Để thực hiện tốt quá trình thu thuế nói chung và công tác quản lý sử dụng hoá đơn nói riêng, Chi cục thuế cần chú trọng tới của công tác quản lý đối tượng nộp thuế, đây là một khâu rất quan trọng. Trong quá trình quản lý đối tượng, cơ quan thuế cũng như các cơ quan chức năng khác phải tổ chức quản lý ngay từ khâu in cấp giấy phép kinh doanh của DN, việc quản lý đối tượng hoạt động sản xuất kinh doanh trên địa bàn, cơ quan thuế có thể thông qua công tác phân loại đối tượng, qua các tiêu thức phân loại như: loại hình đơn vị, loại hình sản xuất, kinh doanh, tình hình thực hiện nghĩa vụ nộp thuế, thông qua các loại báo cáo về thuế, tình hình sử dụng hoá đơn,... để có thể dễ dàng phân loại các đối tượng “tốt” và “xấu”, từ đó có các biện pháp quản lý cụ thể cho từng loại đối tượng.
Đối với các hộ, cá nhân kinh doanh tiếp tục theo dõi và đôn đốc kiểm tra việc mua hóa đơn và thực hiện các quy định về sử dụng hóa đơn của cơ quan thuế. Còn các DN sử dụng hóa đơn tự in, đặt in thì một mặt tuyên truyền hỗ trợ tạo điều kiện giúp đỡ các DN này nhanh chóng thực hiện để có hóa đơn kịp thời cho việc sử dụng đảm bảo theo đúng quy định, mặt khác tổ chức thường xuyên theo dõi và nắm bắt tình hình thực hiện của các đơn vị nhằm kịp thời phát hiện vướng mắc và sai phạm để kịp thời chấn chỉnh. Nói rõ hơn, đối với DN giải thể, ngừng kinh doanh hoặc nhiều tháng không kê khai nộp thuế, nộp báo cáo tình hình sử dụng hoá đơn, cần tập trung xử lý dứt điểm. Các DN xác định không còn tồn tại thì cơ quan thuế cần hoàn tất thủ tục ra thông báo bỏ trốn; nếu phát hiện DN đó có dấu hiệu buôn bán hoá đơn tiếp thì
bên Thuế tổng hợp hồ sơ chuyển cơ quan công an tiến hành điều tra kết luận, đồng thời báo cáo chính quyền sở tại để có biện pháp hỗ trợ. Đối với DN hàng tháng vẫn nộp tờ kê khai thuế và các DN từ địa bàn khác chuyển sang, nhưng có dấu hiệu không bình thường thì cần tập trung xác minh chứng cứ vi phạm.