Những hạn chế, vướng mắc, đặc biệt là những tranh chấp trong áp dụng các quy định của pháp luật tố tụng hình sự về thẩm quyền xét xử của Tòa án xảy ra trong thời gian qua là do nhiều nguyên nhân khác nhau. Qua nghiên cứu, chúng tơi thấy có một số nguyên nhân chính sau đây:
Thứ nhất, các quy định của pháp luật tố tụng hình sự chưa thật đầy đủ, đồng
bộ, phù hợp với đặc điểm tổ chức, hoạt động của Quân đội, của tổ chức Tòa án quân sự và mối quan hệ giữa Tòa án quân sự với Tòa án nhân dân. Một số quy định lẽ ra cần được quy định trong Bộ luật tố tụng hình sự để tất cả những người tiến hành tố tụng và mọi công dân biết để thực hiện, nhưng lại được quy định trong Pháp lệnh tổ chức Tòa án quân sự làm hạn chế hiệu lực và tính phổ biến của các quy định đó. Các quy định của pháp luật về thẩm quyền xét xử của Tịa án qn sự khơng chỉ để các cơ quan tiến hành tố tụng trong Quân đội thực hiện mà còn để cho các cơ quan khác chấp hành, nhất là các trường hợp có tranh chấp. Nếu thẩm quyền xét xử của các Tòa án quân sự được quy định trong Bộ luật tố tụng hình sự hoặc trong luật tổ chức Tịa án nhân dân thì hiệu quả việc áp dụng chế định đó sẽ cao hơn.
Một số quy định khác như thẩm quyền xét xử theo lãnh thổ, theo viêc chưa được quy định cụ thể, tỷ mỷ mà mới chỉ được thực hiên ở mức độ hướng dẫn cũng làm hạn chế viêc áp dụng đúng đắn, thống nhất trong thực tiễn;
Về thẩm quyền xét xử theo đối tượng: Pháp lệnh tổ chức Tòa án quân sự phân định thẩm quyền xét xử của Tòa án quân sự cấp khu vực với Tòa án quân sự cấp quận khu theo cấp bậc, chức vụ của người phạm tội. Nhưng đối với Tòa án nhân dân chức vụ của người phạm tội hoặc cấp bậc (Công an nhân dân) không phải là căn cứ để phân biêt thấm quyền xét xử của Tòa án nhân dân cấp huyện với Tòa án nhân dân cấp tỉnh. Việc quy định này là thiếu sự thống nhất trong quy định thẩm quyền xét xử của Tòa án nhân dân và Tòa án quân sự.
Thứ hai, Nhân thức pháp luật của nhũng người tiến hành tố tụng cũng như
công dân chưa cao dẫn đến vi phạm pháp luật về thẩm quyền xét xử khi thực hiện nhiêm vụ tố tụng hoặc khiếu nại, kháng cáo đối với các vụ án xét xử sai thẩm
quyền. Ngoài những người tiến hành tố tụng trong Quân đội, đa số những người tiến hành tố tụng ngồi Qn đội ít quan tâm nghiên cứu đến các vấn đề liên quan đến tố tụng hình sụ trong Qn đội nói chung và thẩm quyền xét xử của các Tịa án qn sự nói riêng. Vì vậy, khi giải quyết các vụ án có sự tranh chấp thẩm quyền xét xử thì khơng nhận thức được vi phạm hoặc tỏ ra lúng túng, thiếu kiên quyết. Ví dụ: Theo quy định của điều 273 Bộ luật tố tụng hình sự 2015 thì nếu vụ án thuộc thẩm quyền xét xử của Tòa án quân sự thì phải chuyển cho Tịa án qn sự có thẩm quyền; viêc khơng chuyển sẽ là vi phạm nghiêm trọng thủ tục tố tụng. Thế nhưng, trên thực tế nhiều vụ án thuộc thẩm quyền xét xử của Tòa án quân sự được Tòa án nhân dân xét xử vẫn khơng được người có thẩm quyền kháng nghị theo quy định của pháp luật;
Thứ ba, Sự phối hợp hoạt động giữa các cơ quan tiến hành tố tụng trong việc
xác định, phát hiện, xử lý các vụ án có sự tranh chấp về thẩm quyền xét xử chưa thật tốt. Trên thực tế chỉ có số ít vụ án được khởi tố điều tra sai thẩm quyền xét xử được cơ quan tiến hành tố tụng dân sự tự chuyển cho cơ quan pháp luật trong Quân đội nếu khơng có sự phát hiện và yêu cầu của các cơ quan này. Đến khi vụ án đã giải quyết xong thì coi như chuyên đã rồi, cho rằng vụ án đã được giải quyết đúng nên không cần thiết phải kháng nghị theo thủ tục luật định. Điều này là không phù hợp với nguyên tắc pháp chế trong tố tụng hình sự;
Cho đến nay chưa có một cơ chế hợp lý, hiêu quả để giúp những người có thẩm quyền như Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân cấp tỉnh và Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Chánh án Tòa án nhân dân cấp tỉnh trở lên phát hiện, xử lý các trường hợp giải quyết vụ án sai thẩm quyền xét xử ;
Thứ tư, công tác bảo đảm vật chất cho các Tòa án cấp huyện cịn hạn chế,
trình độ Điều tra viên, Kiểm sát viên, Thẩm phán của một số cơ quan tiến hành tố tụng cấp huyện còn thấp, ảnh hưởng đến việc tăng thẩm quyền xét xử cho Tòa án cấp huyện, số lượng các vụ án được phân bố khơng đều, có địa phương thì qúa nhiều (Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh), có địa phương thì qúa ít cũng gây khơng ít khó khăn cho hoạt động tố tụng hình sự. Do ít hoạt động tố tụng nên nhiều Điều tra viên, Kiểm sát Viên, Thẩm phán khơng tích lũy được kinh nghiệm để nâng cao khả năng, trình độ chun mơn, nghiệp vụ của mình.