Đặc điểm hoạt động của ngành là một trong những yếu tố có ảnh hƣởng lớn đến công tác quản lý tài chính của các đơn vị đặc biệt là các ĐVSN công lập. Do đặc điểm hoạt động của các đơn vị khác nhau dẫn đến mô hình quản lý tài chính của các đơn vị sẽ thay đổi cho phù hợp với đặc điểm hoạt động của từng đơn vị.
Trong hệ thống tài chính các ĐVSN công lập của nƣớc ta hiện nay có một số ngành đang thực hiện quản lý tài chính theo ngành: Văn hóa – thông tin, giáo dục – đào tạo, y tế, giao thông vận tải v.v…. Tuy nhiên do đặc điểm hoạt động của các ngành khác nhau mà các mô hình quản lý tài chính của các ngành cũng khác nhau. Đối với các đơn vị y tế, giáo dục – đào tạo… do tính chất hoạt động của các đơn vị Trung ƣơng và địa phƣơng là tổ chức theo từng cấp, mang tính chất quản lý nghiệp vụ theo từng khu vực, việc quản lý của các cơ quan cấp trên với các cơ quan cấp dƣới là quản lý nghiệp vụ nên mô hình quản lý tài chính của các đơn vị này thƣờng đƣợc tổ chức nhƣ sau: (SƠ ĐỒ 1.1).
Ngoài ra, do đặc điểm của từng ngành khác nhau dẫn đến tính chất và nội dung các khoản thu – chi của các đơn vị cũng khác nhau, mang tính đặc thù của ngành. Điều này đòi hỏi trên cơ sở các nguyên tắc quản lý chung, từng ngành, từng đơn vị phải có các biện pháp quản lý cụ thể cho phù hợp với đặc điểm hoạt động của ngành, của đơn vị mình.