Bộ Thuỷ sản, nay là Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chủ trì trong công tác phối hợp triển khai thực hiện Hiệp định hợp tác nghề cá Việt Nam- Trung Quốc
giữa các bộ, ngành và các địa phương. [8]
Tổ chức bộ phận thường trực của Ủy ban liên hợp nghề cá và trực 24h/24h để kịp thời giải quyết các vấn đề xảy ra trong quá trình triển khai thực hiện Hiệp định; Theo dõi, chỉ đạo, hướng dẫn hoạt động cơ quan chuyên môn ở trung ương và địa
phương triển khai thực hiện Hiệp định.
Tổ chức các phiên họp giữa Ủy ban Liên hợp nghề cá vịnh Bắc Bộ hai nước, giải quyết những vấn đề phát sinh trong quá trình triển khai thực hiện Hiệp định, xác định
quy mô đánh bắt của tàu cá hai nước theo từng năm.
Tổ chức tuyên truyền nội dung Hiệp định tạo sự thống nhất trong nhận thức và
để thực hiện tốt. Tổ chức tập huấn phổ biến và hướng dẫn cụ thể việc triển khai thực
hiện Hiệp định hợp tác nghề cá và các văn bản kèm theo cho các địa phương và các
ngành.
Triển khai các hoạt động khai thác hải sản trong vùng nước Hiệp định và việc
quản lý hoạt động thuỷ sản ở vùng đánh cá chung. Hội nghị lần thứ nhất của Uỷ ban
liên hợp nghề cá vịnh Bắc Bộ Việt Nam - Trung Quốc đã thống nhất từ ngày 01/8/2004 những tàu cá đã được cấp phép hợp lệ có thể vào hoạt động trong vùng dàn xếp quá độ và vùng đánh cá chung. Cũng từ thời điểm này, các lực lượng kiểm tra,
giám sát hoạt động nghề cá trong vùng nước Hiệp định của hai Bên được triển khai và thi hành công vụ theo quy định của Hiệp định. Việc quản lý hoạt động nghề cá trên biển có nhiều nội dung mới đòi hỏi phải có một cơ chế phối hợp chặt chẽ, có phương
thức quản lý, kiểm tra, kiểm soát và xử lý tàu thuyền vi phạm phù hợp với các quy định của Hiệp định. [8]
Những tàu cá Việt Nam có khả năng và nhu cầu sang hoạt động khai thác ở phía Đông đường phân định thuộc vùng đánh cá chung cần tiến hành các thủ tục theo hướng dẫn của Cục Khai thác và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản. Khi đánh bắt trong vùng
đánh cá chung phải tuân thủ Quy định về bảo tồn và quản lý nguồn lợi thuỷ sản vùng
đánh cá chung; mang biển số theo quy định của Uỷ ban liên hợp nghề cá vịnh Bắc Bộ
Việt - Trung.