Sau 3 năm thực hiện, Nghị định 51/2012/NĐ-CP đã tạo bước đột phá trong công tác quản lý, sử dụng hóa đơn cũng như công tác cải cách thủ tục hành chính, nâng cao vai trò, trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân trong việc chủ động in, quản lý và sử dụng hóa đơn bán hàng của đơn vị, đồng thời góp phần làm chính sách quản lý hóa đơn trở nên minh bạch, phù hợp với thông lệ quốc tế. Nhưng bên cạnh những kết quả đạt được đó, công tác quản lý hóa đơn vẫn còn những hạn chế, bất cập nhất định, còn tồn tại khoảng trống trong hành lang pháp lý, lại có một số vấn đề mới phát sinh. Trước những bất cập đó, Bộ Tài chính đã hoàn tất dự thảo Nghị định sửa đổi Nghị định 51 theo hướng khắc phục những bất cập hiện hành, nhằm chống gian lận thương mại, đồng thời vẫn tạo thuận lợi cho DN trong kinh doanh, thực hiện tốt nghĩa vụ với NSNN, ngày 17/01/2014 thì Nghị định 04/2014/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 51 được ban hành. Và hiện tại, để việc quản lý hóa đơn tốt hơn nữa cần nghiên cứu tham mưu để Chính phủ tiếp tục sửa đổi, bổ sung Nghị định 51 về việc xác định đối tượng tự đặt in hoặc tự in hóa đơn phù hợp, không nên quy định cứng nhắc rằng đã là DN thì phải tự đặt in hoặc tự in hóa đơn. Đối với những DN sử dụng số lượng hóa đơn ít ở một mức nhất định có thể lựa chọn tự đặt in hóa đơn/ tự in hóa đơn hoặc mua hóa đơn của cơ quan thuế. Với quy định đó, những người nộp thuế sử dụng ít hóa đơn đỡ tốn kém chi phí sử dụng hóa đơn mà cơ quan thuế lại có thể quản lý tốt những đối tượng này.
Về việc khởi tạo hóa đơn điện tử được quy định trong Nghị định 51 cũng đã có văn bản hướng dẫn - Thông tư số 32/2011/TT-BTC ban hành ngày 14/03/2011. Do khởi tạo hóa đơn điện tử khá mới mẻ, hơn nữa việc áp dụng công nghệ thông tin của ngành thuế còn chưa thực sự hoàn thiện, cho nên cần
tăng cường chặt chẽ hơn nữa trong các văn bản pháp lý, tăng cường hoàn thiện hệ thống công nghệ thông tin để có thể đáp ứng nhu cầu tiếp nhận hồ sơ thuế qua điện tử.
Với tầm quan trọng của hóa đơn và thực tiễn quản lý hóa đơn hiện nay chúng ta cần phải có một hệ thống các văn bản pháp luật quy định cụ thể chặt chẽ vấn đề này nhưng cũng tránh hiện tượng quá nhiều, chồng chéo, dẫn đến khó hiểu, khó triển khai và đi vào đời sống nhân dân. Song song với đó, Bộ Tài chính cần phối hợp với các bộ, ban liên ngành khác trong việc tăng cường công tác quản lý thuế cũng như quản lý hóa đơn nói riêng. Phối hợp với Bộ Kế hoạch đầu tư quy định thành lập DN, tạo sự chặt chẽ, tránh hiện tượng do thủ tục quá đơn giản khiến các đối tượng lợi dụng thành lập DN ma, mua bán hóa đơn trái phép; cần cụ thể hóa và đưa thêm những hành vi vi phạm mang tính chất nghiêm trọng vào trong bộ luật hình sự nhằm hạn chế sự luồn lách, cố tình vi phạm khi sử dụng hóa đơn của các đối tượng.