Để thực hiện tốt chức năng và nhiệm vụ của mỡnh, căn cứ Quyết định số 140/QĐ-BHXH-TCCB ngày 03/10/1995 của Tổng giỏm đốc BHXH Việt Nam về quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của BHXH địa phương và căn cứ vào đặc điểm tỡnh hỡnh của đơn vị, BHXH Thành phố Vinh được tổ chức thành 3 bộ phận là bộ phận kế hoạch tài chớnh; bộ phận quản lý thu và bộ phận chế độ chớnh sỏch. Khi mới thành lập, toàn đơn vị chỉ cú 10 cỏn bộ từ Phũng LĐTB - XH chuyển sang và đa số cú trỡnh độ trung cấp. Nhưng đến năm 1998 số lượng cỏn bộ đó tăng lờn 16 người và năm 2002 là 26 người.
Khi BHYT được sỏt nhập vào BHXH Việt Nam, BHXH Thành phố Vinh cũng như cỏc cơ quan BHXH khỏc trong cả nước tiếp nhận thờm nhiệm vụ mới là thực hiện chớnh sỏch BHYT. Và để tạo điều kiện cho đơn vị chủ động về hoạt động, tăng hiệu quả, chất lượng cụng tỏc nhằm hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao trong tỡnh hỡnh mới, căn cứ vào Quyết định số 1620/2002/QĐ-BHXH-TCCB ngày 17/12/2002 của Tổng giỏm đốc BHXH Việt Nam về chức năng, nhiệm vụ, quyền
hạn và cơ cấu tổ chức của BHXH địa phương, cơ cấu bộ mỏy tổ chức của BHXH Thành phố Vinh đó được thay đổi theo hướng ngày càng phự hợp, hiệu quả và hoàn thiện hơn, bao gồm 6 bộ phận chuyờn mụn là:
1. Bộ phận kế hoạch tài chớnh 2. Bộ phận quản lý thu BHXH 3. Bộ phận chế độ chớnh sỏch 4. Bộ phận giỏm định chi
5. Bộ phận bảo hiểm y tế tự nguyện 6. Bộ phận quản lý hồ sơ
Kể từ năm 2003, BHXH Thành phố Vinh tiếp nhận nhiệm vụ thực hiện chớnh sỏch BHYT trờn địa bàn thành phố và số cỏn bộ của BHYT Thành phố Vinh chuyển sang. Nhận thức được tầm quan trọng của cụng tỏc cỏn bộ đối với việc thực hiện nhiệm vụ chuyờn mụn, trong những năm qua BHXH Thành phố đó khụng ngừng bồi dưỡng, nõng cao trỡnh độ chớnh trị và nghiệp vụ chuyờn sõu cho cỏn bộ cụng nhõn viờn chức trong cơ quan. Tớnh đến năm 2007, số cỏn bộ cụng nhõn viờn chức đang cụng tỏc tại đơn vị là 37 người. Trong đú cú 19 cỏn bộ là đại học, cao gấp 1.5 lần so với năm 2006.