Bên cạnh những kết quả đạt được, môi trường đầu tư nước ngoài tại Hà Nội vẫn còn một số hạn chế, đó là:
Thứ nhất, mặc dù chính quyền đã quyết tâm cải cách thủ tục hành chính nhưng các cán bộ công chức vẫn gây khó dễ cho doanh nghiệp, khiến các doanh nghiệp vẫn mất nhiều thời gian và chí phí không đáng có.
Thứ hai, việc công khai thông tin thủ tục hành chính và các văn bản quy phạm pháp luật của các cấp trên Cổng giao tiếp điện tử Hà Nội còn yếu. Việc ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý hành chính nhà nước về cơ bản còn nhiều yếu kém. Đến nay, Trung tâm xúc tiến đầu tư của Hà Nội, nơi với nhiệm vụ quảng bá, công khai các dự án kêu gọi đầu tư, hướng dẫn và định hướng cho các nhà đầu tư nhưng chưa có trang Web; các thông tin in ấn phẩm thì sơ sài và không làm rõ được lợi thế của Hà Nội.
Thứ ba, Khu Công nghiệp và Chế xuất Hà Nội đã hết quỹ đất sạch nhưng hệ thống xử lý nước thải đang nằm trong giai đoạn xây dựng; dự án nhà ở cho công nhân triển khai chậm; các nhà đầu tư rất khó khăn trong việc tiếp cận
thông tin về các ngành được ưu đãi, giá thuê đất…của các khu công nghiệp. Đến giữa năm 2010, trang web khu công nghiệp và chế xuất Hà Nội mới được triển khai nhưng thiếu các thông tin mà nhà đầu tư quan tâm. Các khu công nghiệp đã quy hoạch triển khai chậm vì vướng mắc vào giải phóng mặt bằng. Các cụm công nghiệp được quản lý với nhiều cơ quan ban ngành dẫn đến nhiều khó khăn cho doanh nghiệp.
Thứ tư, mặc dù có nhiều lợi thế để phát triển ngành công nghiệp hỗ trợ, nhưng chính sách ưu đãi của thành phố chưa đủ mạnh để thúc đẩy sự phát triển của ngành công nghiệp hỗ trợ.
Thứ năm nguồn nhân lực dồi dào nhưng tỷ lệ chưa qua đào tạo cao, kỹ năng tay nghề hạn chế, tác phong công nghiệp chưa cao là một hạn chế của môi trường đầu tư Hà Nội.