Thực hiện tốt chế độ về hóa đơn chứng từ là một điều kiện tiên quyết trong công tác chống thất thu NSNN. Ngoài cơ sở pháp lý cho việc kiểm tra kiểm soát quản lý thu thuế, hóa đơn còn giúp cơ sở kinh doanh theo dõi quá trình hoạt động của mình, xác định đúng số thuế GTGT đầu ra và đầu vào được khấu trừ, các khoản thu nhập và các khoản chi phí phát sinh hợp lý được trừ khi tính thu nhập chịu thuế, làm tròn nghĩa vụ đối với cơ quan nhà nước, sau một thời gian áp dụng Nghị định 51/2010/NĐ-CP về hóa đơn chứng từ, các đơn vị đã ý thức được việc thực hiện đầy đủ chế độ hóa đơn chứng từ
nhằm hoạch toán chính xác và tính hiệu quả trong kinh doanh, thực hiện tốt nghĩa vụ thuế. Tuy nhiên vẫn còn khá nhiều tổ chức, hộ, cá nhân lợi dụng những kẽ hở, sự không chặt chẽ và chế tài xử phạt chưa nặng đã thực hiện nhiều hành vi vi phạm trong sử dụng hóa đơn để kê khai khấu trừ thuế GTGT nhằm mục đích chiếm đoạt tiền thuế. Qua công tác kiểm tra thực hiện việc sử dụng hóa đơn chứng từ của các cơ quan hành chính sự nghiệp, lực lượng vũ trang, các tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh trên địa bàn của cơ quan thuế và các ngành chức năng cho thay tình trạng sử đụng hóa đơn giả, hóa đơn không hợp pháp để thanh quyết toán tào chính, tham ô công quỹ, rút tiền từ NSNN là không ít. Là đơn vị thuộc địa bàn thành phố Hà Nội và quản lý số lượng đơn vị kinh doanh không nhỏ gây khó khăn trong công tác quản lý và thu thuế. Các hành vi vi phạm này rất đa dạng và phức tạp. Đặc biệt là nạn DN ma, đây là nhức nhối không chỉ đối với Chi cục thuế mà còn cả toàn ngành Thuế, gây tổn hại nghiêm trọng trong việc quản lý, thất thoát lớn cho NSNN. Qua nhiều năm nay công tác kiểm tra về sử dụng hóa đơn của các đơn vị đã được quan tâm và tăng cường, vì thế hạn chế được nhiều những vi phạm, kịp thởi xử lý và truy thu về cho NSNN hàng tỷ đồng . Tuy nhiên do số lượng đơn vị khá lớn, cán bộ không đủ nên không thể kiểm tra 100% số đơn vị trên địa bàn việc bỏ sót và phát hiện được là điều không thể tránh khỏi. Các năm qua Chi cục thuế đã tiến hành kiểm tra, xử lý hàng trăm vụ vi phạm có tính đa dạng và phức tạp với những sai phạm chủ yếu là hành vi cố tình ghi sai lệch nội dung hóa đơn, ghi hóa đơn giả, nộp báo cáo sử dụng sai quy định... cụ thể tình hình như sau: