Giai đoạn 2004 - 2007:
Công tác lập dự toán chi NSNN thường xuyên trong các đơn vị thụ hưởng NSNN tại tỉnh Hà Tĩnh được thực hiện theo Luật ngân sách năm 2002, Nghị định 60 của Chính phủ ngày 06/6/2003, Thông tư số 59 ngày 23/6/2003 hướng dẫn thực
hiện Nghị định 60 quy định đối với các khoản chi thường xuyên việc lập dự toán phải tiến hành theo một quy trình từ cơ sở, trên cơ sở dự kiến chi theo mục lục ngân sách.
Trong giai đoạn này các Quyết định số 192/2001/QĐ-TTg ngày 17 tháng 12 năm 2001 của Thủ tướng Chính phủ về mở rộng thí điểm khoán biên chế và kinh phí quản lý hành chính và Nghị định số 10/2002/NĐ-CP ngày 16 tháng 01 năm 2002 của Chính phủ về chế độ tài chính áp dụng cho đơn vị sự nghiệp có thu đã được ban hành, tuy nhiên Hà Tĩnh hầu như áp dụng được chưa nhiều hoặc chưa triệt để.
Phương thức quản lý chi ngân sách tại Hà Tĩnh trong thời gian này chủ yếu là quản lý theo yếu tố đầu vào, lập dự toán chi thường xuyên được tiến hành trong thời gian cố định mỗi năm một lần. Hàng năm, căn cứ vào nguồn ngân sách dự báo tăng trưởng một tỷ lệ nhất định cộng với tỷ lệ trượt giá, cơ quan dự thảo ngân sách thông báo số kiểm tra chi trên cơ sở nguồn thu có được, thông thường cũng tăng một tỷ lệ nhất định, cộng với tăng chi do bổ sung ngân sách. Số phân bổ được thông báo xuống cơ quan thụ hưởng ngân sách địa phương và các đơn vị sử dụng ngân sách từ bộ ngành tới các đơn vị cơ sở. Căn cứ vào số được phân bổ và nhu cầu thực tế, các đơn vị tiến hành lập ngân sách.
Toàn bộ quy trình này, không yêu cầu thể hiện kế hoạch công việc, các bản giải trình về kết quả công việc, không phản ánh được với lượng chi phí như vậy thì kết quả đạt được như thế nào, không biết cơ quan nào hoàn thành nhiệm vụ ở mức độ nào, có tương xứng với mức chi phí bỏ ra hay không.
Giai đoạn 2008 - 2012:
Được đánh dấu mốc bởi các quy định về quản lý tài chính ở các cơ quan thụ hưởng ngân sách, đó là: Nghị định 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ quy định về chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước và Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 Quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập. Các quy định này có hiệu lực từ năm 2006 và áp dụng phổ biến tại Hà Tĩnh từ năm 2008.
Các Nghị định trên mở đường cho việc áp dụng quản lý NSNN theo kết quả đầu ra. Tuy nhiên, trên thực tế ở Hà Tĩnh, phương thức quản lý chi NSNN theo kết quả đầu ra được áp dụng chưa phổ biến, vì đây là phương thức quản lý gắn liền với nền kinh tế thị trường, mới mẻ ngay cả với các nước phát triển và chỉ có thể áp dụng ở các nước, địa phương có trình độ quản lý cao, thông tin đầy đủ, minh bạch, cơ sở hạ tầng tin học, cùng với các phương tiện hỗ trợ kỹ thuật và hệ thống chính sách đồng bộ. Các yếu tố đó là cơ sở để xác định kết quả đầu ra cụ thể, có đo lường về số lượng, thời gian, chi phí... Điều đó cho phép đánh giá hiệu quả sử dụng ngân sách, lựa chọn phương án tối ưu, coi lĩnh vực cung cấp hàng hóa, dịch vụ công bình đẳng như đối với hàng hóa tư nhân. Có thể nói đây là yêu cầu và xu hướng tất yếu cần hướng tới của đất nước có nền kinh tế thị trường.
Hiện nay Hà Tĩnh còn thiếu những điều kiện để có thể áp dụng phương thức mới đó. Bởi, muốn thực hiện quản lý dịch vụ công theo kết quả đầu ra, cần phải có thời gian để chuẩn bị những yếu tố cần thiết, và nhất là phải có những giải pháp thích hợp chuyển dần từng bước.
Thực trạng này đã và đang được khắc phục dần bằng cách khoán biên chế hành chính và giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cho thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách tại Nghị định số 130 và Nghị định số 43 của Chính phủ ban hành năm 2005 và 2006. Ở Hà Tĩnh việc thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước (Nghị định số 130) và quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập (Nghị định 43) ở các đơn vị cấp tỉnh về cơ bản là tốt (cấp ngân sách xã chưa thực hiện được). Các đơn vị được tự chủ biên chế và khoán chi. Thông qua việc giao dự toán đầu năm, UBND tỉnh giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cho các cơ quan quản lý hành chính trực thuộc và các đơn vị sự nghiệp.
Một phương thức quản lý chi ngân sách mới thường được quan tâm mà một số quốc gia trên thế giới áp dụng đó là Quản lý chi ngân sách theo khuôn khổ chi tiêu trung hạn. Phương thức này có thể nói là có nhiều ưu điểm. Nó được coi như
một kế hoạch trượt, kế hoạch cuốn chiếu trong nhiều năm (từ 3 đến 5 năm), sau mỗi năm căn cứ vào dự báo vĩ mô thay đổi thì lại điều chỉnh kế hoạch những năm tiếp theo và tính thêm một năm nữa, vì vậy lúc nào cũng tồn tại kế hoạch trung hạn và luôn được cập nhật cho phù hợp với thực tiễn.
Hiện nay phương thức quản lý chi tiêu theo khuôn khổ trung hạn chưa được áp dụng ở Hà Tĩnh, bởi yếu tố cơ bản là công cụ dự báo vĩ mô, yếu tố quan trọng nhất quyết định việc thực hiện theo phương thức quản lý này thì Hà Tĩnh chưa xây dựng được. Hà Tĩnh hiện cũng đang xây dựng kế hoạch chi ngân sách cho giai đoạn 2013 - 2015, tuy nhiên Hà Tĩnh gọi là thời kỳ ổn định ngân sách, nó là bản kế hoạch chi tiêu ngân sách, có thể được điều chỉnh và bổ sung hàng năm không chứ không phải kế hoạch chi tiêu trung hạn. Bởi xây dựng kế hoạch trung hạn thời gian tương đối dài với dự kiến mang nhiều yếu tố chủ quan như vậy không mang tính khả thi và thường không đạt được kết quả như dự tính ban đầu hay những biến động ảnh hưởng đến mục tiêu hầu như không được quan tâm cập nhật nhằm điều chỉnh cho phù hợp trên địa bàn tỉnh Hà Tĩnh.