Kiểm toán Nhà n−ớc dù đ−ợc tổ chức theo hình thức nào, có vị trí nh− thế nào trong hệ thống các cơ quan quyền lực nhà n−ớc thì tính độc lập của nó phải đ−ợc xem nh− là một nguyên tắc cơ bản, đ−ợc thừa nhận chung, cần đạt đ−ợc trong việc thiết lập nó. Nhiều chuyên gia cho rằng nếu thiếu tính độc lập thì hoạt động kiểm toán sẽ trở thành một hoạt động hối lộ, hoặc nó sẽ không còn phục vụ công chúng và sẽ không còn là một nghề nữa. Nói nh− vậy không có nghĩa là các công cụ kiểm tra kiểm soát khác không có đ−ợc tính độc lập
cần thiết, mà ở đây chỉ muốn nhấn mạnh đến những khía cạnh riêng mang tính chất đặc thù và đ−ợc đảm bảo thông qua các thể chế KTNN ở từng quốc gia và đ−ợc khái quát, biểu hiện trong các vấn đề cụ thể sau đây:
Thứ nhất:Độc lập với cơ quan bị kiểm tra, nghĩa là cơ quan KTNN có chức năng kiểm tra tài chính công, phải đứng ở bên ngoài hệ thống tài chính (nó không giống nh− cơ quan thanh tra tài chính của Bộ Tài chính). Nó cũng không nằm trong cơ cấu các cơ quan hành chính Nhà n−ớc có chức năng quản lý và sử dụng tài chính công ở trung −ơng cũng nh− địa ph−ơng. Vị trí của nó có thể đ−ợc độc lập nh− cơ quan t− pháp.
Thứ hai, độc lập về mặt chuyên môn, nghiệp vụ: cơ quan KTNN trong khi thực hiện nhiệm vụ chỉ tuân thủ pháp luật và ph−ơng pháp chuyên môn nghiệp vụ do Nhà n−ớc quy định, đ−ợc bảo vệ tr−ớc những ảnh h−ởng tác động từ bên ngoài, không một tổ chức hoặc cá nhân nào đ−ợc can thiệp trái pháp luật vào hoạt động kiểm toán; đ−ợc lập ch−ơng trình, kế hoạch, xác định mục tiêu, lựa chọn đối t−ợng kiểm toán, và khi hoàn thành công việc thì đ−ợc độc lập đ−a ra ý kiến nhận xét, đánh giá về các thông tin tài chính và có quyền báo cáo trực tiếp cho Quốc hội và Chính phủ. Tính độc lập cũng cần thiết đối với từng kiểm toán viên, có nghĩa là kiểm toán viên cần tin t−ởng tuyệt đối vào kiến thức chuyên môn của mình, cần phải có suy nghĩ độc lập và hoàn toàn vững tâm tin t−ởng rằng mình đang v−ợt lên trên mọi mâu thuẫn, đ−ợc tự do để đ−a những phán quyết kết luận, và sau đó đ−ợc trình bày trong báo cáo kiểm toán mà không lệ thuộc vào bất cứ sức ép nào từ bên ngoài, đồng thời cũng không thực hiện kiểm toán ở những đơn vị mà mình có quan hệ kinh tế và tình cảm ruột thịt.
Thứ ba: Độc lập về mặt tài chính, nghĩa là cơ quan KTNN đ−ợc cấp kinh phí hoạt động từ ngân sách Nhà n−ớc và đ−ợc đảm bảo đầy đủ, phù hợp với trách nhiệm đ−ợc giao và đ−ợc h−ởng một quy chế phê chuẩn đặc biệt do Quốc hội phê duyệt theo đề nghị của một cơ quan chuyên môn nh− Uỷ ban Ngân sách của Quốc hội.
Thứ t−: Độc lập về nhân sự, việc bổ nhiệm, miễn nhiệm các chức vụ lãnh đạo của cơ quan KTNN đ−ợc thực hiện theo một cơ chế riêng, th−ờng theo thể thức hiệp th−ơng giữa 2 cơ quan lập pháp và hành pháp, nhằm đảm bảo cho các quan chức KTNN có một sự độc lập cần thiết trong hoạt động.
Mặc dù KTNN không phải là một cơ quan điều tra hình sự, nh−ng do có đ−ợc những điều kiện trên, mà trong mỗi một cuộc kiểm toán, KTNN đã có đ−ợc vị trí, vai trò cung cấp các thông tin đảm bảo khách quan, tin cậy cho cơ quan quản lý nhà n−ớc và quần chúng nhân dân. Tính độc lập của KTNN không phải là mục đích mà là ph−ơng tiện cần thiết để thực hiện chức năng chính của mình trong việc ngăn chặn sự lãng phí, lạm dụng công quỹ, cũng nh− chuyên quyền, độc đoán trong việc thực thi pháp luật và các thủ tục hành chính, nhằm ngăn ngừa các hành vi vi phạm pháp luật, tham nhũng gây tổn thất công quỹ. Đồng thời cũng nhờ có sự đảm bảo độc lập mà KTNN mới đ−a các yêu cầu bắt buộc các cơ quan, tổ chức đ−ợc kiểm toán phải sửa chữa, khắc phục các sai phạm, yếu kém trong quản lý tài chính, ngân sách, hoặc đ−a ra các kiến nghị tới các cơ quan có chức năng có thẩm quyền sử lý các hành vi tham nhũng lãng phí, gây hậu quả nghiêm trọng.
Hiện nay, tính độc lập của các cơ quan KTNN vẫn còn tồn tại ở nhiều mức độ khác nhau, do thể chế KTNN ở mỗi quốc gia quy định. Nh−ng thực tế đã chứng minh rằng tính độc lập ở mỗi cơ quan KTNN càng đầy đủ, càng cao thì hoạt động kiểm toán cũng nh− vai trò KTNN trong việc ngăn ngừa, phát hiện và đấu tranh chống tham nhũng, lãng phí càng có hiệu lực, hiệu quả hơn.