Triệu chứng lâm sàng của lợn bị bệnh cầu trùng thay đổi tuỳ thuộc vào tuổi của con vật, loài cầu trùng, số lượng Oocyst có mặt trong cơ thể lợn. Đại đa số các tác giả khi nghiên cứu về triệu chứng lâm sàng của lợn bị bệnh ở các lứa tuổi đều thấy: Bệnh thường xảy ra ở thể cấp tính và mãn tính.
Thể bệnh cấp tính thường xảy ra ở những lợn con từ sơ sinh dến dưới 2 tháng tuổi. Đặc biệt ở lợn từ 7-21 ngày tuổi rất dễ bị nhiễm cầu trùng. Sau 5 - 7 ngày ủ bệnh, lợn đột nhiên ủ rũ, mệt mỏi, hay nằm, ớt bỳ và bỏ bú. Sau đó không lâu chúng ỉa chảy mạnh, phõn loóng hoặc nhầy, màu từ vàng đến trắng, mùi khắm và có lẫn máu (Trương Văn Dung và cs (2002)).
tính, tỷ lệ chết cao nếu chúng không được điều trị kịp thời. Sau 5 - 7 ngày ủ bệnh lợn bệnh đột nhiên ủ rũ, mệt mỏi hay nằm, ớt bỳ, bỏ ăn. Sau đó không lâu chúng ỉa chảy mạnh, phõn loóng, mùi thối khắm và lẫn máu, thậm chí máu là phần lớn của phân.
Quan sát kỹ lợn bệnh thấy lợn bị chướng hơi đầy bụng, khó chịu, nôn, mất nước và có hiện tượng đau bụng, nằm cong lưng, khó chịu khi ta gõ nhẹ hoặc sờ nắn vào bụng. Ngoài ra có con cũn cú biểu hiện thần kinh như đi không vững, đi vô hướng hoặc nằm co giật. Khi lợn con nhiễm cầu trùng có
thể bị nhiễm các Rotavirus, gây bệnh lợn con phân trắng, lợn gầy sút nhanh, da khô, lụng xự. (Nguyễn Thị Kim Lan và cs (2008))
Theo Biester H.E và cs (1934), lợn con khi bị nhiễm E. debliecki với số lượng lớn sẽ gây ỉa chảy, kém ăn, sinh trưởng kém và một số lợn bị chết.
N.A. Kolapxki và cs (1980) quan sát thấy lợn con bị bệnh cầu trựng cú biểu hiện mệt mỏi toàn thân, thường rỳc mỡnh vào chất độn, lợn hay nằm, ăn rất uể oải, tới bỏ ăn, nhu động ruột tăng làm lợn ỉa chảy nhiều hơn, làm con vật kiệt sức, thiếu máu. Lợn nằm bẹp một chỗ, bỏ ăn, ỉa chảy phõn loóng có nhiều chất nhầy và có thể có máu.
Kết quả nghiên cứu của Alicataz J.E. và cs (1946) cũng cho thấy: khi lợn nhiễm 20 - 30 triệu Oocyst loài E. debliecki gây lợn ỉa chảy, giảm ăn vào ngày thứ 7 sau khi gây nhiễm và chết sau 15 ngày.
Tỷ lệ và cường độ nhiễm cầu trùng ở lợn phân bình thường và phân lỏng khác nhau rõ rệt. Lợn bị tiêu chảy có tỷ lệ nhiễm cầu trùng là 56,32% cao hơn tỷ lệ nhiễm cầu trùng của lợn có trạng thái bình thường (36,50%). Xét về mức độ nhiễm, lợn bị tiêu chảy nhiễm cầu trùng nặng hơn nhiều so với lợn bình thường (Nguyễn Thị Kim Lan và cs (2006)).
gầy rộc không tăng trọng, khi nuôi dưỡng kém có thể ỉa chảy, và chỉ có lợn con mới chết do bệnh cầu trùng (Nguyễn Thị Kim Lan (2008)).
Theo Phạm Sỹ Lăng và cs (2006), lợn mắc bệnh ở thể mãn tính, tính thèm ăn thay đổi không lớn, tốc độ suy yếu cơ thể chậm. Lợn nái và lợn trưởng thành tuy bị nhiễm cầu trùng nhưng không biểu hiện triệu chứng lâm sàng, do đó là nguồn tàng trữ và truyền bá mầm bệnh trong tự nhiên. Lợn có khối lượng 40 kg khi nhiễm E.scabra sẽ gây cho lợn bị tiêu chảy nặng, lợn giảm trọng lượng và có thể gây chết nếu nhiễm Oocyst với một số lượng lớn.