Sự kết hợp giữa auxin và cytokinin có vai trò rất quan trọng trong quá trình hình thành mô sẹo, phát sinh cơ quan chồi, rễ.. Sự cân bằng giữa auxin và cytokinin là một trong những yếu tố kiểm soát sự phát triển. Nồng độ thích hợp phụ thuộc vào từng loài cây và từng giai đoạn phát triển.
Cytokinin ảnh hưởng rõ rệt và đặc trưng lên sự phân hoá cơ quan, đặc biệt là phân hoá chồi. Tỷ lệ auxin (phân hoá rễ) và cytokinin (phân hoá chồi) có ý nghĩa
quyết định trong sự phát sinh hình thái mô nuôi cấy in vitro cũng như ở cây
nguyên (Skoog và Miller, 1957). Nếu nồng độ auxin cao hơn cytokinin sẽ kích thích tạo rễ còn ngược lại kích thích tạo chồi và khi tỉ lệ ở mức cân bằng thì thuận lợi cho phát triển mô sẹo.
Tái sinh chồi in vitro từ lá cây dứa Ananas comosus Merr trong môi trường tạo
chồi ANA 1 mg/l và BA 2 mg/l, tỉ lệ auxin/cytokinin thấp nhất vào ngày thứ ba, chủ yếu là do sự tăng mạnh iP. Có thể là do hàm lượng iP nội sinh gây ra tín hiệu cho sự phát sinh cơ quan chồi ở đáy lá dứa. Sự gia tăng iP đòi hỏi sự hiện hiện
của ANA và BA trong môi trường (Mercier và cộng sự, 2003). Ở Zizyphus jujuba
Mill., sự tạo chồi bất định từ lá cũng cần sự hiện diện của TDZ 4,45 µM và AIA 2,85 µM ở giai đoạn tái sinh chồi và sau đó cấy chuyền sang môi trường BA 0,89µM và GA3 577 µM hay ở Neoregelia cruenta cũng cho kết quả tương tự
(Carneiro và cộng sự, 2005)
Quá trình phát triển rễ, cytokinin cũng có thể phối hợp với auxin dể đạt hiệu quả hơn (Koukourikou-petridou, 1998).
Vai trò của auxin và cytokinin cũng được tìm thấy trong quá trình hình thành
chồi từ mô sẹo. Ở Ananas comosus Merr, số lượng chồi cao nhất từ mô sẹo thu
được trong môi trường MS bổ sung kinetin 1,5 mg/l và ANA 0,5 mg/l. Sự kết hợp giữa BA và ANA không có hiệu quả trong sự tạo chồi như là sự kết hợp giữa ANA và kinetin. Phần trăm mô sẹo hình thành chồi và số lượng chồi sinh ra từ mô sẹo thay đổi theo sự chất điều hòa tăng trưởng trong môi trường nuôi cấy. Môi trường MS chỉ chứa kinetin làm chồi phân hóa, hiệu quả hơn BA nhưng thấp hơn khi so sánh với ANA bổ sung vào môi trường (Akbar và cộng sự, 2003). Tương tự nhu cầu auxin và cytokinin trong môi trường nuôi cấy sinh chồi với
tỷ lệ cao nhất cũng được phát hiện ở Carcica papaya (Modal và cộng sự, 1994),
Hybanthus ennea-spermus (Prakash, 1999), Salvia selerea (Liu, 2000), Bixa orellana (Sha Vallikhan và cộng sự, 2002), Capsicum annuum L. (Dabauza,