Những năm cuối của thập kỷ 90, công cuộc đổi mới cơ chế quản lý kinh tế đất nước diễn ra một cách sâu sắc và toàn diện để phù hợp với cơ chế quản lý tài chính, tiền tệ đã có sự thay đổi, đặc biệt là các vấn đề có liên quan đến chức năng, nhiệm vụ quyền hạn cơ chế hoạt động của ngành Tài chính.
Đối với ngành Tài chính, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Nghị định số 155/ HĐBT ngày 15/10/1988 về chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy của Bộ Tài chính. Tiếp theo Nghị định trên, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định số 07/HĐBT ngày 04/01/1990, Hệ thống KBNN trực thuộc Bộ Tài chính được thành lập và đi vào hoạt động trên phạm vi cả nước kể từ ngày 01/04/1990.
Theo đó chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của KBNN như sau: Quản lý quỹ NSNN và các quỹ Tài chính Nhà nước; Trực tiếp giao dịch thu, chi NSNN với các đơn vị kinh tế, cơ quan hành chính sự nghiệp thuộc các cấp Ngân sách mở tài khoản giao dịch tại KBNN; Huy động vốn cho NSNN và cho đầu tư phát triển; Kế toán quỹ NSNN và làm quyết toán NSNN theo niên độ Ngân sách; KBNN được quyền từ chối các khoản chi khơng đúng ngun tắc quản lý tài chính.
Sau thời gian hoạt động 5 năm, để xác định rõ hơn vị trí, vai trị KBNN, ngày 05/04/1995 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 25/NĐ-CP quy định về chức năng nhiệm vụ nhiệm vụ quyền hạn và tổ chức bộ máy KBNN.
Đặc biệt là từ khi Nhà nước ban hành Luật NSNN (1996, 2002) để quản lý thống nhất nền tài chính quốc gia, xây dựng NSNN lành mạnh, củng cố kỷ luật tài chính, sử dụng tiết kiệm, có hiệu quả tiền của Nhà nước, tăng tích luỹ để thực hiện cơng nghiệp hố, hiện đại hoá đất nước theo định hướng XHCN, đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội, nâng cao đời sống nhân dân, đảm bảo quốc phòng, an ninh, đối ngoại và bảo vệ mơi trường, thì chức năng nhiệm vụ của KBNN được khẳng định đầy đủ, rõ ràng hơn, cụ thể: Quỹ NSNN được quản lý tại KBNN; Các đơn vị sử dụng ngân sách và các tổ chức được NSNN hỗ trợ thường xuyên phải mở tài khoản tại KBNN, chịu sự kiểm tra của cơ quan Tài chính và KBNN trong quá trình thanh tốn, sử dụng kinh phí;
Với chức năng nhiệm vụ được Nhà nước giao đã khẳng định vị trí của hệ thống Kho bạc trong việc quản lý quỹ NSNN nói chung, quản lý và kiểm sốt chi NSNN nói riêng, bước đầu tạo nên sự đồng bộ của các quá trình quản lý ngân sách, từ khâu xây dựng dự toán, phân bổ dự toán đến khâu kiểm sốt, thanh tốn và quyết tốn NSNN, góp phần nâng cao hiệu quả quản lý tài chính - Ngân sách, là điều cần thiết không thể thiếu được bước chuyển sang kinh tế thị trường và tập trung vốn phục vụ cơng cuộc cơng nghiệp hố, hiện đại hố đất nước.