Nguyên nhân thì có nhiều, Tổ nghiên cứu đề tài đ−a ra các nguyên nhân nh− sau:
- Nhóm nguyên nhân do quản lý Nhà n−ớc
+ Đầu t− XDCB thiếu quy hoạch mang tính chiến l−ợc tổng thể kinh tế – xã hội ở tất cả các cấp, các ngành các lĩnh vực do thiếu tính dự báo, không có mũi nhọn, không có trọng điểm hoặc các yếu tố có nh−ng chệch h−ớng, không đầy đủ các điều kiện cần thiết
+ Các văn bản quy phạm pháp luật thiếu chặt chẽ tạo ra nhiều sơ hở, tạo cơ chế xin – cho, trách nhiệm không dõ dàng thuộc về đơn vị cá nhân nào, tạo “quyền lợi lớn” nh−ng “trách nhiệm lại bé” khi thực hiện công việc, đùn đẩy trách nhiệm khi công việc không có lợi… vì vậy việc “chi hoa hồng”, việc “làm ngơ, bỏ qua”, việc “vòi vĩnh” có cơ hội “làm ăn”
+ Xây dựng chiến l−ợc đầu t−, kế hoạch đầu t− còn thiếu khoa học và nhất quán
Đây là khâu quyết định hiệu quả đầu t−, đ−ợc xây dựng và quy định trên cơ sở chiến l−ợc phát triển kinh tế – xã hội của đất n−ớc, nó phải thể hiện tính khoa học và nhất quán tuỳ theo đặc điểm, điều kiện mỗi n−ớc, mỗi địa ph−ơng, mỗi ngành và lĩnh vực trong những thời gian nhất định. Nếu coi nhẹ sự phôi thai này tất yếu sẽ phát sinh tham nhũng và lãng phí và sản phẩm thể hiện sự manh mún kém hiệu quả.
+Công tác quản lý đầu t− XDCB trong khâu quyết định đầu t−, phê duyệt dự án, thiết kế kỹ thuật ch−a đảm bảo đúng trình tự, ch−a đủ các điều kiện cần thiết nh− thời gian lập dự án, nguồn vốn đảm bảo cho dự án, các yếu tố và dữ liệu trung thực và khách quan. Nên sự phát sinh thiếu đồng bộ xẩy ra, để sử lý phải có cơ quan, đơn vị, cá nhân giải quyết thế là phát sinh cơ chế xin - cho
+ Về chủ tr−ơng đầu t− và bố trí kế hoạch vốn
Chủ tr−ơng đầu t− phải xuất phát từ các căn cứ có tính toán các yếu tố nh−, nhu cầu – khả năng, sản xuất – thị tr−ờng, trong n−ớc – n−ớc ngoài… Trên cơ sở các thông tin tin cậy và phù hợp với định h−ớng chiến l−ợc phát triển. Chủ tr−ơng phải kèm theo sự h−ớng dẫn, trợ giúp và kiểm tra của Nhà n−ớc. Sai lệch về chủ tr−ơng đầu t− dẫn đến sự lãng phí do không khai thác hết hiệu quả đầu t−, phá sản các đơn vị kinh tế, tham nhũng trong đầu t−… Về bố trí kế hoạch vốn thiếu tập trung, để dàn trải có tính chất chia đều, đ−ơng nhiên hiệu quả đầu t− kém, có cơ hội cho tham nhũng qua việc”xin – cho”, qua việc kéo dài thời gian để “quên đi”.
+ Ch−a chú trọng đến việc kiểm tra chất l−ợng khảo sát thiết kế, giám sát thi công, ch−a có cơ quan kiểm định chất l−ợng công trình từ TW đến địa ph−ơng để kiểm định mọi nơi, mọi lúc, trong tất cả các khâu trong quá trình thi công xây lắp, mua sắm thiết bị. Mà lại thiết lập một cơ chế “ cha chung” là hội đồng thẩm định
+ Phân cấp quản lý đầu t− XDCB chồng chéo, có nhiều cơ quan, đơn vị tham gia, từ việc thẩm định đến việc giám sát thi công, hoặc có nhiều cơ quan làm chủ dự án (khi có công trình thuộc ngành kỹ thuật của mình tham gia dự án) dẫn đến sự chồng chéo, bỏ sót, thiếu đồng bộ tạo điều kiện cho sự tham nhũng, lãng phí hay có nhiều đơn vị, nhiều khâu trong quá trình đầu t− XDCB có chung một đơn vị chủ quản nên việc kiểm tra còn có hạn chế về nội dung cũng nh− chất l−ợng kiểm tra.
Th−ờng các đơn vị này là các doanh nghiệp làm công tác t− vấn và thi công nên việc tính toán làm sao có lợi nhuận là mục tiêu hàng đầu, mà trách nhiệm còn có các cơ quan, đơn vị khác cũng phái chịu trách nhiệm, trách nhiệm đó cũng không quy định cụ thể nên có thể lách đ−ợc, nếu cần thiết có thể sử dụng ph−ơng châm “bỏ con cá sắt bắt con cá vàng”, vì vậy việc bớt xén quy trình kỹ thuật, tự thay đổi chủng loại vật t− có giá trị thấp, bớt khối l−ợng, … của các đơn vị vì lợi nhuận.
- Nhóm nguyên nhân chủ đầu t− - chủ dự án
Hiện nay tổ chức này đại diện cho nhà n−ớc để quản lý trực tiếp, có vai trò và quyền hạn rất lớn. Nh−ng việc quy định trách nhiệm cụ thể thì chỉ nói chung chung, nếu có sự cố xảy ra hoặc có thanh tra, kiểm tra thì các B phải chịu vì trong các văn bản quy phạm pháp luật đều quy định trách nhiệm của các đơn vị đó, thật là quyền rất to trách nhiệm lại nhỏ; tham nhũng, lãng phí là của nhà n−ớc chứ không phải của riêng mình
- Nhóm nguyên nhân do năng lực và phẩm chất cán bộ
Trong quá trình chuyển đổi cơ chế, nhiều cán bộ ch−a theo kịp về trình độ chuyên môn, ch−a thay đổi nếp quản lý, cách làm, còn cửa quyền, thu vén trong lúc các văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh trong đầu t− XDCB lại quá phức tạp, thiếu tập trung, phân tán theo h−ớng có lợi cho mình nên việc xác định trách nhiệm rất khó khăn. Mặt khác việc đào tạo, bồi d−ỡng cán bộ cập nhật cơ chế thị tr−ờng ch−a đ−ợc chú trọng ít đ−ợc nghiên cứu, mức h−ởng nguồn thu nhập chính lại không đảm bảo cuộc sống, chế độ vật chất cho ng−ời quản lý và tham gia vào dự án ch−a thoả đáng với trách nhiệm, nên việc lợi dụng sơ hở khó tránh khỏi trong cơ quan nhà n−ớc.
Hệ thống tổ chức t− vấn năng lực còn hạn chế, ch−a có (th−ơng hiệu) đích thực, lòng tự trọng về nghề nghiệp ch−a cao, nặng về kinh doanh, dễ bị lợi dụng, thông đồng để có thu nhập bất chính
Một bộ phận cán bộ , công chức sa sút phẩm chất hoặc phẩm chất không tốt cũng đ−ợc tuyển dụng đã tìm mọi cách, tạo mọi lợi thế để bòn rút tiền của nhà n−ớc.