiếp Bạc - Phượng Hoàng. Xây dựng phương án khai thác các hoạt động du lịch; huy động các nguồn lực trong và ngoài nước và sự đóng góp của nhân dân trong việc triển khai đầu tư thực hiện quy hoạch, bảo tồn và phát huy giá trị khu di tích.
+ Ban hành Quy chế quản lý hệ thống di tích, đất đai, cảnh quan, môi trường, quản lý các hoạt động đầu tư xây dựng, các hoạt động kinh tế - văn hoá - xã hội trên toàn địa bàn khu di tích và trong từng vùng cụ thể. Ngăn chặn, xử lý kịp thời các hoạt động vi phạm tới các di tích đã được xếp hạng và cảnh quan thiên nhiên thuộc vùng bảo tồn.