Đổi mới cơ chế quản lý tài chính hiện nay đối với NHCSXH: Cơ chế quản lý tài chính của Bộ Tài chính hiện nay thể hiện tính bao cấp của NSNN và mang tính cứng nhắc, không khuyến khích sự năng động, sáng tạo trong hoạt động tài chính của NHCSXH. Thực hiện cơ chế cấp bù lãi suất từ NSNN sẽ tạo nên tính bao cấp và ỷ vào NSNN, không khuyến khích tăng tính năng động, sáng tạo trong hoạt động tài chính của NHCSXH và tạo gánh nặng cho chính NSNN. Vì vậy, cần đổi mới cơ chế cấp bù NSNN bằng cơ chế cấp vốn điều lệ và các nguồn vốn tạm thời nhàn rỗi của NSNN cho ngân hàng sử dụng.
Thay đổi cơ chế khoán chi phí quản lý cho NHCSXH: việc áp dụng cơ chế khoán chi phí quản lý cho NHCSXH dựa trên kết quả dư nợ cho vay bình quân năm. Điều này không khuyến khích việc tích cực thu nợ, thu lãi mà chỉ quan tâm đến việc giải ngân càng nhiều càng tốt. Do đó, cần áp dụng cơ chế khoán chi phí quản lý cho NHCSXH dựa trên tổng số lãi thực thu. Phương pháp này có ưu điểm là: (i) NSNN không phải cấp bù phí quản lý hàng năm cho NHCSXH (hơn 1.000 tỷ đồng mỗi năm) vì NHCSXSH tự trang trải chi phí quản lý bằng số tiền lãi thu được; (ii) khuyến khích NHCSXH có các biện pháp hữu hiệu để nâng cao chất lượng tín dụng, đôn đốc khách hàng trả nợ, trả lãi.
Tạo điều kiện cho NHCSXH tiếp cận và tìm kiếm các nguồn vốn rẻ từ các tổ chức tài chính quốc tế, các tổ chức phi chính phủ … Chính phủ, Bộ Tài chính cùng với các cơ quan liên quan đứng ra bảo lãnh cho NHCSXH vay vốn hoặc tiếp nhận vốn của các tổ chức này.