Tuy cơ chế mới làm cho thủ tục xuất nhập khẩu đã thuận tiện và đơn giản hơn nhưng thủ tục xuất nhập khẩu của Việt Nam cũng còn nhiều vướng mắc gây rất nhiều khó khăn cho các công ty xuất nhập khẩu và khách hàng nước ngoài cũng còn e ngại khi quan hệ buôn bán đối với Việt Nam.
Vấn đề lớn mà Nhà nước cần sớm khắc phục và chấn chỉnh là cải tiến các thủ tục hành chính liên quan đến các hoạt động xuất nhập khẩu theo hướng tiếp tục đơn giản hoá các thủ tục xuất nhập khẩu: rà soát có hệ thống tất cả các loại giấy phép, các qui định liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu. Dựa trên cơ sở đó bãi bỏ những loại giấy phép, qui định không cần thiết đối với hoạt động xuất nhập khẩu. Tiếp tục cải cách thủ tục hành chính nhằm bảo đảm tính pháp lý, hiệu quả, minh bạch, công bằng trong khi giải quyết công việc hành chính; loại bỏ những rườm rà, chồng chéo dễ bị lợi dụng để tham nhũng, gây khó khăn cho dân. Cơ chế
“một cửa”, “ một cửa liên thông ” là giải pháp một đổi mới về phương thức làm việc của cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương các cấp, nhằm tạo chuyển biến cơ bản trong quan hệ giữa cơ quan hành chính nhà nước với các doanh nghiệp xuất nhập khẩu khi làm thủ tục. Đầu tư cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ cho hoạt động của bộ phận "một cửa" của cơ quan hành chính các cấp tại một số địa phương chưa được quan tâm hỗ trợ đầy đủ. Công khai thủ tục hành chính tại bộ phận "một cửa" ở một số địa phương cung cấp đầy đủ thông tin, cập nhật kịp thời các quy định mới, nâng cao ý thức trách nhiệm thực hiện nhiệm vụ, công vụ, thái độ phục vụ của đa số cán bộ, công chức.
Đặc biệt là thủ tục Hải quan thông thoáng, giải quyết nhanh, chính xác nhất cho các doanh nghiệp xuất khẩu, tạo điều kiện thuận lợi khi họ nhập khẩu nguyên vật liệu và xuất khẩu hàng hóa đi đến các nước trên thế giới. Nhiệm vụ đặt ra trước mắt là phải triển khai thành công, vận hành và làm chủ Hệ thống thông quan hàng hóa tự động – VNACCS do Nhật Bản tài trợ. Cần phải thống nhất nhận thức, coi việc thực hiện dự án là nhiệm vụ chính trị quan trọng của ngành Tài chính và Hải quan, đồng thời nâng cao vai trò lãnh đạo của thủ trưởng đơn vị; Sửa đổi các văn bản quy phạm pháp luật để tạo hành lang pháp lý phù hợp; Nghiên cứu và đề xuất phương án nhân sự và tổ chức phù hợp với thực hiện dự án; Xem xét chế độ đãi ngộ cho các cán bộ làm công tác hiện đại hóa, có cơ chế quy hoạch, bổ nhiệm để khuyến khích cán bộ; Tổ chức các chương trình truyền thông để nâng cao nhận thức của cán bộ trong ngành và ngoài ngành hiểu rõ; Thứ sáu là chuẩn bị tốt vấn đề “ hậu dự án ”, huy động nhân lực và vật lực sẵn sàng để duy trì và khai thác tối đa hiệu quả hoạt động sau khi dự án đi vào vận hành, đảm bảo đạt được các mục tiêu về cải cách hiện đại hóa ngành Hải quan theo Chiến lược đã được Chính phủ phê duyệt.
Định hướng phát triển giai đoạn 2012-2015:
E-Declaration: Thực hiện thủ tục hải quan điện tử với 95% lượng giao dịch; E-Manifest: Tiếp nhận manifest điện tử và thông quan trước khi hàng đến;
E-Payment: Thanh toán điện tử, giảm tối đa thu thuế và các khoản thu khác bằng tiền mặt;
E-C/O, E-License: Cấp, kiểm tra giấy phép, giấy chứng nhận xuất xứ điện tử; E-Office: Quản lý văn bản và điều hành qua mạng.
Đến giai đoạn 2016-2020 thực hiện U-Customs, nghĩa là thực hiện thủ tục hải quan mọi lúc, mọi nơi thông qua mọi phương tiện.