i) Việc huy động và sử dụng tiềm năng kinh tế biển cho phát triển kinh tế - xã hội của địa phương còn dưới mức tiềm năng. Điều này thấy rất rõ là lợi ích thu được từ các ngành liên quan đến biển chưa cao và chưa được huy động vào trong phát triển kinh tế, khu kinh tế ven biển và cảnh biển đang hoạt động thiếu hiệu quả.
ii)Trình độ kỹ thuật và cơng nghệ các phân ngành kinh tế biển của Quảng Bình lạc hậu. Thực trạng của các phân ngành trên cho thấy từ phương tiện đánh bắt, khai thác, nuôi trồng thủy sản, chế biến thủy sản, dịch vụ cảng biển, trình độ kỹ thuật trong khu kinh tế ven biển đều lạc hậu và ở mức trung
bình thấp so với khu vực. Ngành có trình độ khá nhất là du lịch biển nhưng chỉ tập trung ở các khu nghĩ dưỡng, du lịch ven biển của các doanh nghiệp lớn đầu tư, tuy nhiên, trên bình diện mặt bằng chung vẫn là trình độ thấp, sản phẩm đơn điệu, giá trị gia tăng thấp.
iii) Công tác nghiên cứu điều tra cơ bản về tài nguyên môi trường biển nhằm lập luận cứ khoa học cho quá trình triển khai cho việc xây dựng và triển khai chiến lược biển của địa phương chưa được chú trọng công tác điều tra cơ bản về các vùng biển, thềm lục địa, công tác quản lý dữ liệu, quan trắc môi trường, bảo vệ các nguồn tài nguyên và môi trường biển.
iv) Hệ thống doanh nghiệp của địa phương hoạt động thuộc các phân ngành kinh tế biển có quy mơ nhỏ, số lượng ít, dẫn đến q trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế biển chậm, cơ hội phân công lại lao động giữa các khu vực thủy sản, dịch vụ du lịch và sản xuất kinh doanh nhỏ của hộ gia đình ven biển là khu vực lao động có năng suất thấp, thu nhập thấp, sức cạnh tranh thấp, hiệu quả kinh doanh khơng cao, thiếu tính ổn định và bền vững lâu dài. Điều đó gây ảnh hưởng khơng nhỏ đến q trình phát triển các ngành kinh tế biển của Quảng Bình.
Để đảm bảo tính bền vững trong sự phát triển, vấn đề bảo vệ môi trường biển phải được chú trọng. Bên cạnh đó, Quảng Bình là một trong những địa phương chịu tác động trực tiếp của tình trạng biến đổi khí hậu đang diễn ra,vì vậy, cần có những giải pháp vừa phịng, chống vừa phải đưa ra kịch bản ứng phó với những hậu quả do tác động của biến đổi khí hậu.