Sự hoạt hóa bổ thể tạo ra một vài phân tử có hoạt tính sinh học đóng góp cho sự kháng, sốc phản vệ và viêm.
Các chất Kinin
Kinin là các hợp chất ảnh hƣởng lớn đến các hoạt động sinh lý. Kinin hoạt động tại chỗ và gây ra sự giãn mạch ở các tế bào cơ trơn. Vì vậy, trong quá trình đáp ứng viêm tại chỗ, dƣới tác dụng của kinin sẽ làm tăng lƣợng máu tới các chỗ viêm này.
C2b đƣợc tạo ra trong suốt con đƣờng truyền thống của quá trình hoạt hóa bổ thể là 1 prokinin đƣợc hoạt hóa nhờ vào enzyme plasmin. Sự tạo thành các C2b dƣ thừa bị ngăn cản bằng chất ức chế C1 (C1-INH) cũng đƣợc biết nhƣ serpin mà phân cắt C1rs ra khỏi phức hợp C1qrs và vì vậy sẽ giới hạn sự hoạt hóa C2. Sự thiếu hụt gen C1-INH dẫn đến sự siêu biểu hiện của C2b và sẽ gây ra hội chứng hereditary angioneurotic edema (sự sƣng phù toàn thân do di truyền). Bệnh này có thể đƣợc điều trị với Danazol để kích thích tạo C1-INH hoặc với ε-amino caproic acid để làm giảm hoạt động của plasmin.
Các chất anaphylotoxin
C4a, C3a và C5a đều là các chất anaphylotoxin mà có thể phá tan các bọc để giải phóng các chất ở trong tế bào biểu mô, tế bào mast hoặc thực bào để tạo ra đáp ứng viêm tại chỗ. Nếu giải phóng các chất lan rộng nó có thể gây ra hiện tƣợng tƣơng tự nhƣ sock của các phản ứng dị ứng. Những hiệu quả không mong muốn của những peptide này sẽ đƣợc điều hòa bằng enzyme carboxypeptidase B (C3a-INA). Ngoài ra, các anaphylotoxin còn trung gian cho sự co các cơ trơn, tăng tính thấm
của các thành mạch máu, và thu hút sự di chuyển của các bạch cầu đến vị trí có nồng độ cao anaphylatoxin.
Các chất opsonin hóa
C3b và C4b trên bề mặt của vi sinh vật đính lên thụ thể của bổ thể (CR1) trên các tế bào thực bào sẽ kích thích quá trình thực bào.
Nhìn chung, hệ thống bổ thể đóng vai trò trong cả đáp ứng miễn dịch đặc hiệu và không đặc hiệu cũng nhƣ tạo ra một lƣợng lớn các chất có hoạt tính sinh học ý nghĩa trong quá trình đáp ứng chống tác nhân gây bệnh.
Có một vài sự thiếu hụt gen đƣợc biết trong hệ thống bổ thể, tuy nhiên sự thiếu hụt C3 là nghiêm trọng nhất và có thể gây ra chết ngƣời. Sự thiếu hụt bổ thể cũng xuất hiện trong một vài bệnh miễn dịch và trong một vài bệnh nhiễm.