Bệnh ký sinh trùng nói chung, bệnh cầu trùng lợn nói riêng muốn chẩn đoán chính xác được bệnh chúng ta phải kết hợp nhiều biện pháp chẩn đoán bao gồm điều tra dịch tễ, chẩn đoán lâm sàng, mổ khám kiểm tra bệnh tích và xét ngiệm phân từ đó cho phép chúng ta kết luận bệnh đó là bệnh gì.
+ Với lợn còn sống:
Căn cứ vào dịch tễ học: những đặc điểm đáng chú ý là lứa tuổi mắc bệnh, mùa vụ, tình trạng vệ sinh thú y, triệu chứng của con vật cũng là những dấu hiờu hết sức quan trọng trong chẩn đoán bệnh. Những biểu hiện lâm sàng có thể thấy là: lợn ỉa chảy mạnh, bỏ ăn, còi cọc, lụng xự, cỏc triệu chứng thần kinh… Tuy nhiên, nếu chỉ dựa vào triệu chứng lâm sàng và đặc điểm dịch tễ của bệnh thỡ khú chẩn đoán chính xác đó là bệnh gì. Vì vậy, việc xét nghiệm phân để chẩn đoán bệnh là căn cứ quyết định kết quả chẩn đoán đối với lợn bị bệnh cầu trùng.
Kiểm tra phân: xét nghiệm phân để tìm Oocyst cầu trùng, thụng thường có 3 phương pháp: phương pháp xét nghiệm phân trực tiếp, phương pháp Fulleborn, phương pháp Darling (Nguyễn Thị Kim Lan và cs (2008)).
Để đánh giá cường độ nhiễm cầu trùng có thể sử dụng phương pháp định tính, hoặc phương pháp định lượng sử dụng buồng đếm Mc.Master.
+ Với lợn đã chết:
Việc chẩn đoán được tiến hành thông qua công tác mổ khám kiểm tra bệnh tích kết hợp với soi trực tiếp: dùng phiến kính nạo niêm mạc ruột non vùng bị hoại tử nghi là do cầu trùng rồi soi kính để tìm Oocyst cầu trùng.
Khi chẩn đoán bệnh cầu trùng, cần chẩn đoán phân biệt với một số bệnh: - Bệnh giun đũa lợn: lợn bệnh cũng có biểu hiện tiêu chảy kéo dài, còi cọc, chậm lớn, thỉnh thoảng nôn, ho. Tổn thương thấy ở gan, ruột, phổi, đặc biệt ở ruột, xác chết gầy.
- Bệnh phân trắng lợn con: lợn con ỉa phân lỏng màu trắng sữa, dính xung quanh hậu môn; lợn kém ăn, lụng xự, gầy yếu, chậm lớn. Tỷ lệ chết cao từ 40 – 70%, thậm chí 100%.
- Bệnh ỉa chảy do vi khuẩn đường ruột ở lợn sau cai sữa trở lên: lợn có biểu hiện kém ăn, đau bụng, rối loạn tiêu hóa, phân lỏng đi xiêu vẹo, còi cọc. Bệnh tiến triển 10 – 15 ngày thì chết nếu không điều trị kịp thời.
- Bệnh hồng lỵ: bệnh thường mắc nặng ở lợn cai sữa từ 6 – 12 tuần tuổi. Triệu chứng đặc trưng của bệnh là ỉa chảy, phân màu hồng chứa màng nhầy, máu và các tế bào hoại tử. Nếu không chữa trị kịp thời nó sẽ chết với tỷ lệ chết cao (Nguyễn Đức Lưu và cs (2004)).