Kháng nguyên (KN) trong tự nhiên rất đa dạng, tùy theo quan điểm và mức độ quan tâm mà ngƣời ta phân thành các loại
Dựa theo nguồn gốc
- KN đồng loại: là KN chỉ có một số cá thể trong cùng loài ví dụ nhƣ là nhóm máu AB và Rh
- KN đa loài: là KN có trên bề mặt tế bào của nhiều loại động vật hoặc chủng vi sinh vật. KT đƣợc tạo thành chống lại KN của loại này cũng có thể phản ứng chéo với KN của loài khác.
- Tự KN: Là thành phần vốn có của cơ thể, nhƣng trong điều kiện nhất định cơ thể coi là vật lạ và sinh ra KT chống lại chúng.
KN vi sinh vật
- KN vi khuẩn: bao gồm KN hòa tan là các enzyme ngoại bào, ngoại độc tố tiết ra và KN không hòa tan là thành phần của tế bào. Các độc tố khi mất tính độc vẫn giữ nguyên tính KN nhƣng không gây bệnh. Ví dụ giải độc độc tố bạch hầu uốn ván đƣợc dùng để chế vaccine.
- KN virut: Có hai nhóm chính
+ KN V: là một phần hoặc toàn bộ hạt virut nguyên vẹn có khả năng kích thích sinh KT trung hòa virut.
+ KN S: KN không hòa tan bao gồm KN S cấu trúc là các gluco- protein vỏ ngoài hoặc là acid nucleid còn KN S không cấu trúc tách từ tế bào chủ đã bị nhiễm virut.
Dựa theo cấu trúc hóa học
- KN protein: là KN mạnh nhất có đủ 3 điều kiện của một KN. Tính đặc hiệu của nó phụ thuộc vào trình tự sắp xếp các acid amin, cấu trúc và tính đa dạng của nó.
- KN polysaccharide : là KN yếu vì cấu trúc lặp đi lặp lại, thiếu sự đa dạng về mặt hóa học, dễ bị phân giải khi vào cơ thể. KN polysaccharide điển hình là màng nhầy của tế bào vi khuẩn.
- KN lipid: lipid không phải là chất sinh miễn dịch nhƣng khi kết hợp với protein (lipo protein) thì trở thành KN.
- KN là acid nucleic: không phải là KN nhƣng khi kết hợp với protein thì hoạt tính miễn dịch tăng lên ví dụ nhƣ KN nucleoprotein ở vỏ vi rút.
- Hapten: ví dụ nhƣ là thuốc kháng sinh, mĩ phẩm, gia vị. Không có khả năng gây đáp ứng miễn dịch nhƣng kết hợp với protein thì có tính sinh miễn dịch. Ví dụ nhƣ penicilin khi vào cơ thể chuyển thành penixilinic có khả năng tạo phức với protein trở thành một KN trọn vẹn.