Tính đồng bộ của sự phát triển và yêu cầu quản trị theo hệ thống chưa thật sự song hành nên Ngân hàng chưa đạt được hiệu quả cao nhất như mong muốn trong hoạt động kinh doanh trong bối cảnh ngành ngân hàng có sự phát triển nhanh chóng trong thời gian gần đây.
Hệ thống công nghệ thông tin chưa hoàn chỉnh. Việc đưa hệ thống công nghệ ngân hàng lõi vào sử dụng gặp nhiều khó khăn, ảnh hưởng đến giao dịch với khách hàng, hệ thống dữ liệu khách hàng và hệ thống báo cáo số liệu.
Các chi nhánh chưa phối hợp chặt chẽ với nhau trong việc tiếp thị khách hàng mới, để xảy ra tình trạng tranh giành khách hàng trong nội bộ hệ thống Sacombank.
Sacombank chưa có một chính sách hoa hồng rõ ràng cho các trung gian tiếp thị khách hàng. Do đó việc tiếp thị khách hàng của chi nhánh gặp nhiều khó khăn khi tiếp xúc khách hàng qua trung gian.
Các chương trình đào tạo, nâng cao trình độ nghiệp vụ cho CBNV chưa thật sự hiệu quả mặc dù trung tâm đào tạo của Sacombank đã có nhiều nỗ lực
trong thời gian qua. Đặc biệt, trình độ nghiệp vụ của các nhân viên thanh toán quốc tế giữa các chi nhánh ở khu vực TP.HCM và các tỉnh thành khác còn chênh lệch quá nhiều, gây ra nhiều khó khăn khi triển khai quy trình nghiệp vụ mới.
Hệ thống quy trình nghiệp vụ chưa hoàn chỉnh, trong khi đó cơ cấu của phòng thanh toán quốc tế hội sở thay đổi nhiều lần trong những năm vừa qua làm ảnh hưởng đến hoạt chung của toàn hệ thống.
Bộ phận thanh toán quốc tế ở các chi nhánh chưa đảm bảo được rủi ro để có thể triển khai hệ thống SWIFT thanh toán trực tiếp với nước ngoài không thông qua hội sở, dẫn đến tình trạng quá tải ở hội sở trong việc giải quyết hồ sơ của toàn hệ thống nên gây mất nhiều thời gian và công sức để xử lý.
Tính chuyên nghiệp của đội ngũ nhân viên chưa cao, chưa xây dựng được bộ phận bán hàng riêng biệt và chuyên nghiệp. Sự chồng chéo công việc giữa các bộ phận, phòng ban đã làm giảm đi tính hiệu quả trong công việc.